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- PDB-5ywt: Crystal structure of TREX1 in complex with a duplex DNA with 3' o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ywt
タイトルCrystal structure of TREX1 in complex with a duplex DNA with 3' overhang
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
  • Three-prime repair exonuclease 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TREX1 / exonuclease / DEDDh family / protein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation ...immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / WW domain binding / heart process / MutLalpha complex binding / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of cellular respiration / inflammatory response to antigenic stimulus / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of glycolytic process / DNA duplex unwinding / DNA binding, bending / 3'-5'-DNA exonuclease activity / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / DNA metabolic process / : / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / response to UV / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of innate immune response / 3'-5' exonuclease activity / DNA damage checkpoint signaling / generation of precursor metabolites and energy / kidney development / determination of adult lifespan / protein-DNA complex / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hsiao, Y.Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and TechnologyMOST103-2311-B-009-001-MY3 台湾
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for overhang excision and terminal unwinding of DNA duplexes by TREX1
著者: Huang, K.W. / Liu, T.C. / Liang, R.Y. / Chu, L.Y. / Cheng, H.L. / Chu, J.W. / Hsiao, Y.Y.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年7月17日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three-prime repair exonuclease 1
B: Three-prime repair exonuclease 1
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,55511
ポリマ－71,2814
非ポリマー2747
水10,233568
1
A: Three-prime repair exonuclease 1
C: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子

B: Three-prime repair exonuclease 1
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,55511
ポリマ－71,2814
非ポリマー2747
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area21720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.170, 80.350, 85.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Three-prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 / DNase III


分子量: 29876.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量: 5763.708 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M BICINE PH 8.5, 20%(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 10,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 50099 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MXM

3mxm


解像度: 1.7→28.79 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 21.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 2513 5.06 %
Rwork0.194 --
obs0.196 49630 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3427 295 7 568 4297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8715291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7511457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.73270.3411300.31782520X-RAY DIFFRACTION97
1.7327-1.76810.33471420.29322554X-RAY DIFFRACTION96
1.7681-1.80650.3261260.29222547X-RAY DIFFRACTION97
1.8065-1.84850.29751240.26482584X-RAY DIFFRACTION97
1.8485-1.89480.27161360.24442592X-RAY DIFFRACTION97
1.8948-1.9460.28821410.23442556X-RAY DIFFRACTION97
1.946-2.00320.20881320.21092589X-RAY DIFFRACTION98
2.0032-2.06790.2271510.19312569X-RAY DIFFRACTION98
2.0679-2.14170.19891230.18082598X-RAY DIFFRACTION98
2.1417-2.22750.1991430.18122598X-RAY DIFFRACTION98
2.2275-2.32880.19861340.18262598X-RAY DIFFRACTION98
2.3288-2.45150.23741420.18732671X-RAY DIFFRACTION99
2.4515-2.6050.22351540.19152595X-RAY DIFFRACTION99
2.605-2.8060.20171460.18612660X-RAY DIFFRACTION99
2.806-3.08810.21861410.18462663X-RAY DIFFRACTION99
3.0881-3.53420.17691530.17182670X-RAY DIFFRACTION99
3.5342-4.45010.17241380.14922727X-RAY DIFFRACTION99
4.4501-28.7980.22111570.18742826X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.3623 Å / Origin y: -7.6745 Å / Origin z: 19.979 Å
111213212223313233
T0.1033 Å20.0074 Å20.0229 Å2-0.0604 Å2-0.0022 Å2--0.0734 Å2
L1.2527 °20.0596 °20.2619 °2-0.9751 °20.1262 °2--0.8808 °2
S0.0134 Å °-0.0277 Å °-0.0124 Å °-0.0277 Å °0.0194 Å °-0.0149 Å °-0.0169 Å °-0.0225 Å °-0.0238 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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