PDB-5yu2: Structure of Ribonuclease YabJ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yu2

タイトル

Structure of Ribonuclease YabJ

要素

Translation initiation inhibitor homologue

キーワード

GENE REGULATION / SAV0497 / YabJ / ribonuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

deaminase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J.

資金援助

韓国, 3件

組織	認可番号	国
National Research Foundation (Korea)	2015R1A2A1A05001894	韓国
National Research Foundation (Korea)	2014K1A3A1A19067618	韓国
National Research Foundation (Korea)	2010-0025488	韓国

引用

ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2018
タイトル: A novel chlorination-induced ribonuclease YabJ fromStaphylococcus aureus.
著者: Kim, H.J. / Kwon, A.R. / Lee, B.J.

履歴

登録	2017年11月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yu2.cif.gz	163.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yu2.ent.gz	129.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qd9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jxm-d 4mu9-1 3l7q-2 5v4d-2 2b33-1 5inj-d 1qd9-d 6igb-1 5mum-d 3mjz-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Translation initiation inhibitor homologue

B: Translation initiation inhibitor homologue

C: Translation initiation inhibitor homologue

D: Translation initiation inhibitor homologue

E: Translation initiation inhibitor homologue

F: Translation initiation inhibitor homologue

85.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Translation initiation inhibitor homologue

B: Translation initiation inhibitor homologue

C: Translation initiation inhibitor homologue

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
42.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Translation initiation inhibitor homologue

E: Translation initiation inhibitor homologue

F: Translation initiation inhibitor homologue

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.118, 83.216, 89.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Translation initiation inhibitor homologue 分子量: 14276.385 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV0497 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3JTJ5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 65604 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2.1 % / Net I/σ(I): 42.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
MxDC		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP	11.4.06	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QD9

1qd9

解像度: 1.75→46.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.416 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20206	3325	4.8 %	RANDOM
R_work	0.15968	-	-	-
obs	0.16181	65604	99.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.614 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.75→46.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5820	0	0	499	6319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	5920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.888	1.976	8014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.058	3	13435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.96	5	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.162	26.356	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.703	15	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.449	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	958
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	6466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.417	2.206	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.415	2.205	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.422	3.295	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.422	3.296	3745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.234	2.609	2918
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.23	2.609	2918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.976	3.747	4266
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.442	27.666	6471
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.26	27.238	6351
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.748→1.793 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	236	-
R_work	0.228	4726	-
obs	-	-	97.43 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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