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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yu2 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Ribonuclease YabJ | ||||||||||||
![]() | Translation initiation inhibitor homologue | ||||||||||||
![]() | GENE REGULATION / SAV0497 / YabJ / ribonuclease | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A novel chlorination-induced ribonuclease YabJ fromStaphylococcus aureus. 著者: Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qd9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14276.385 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV0497 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.69 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/HCl, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 65604 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2.1 % / Net I/σ(I): 42.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / % possible all: 95.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QD9 解像度: 1.75→46.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.416 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.614 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→46.99 Å
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拘束条件 |
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