PDB-5yv1: DNA polymerase IV - DNA ternary complex 13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yv1

タイトル

DNA polymerase IV - DNA ternary complex 13

要素

DNA polymerase IV
DTN1
DTN2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

SOS response / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Kottur, J. / Nair, D.T.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction
著者: Kottur, J. / Nair, D.T.

履歴

登録	2017年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yv1.cif.gz	363.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yv1.ent.gz	289.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yv1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/5yv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/5yv1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yurC 5yusC 5yutC 5yuuC 5yuvC 5yuwC 5yuxC 5yuyC 5yuzC 5yv0C 5yv2C 5yv3C 5yydC 5yyeC 5zlvC 6ig1C 4ir1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gc6-d 5yye-1 4irc-1 5yuw-2 3t5j-d 5yyd-1 4irk-2 2r8i-d 4ruc-d 2w8l-d 3rbe-1 5yus-1 4jv2-d 4f4y-2 6vnp-1 6vnp-2 3t5k-d 2uvu-d 2uvr-d 5yv2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
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TALエフェクター (TAL Effectors)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

F: DNA polymerase IV

A: DNA polymerase IV

G: DTN1

H: DTN2

B: DTN1

C: DTN2

ヘテロ分子

102 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: DNA polymerase IV

G: DTN1

H: DTN2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: DNA polymerase IV

B: DTN1

C: DTN2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.070, 57.100, 110.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FA

#1: タンパク質	DNA polymerase IV / Pol IV / Translesion synthesis polymerase IV / TSL polymerase IV 分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dinB, dinP, b0231, JW0221 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 GBHC

#2: DNA鎖	DTN1 分子量: 5492.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: DNA鎖	DTN2 分子量: 5796.747 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 492分子

#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₇P₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.67 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 15% MPD, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→65.16 Å / Num. obs: 63709 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.09→2.2 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 9296 / CC_1/2: 0.832 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IR1

4ir1

解像度: 2.09→54.973 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 29.47
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2513	6259	5.06 %
R_work	0.1962	-	-
obs	0.1989	63689	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→54.973 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5374	1362	23	485	7244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7024
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.041	9776
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.994	4027
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1100
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1030

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.1137	0.3072	201	0.3033	3998	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1137-2.1386	0.3985	205	0.3081	3866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1386-2.1647	0.3352	175	0.2857	3920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1647-2.1921	0.3267	231	0.2769	3901	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1921-2.2209	0.3291	221	0.2711	3831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2209-2.2514	0.2931	218	0.2619	3966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2514-2.2835	0.2921	171	0.2612	3964	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2835-2.3176	0.346	211	0.2585	3846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3176-2.3538	0.3116	239	0.2474	3920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3538-2.3924	0.3341	209	0.2506	3948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3924-2.4337	0.2842	209	0.2364	3877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4337-2.4779	0.271	208	0.2241	3915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4779-2.5256	0.2798	205	0.2252	3916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5256-2.5771	0.3136	221	0.237	3916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5771-2.6332	0.3182	198	0.2459	3932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6332-2.6944	0.3264	228	0.2411	3915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6944-2.7618	0.2715	220	0.2201	3888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7618-2.8365	0.2831	249	0.2177	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8365-2.9199	0.26	194	0.208	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9199-3.0142	0.2706	171	0.2088	3983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0142-3.1219	0.2753	216	0.2071	3922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1219-3.2469	0.2744	189	0.19	3951	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2469-3.3946	0.2285	171	0.1745	3930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3946-3.5736	0.2237	212	0.1745	3981	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5736-3.7974	0.213	215	0.1754	3865	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7974-4.0905	0.2505	228	0.1625	3945	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0905-4.502	0.2178	171	0.1579	3899	X-RAY DIFFRACTION	100
4.502-5.1531	0.2414	233	0.1645	3935	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1531-6.4907	0.2255	212	0.1809	3903	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4907-54.9921	0.1636	228	0.1557	3880	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3608	-0.0581	0.1499	0.698	-0.0181	0.5996	-0.1048	0.0827	0.0017	-0.219	0.0317	-0.5379	0.0421	0.0052	-0.0008	0.1955	-0.0291	0.0763	0.1772	-0.0045	0.3554	4.7168	-14.2979	-70.0755
2	0.3403	0.042	0.2334	0.4851	-0.0737	0.3236	-0.1259	0.0249	0.6157	-0.1716	-0.1026	0.2005	-0.174	-0.1192	-0.0611	0.259	0.0076	-0.115	0.2176	0.027	0.46	-12.603	2.9451	-69.3652
3	0.3203	-0.1739	0.2051	0.2302	0.0493	0.2995	-0.2715	-0.1559	0.1623	0.4365	-0.0181	-0.3572	-0.1467	-0.0447	-0.0036	0.3001	0.0423	-0.086	0.2206	-0.0577	0.4408	1.3162	-14.9888	-44.4775
4	1.2459	0.62	0.0235	1.4938	-0.7618	1.2714	-0.2487	-0.2089	0.5235	-0.3944	0.2635	0.3227	0.4258	-0.6432	0.161	0.0355	-0.039	0.0696	0.48	-0.2172	0.2464	-30.6327	-19.35	-64.1661
5	0.2352	0.0918	0.1455	0.2209	-0.0541	0.3497	0.0852	0.0153	-0.1373	0.2657	-0.0066	-0.3394	0.2078	0.3232	-0.0001	0.5945	0.0404	-0.1014	0.4024	0.0101	0.3494	-27.9319	-8.5898	3.3418
6	0.1373	0.1246	-0.1503	0.1731	-0.0634	0.1873	0.1796	0.1963	0.0082	0.023	-0.0393	-0.2559	-0.4875	0.4865	0.0001	0.68	-0.053	-0.0023	0.4582	-0.0144	0.3996	-25.5652	8.3191	-14.5509
7	0.2003	-0.0089	0.0389	0.1843	-0.0495	0.0319	0.086	-0.1035	0.0565	-0.0971	-0.0174	0.3376	0.0451	-0.2315	-0.0002	0.6194	-0.022	0.0172	0.3965	0.02	0.293	-52.6146	-9.2272	-4.5787
8	0.4005	0.0543	-0.1419	0.4898	0.5754	0.7768	-0.0874	0.1433	-0.2129	0.1377	-0.1173	-0.119	0.1712	0.2123	0.0002	0.4663	0.152	0.0324	0.444	-0.0043	0.2987	-27.661	-15.2527	-32.387
9	1.462	-0.0908	0.6968	0.6002	0.1863	0.4581	-0.0319	-0.2878	-0.1907	-0.1222	-0.1236	-0.0818	0.0339	-0.151	-0.0402	0.0833	-0.0047	0.0694	0.2566	-0.019	0.2337	-18.4324	-24.4814	-52.9416
10	0.2304	-0.1488	0.1696	0.3084	-0.0625	0.146	0.1299	-0.0236	-0.0267	-0.0305	-0.1793	-0.047	-0.0275	-0.1347	-0	0.5613	-0.0168	0.009	0.4441	-0.0513	0.284	-42.5675	-21.0019	-23.9971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 0 through 10 or resid 76 through 164 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 11 through 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resid 165 through 229 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resid 241 through 341 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 0 through 10 or resid 76 through 164 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 11 through 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 229 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 241 through 341 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 860 through 874 ) or chain 'G' and (resid 838 through 854) or chain 'F' and (resid 901 through 904)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 838 through 854 ) or chain 'C' and (resid 857 through 874) or chain 'A' and (resid 901 through 903)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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