PDB-6ve6: A structural characterization of poly(aspartic acid) hydrolase-1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ve6

タイトル

A structural characterization of poly(aspartic acid) hydrolase-1 from Sphingomonas sp. KT-1.

要素

Poly(Aspartic acid) hydrolase-1

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Poly(Aspartic acid) hydrolase-1

機能・相同性情報

生物種

Sphingomonas sp. KT-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.446 Å

データ登録者

Bolay, A.L. / Salvo, H. / Brambley, C.A. / Yared, T.J. / Miller, J.M. / Wallen, J.R. / Weiland, M.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Sustain Chem Eng / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of Sphingomonas sp. KT-1 PahZ1-Catalyzed Biodegradation of Thermally Synthesized Poly(aspartic acid)
著者: Brambley, C.A. / Bolay, A.L. / Salvo, H. / Jansch, A.L. / Yared, T.J. / Miller, J.M. / Wallen, J.R. / Weiland, M.H.

履歴

登録	2019年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ve6.cif.gz	224.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ve6.ent.gz	178.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ve6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6ve6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6ve6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d0kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1dad-d 1iyn-d 5qaw-3 5qb1-3 5qac-3 3lnt-2 1e58-d 4s2j-3 3gp5-1 5kzh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poly(Aspartic acid) hydrolase-1

B: Poly(Aspartic acid) hydrolase-1

C: Poly(Aspartic acid) hydrolase-1

D: Poly(Aspartic acid) hydrolase-1

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly(Aspartic acid) hydrolase-1

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, SAXS confirms the assembly
32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Poly(Aspartic acid) hydrolase-1

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Poly(Aspartic acid) hydrolase-1

D: Poly(Aspartic acid) hydrolase-1

登録者が定義した集合体
65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.749, 87.006, 171.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 32 through 295)
2	1	(chain B and resid 32 through 295)
3	1	chain C
4	1	(chain D and resid 32 through 295)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 32 - 295 / Label seq-ID: 32 - 295

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	(chain A and resid 32 through 295)	A	A
2	(chain B and resid 32 through 295)	B	B
3	chain C	C	C
4	(chain D and resid 32 through 295)	D	D

#1: タンパク質	Poly(Aspartic acid) hydrolase-1 分子量: 32773.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas sp. KT-1 (バクテリア) 遺伝子: pahZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WSC1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 3350, 2% 1,4-Dioxane, and 0.1M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.446→50 Å / Num. obs: 45675 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.16 / R_pim(I) all: 0.079 / R_rim(I) all: 0.18 / Χ²: 1.681 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.45-2.49	5.2	0.756	2278	0.731	0.363	0.841	1.293	100
2.49-2.54	5.3	0.846	2225	0.745	0.406	0.941	1.271	100
2.54-2.59	5.3	0.812	2233	0.803	0.389	0.903	1.294	100
2.59-2.64	5.3	0.681	2292	0.824	0.325	0.757	1.337	100
2.64-2.7	5.3	0.584	2215	0.875	0.278	0.648	1.359	100
2.7-2.76	5.3	0.501	2281	0.9	0.24	0.558	1.37	100
2.76-2.83	5.3	0.439	2280	0.928	0.208	0.487	1.353	99.9
2.83-2.9	5.3	0.363	2256	0.943	0.173	0.403	1.358	100
2.9-2.99	5.3	0.318	2249	0.955	0.152	0.353	1.373	100
2.99-3.09	5.2	0.271	2262	0.963	0.131	0.302	1.448	100
3.09-3.2	5.2	0.212	2274	0.976	0.102	0.236	1.485	100
3.2-3.32	5.1	0.189	2298	0.982	0.093	0.211	1.566	100
3.32-3.48	5.1	0.189	2267	0.985	0.093	0.211	1.727	100
3.48-3.66	4.9	0.158	2274	0.987	0.079	0.178	2.443	99.9
3.66-3.89	4.9	0.135	2304	0.987	0.068	0.151	2.755	99.9
3.89-4.19	4.4	0.121	2257	0.989	0.063	0.137	2.414	98.5
4.19-4.61	4.8	0.101	2319	0.992	0.051	0.113	2.372	100
4.61-5.28	4.4	0.074	2315	0.994	0.039	0.084	1.848	99.7
5.28-6.65	4.2	0.085	2344	0.992	0.046	0.097	1.721	98.8
6.65-50	4.6	0.051	2452	0.999	0.026	0.058	2.285	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3D0k

3d0k

解像度: 2.446→47.691 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2903	2197	4.94 %
R_work	0.2358	-	-
obs	0.2384	44451	96.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.11 Å² / B_iso mean: 34.6577 Å² / B_iso min: 14.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.446→47.691 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8409	0	0	424	8833
B_iso mean	-	-	-	33.96	-
残基数	-	-	-	-	1062

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3208	X-RAY DIFFRACTION	5.226	TORSIONAL
1	2	B	3208	X-RAY DIFFRACTION	5.226	TORSIONAL
1	3	C	3208	X-RAY DIFFRACTION	5.226	TORSIONAL
1	4	D	3208	X-RAY DIFFRACTION	5.226	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.4464-2.4996	0.3266	128	0.2683	2595	96
2.4996-2.5577	0.3268	142	0.2737	2685	100
2.5577-2.6217	0.3175	135	0.2659	2661	100
2.6217-2.6926	0.3359	140	0.2644	2673	100
2.6926-2.7718	0.3218	132	0.2572	2713	100
2.7718-2.8612	0.2751	160	0.2512	2671	100
2.8612-2.9635	0.3168	129	0.2494	2706	100
2.9635-3.0821	0.3552	151	0.2559	2664	100
3.0821-3.2224	0.2775	144	0.245	2701	100
3.2224-3.3922	0.3204	161	0.2615	2606	97
3.3922-3.6047	0.3611	134	0.3125	2305	85
3.6047-3.8829	0.3622	131	0.297	2538	93
3.8829-4.2734	0.4098	128	0.2927	2315	85
4.2734-4.8913	0.2022	111	0.1578	2766	100
4.8913-6.1604	0.164	129	0.1643	2777	99
6.1604-47.691	0.176	142	0.1629	2878	98

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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