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Yorodumi- PDB-6ve6: A structural characterization of poly(aspartic acid) hydrolase-1 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ve6 | ||||||
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Title | A structural characterization of poly(aspartic acid) hydrolase-1 from Sphingomonas sp. KT-1. | ||||||
Components | Poly(Aspartic acid) hydrolase-1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Poly(Aspartic acid) hydrolase-1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Sphingomonas sp. KT-1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.446 Å | ||||||
Authors | Bolay, A.L. / Salvo, H. / Brambley, C.A. / Yared, T.J. / Miller, J.M. / Wallen, J.R. / Weiland, M.H. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acs Sustain Chem Eng / Year: 2020 Title: Structural Characterization of Sphingomonas sp. KT-1 PahZ1-Catalyzed Biodegradation of Thermally Synthesized Poly(aspartic acid) Authors: Brambley, C.A. / Bolay, A.L. / Salvo, H. / Jansch, A.L. / Yared, T.J. / Miller, J.M. / Wallen, J.R. / Weiland, M.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ve6.cif.gz | 224.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ve6.ent.gz | 178.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ve6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6ve6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6ve6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3d0kS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 32 - 295 / Label seq-ID: 32 - 295
|
-Components
#1: Protein | Mass: 32773.969 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sphingomonas sp. KT-1 (bacteria) / Gene: pahZ / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q7WSC1 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 15% PEG 3350, 2% 1,4-Dioxane, and 0.1M Tris pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / Detector: PIXEL / Date: Oct 18, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.446→50 Å / Num. obs: 45675 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.18 / Χ2: 1.681 / Net I/σ(I): 5.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3D0k Resolution: 2.446→47.691 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.11 Å2 / Biso mean: 34.6577 Å2 / Biso min: 14.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.446→47.691 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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