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万見
- PDB-2b33: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE ENDORIBONUCLEASE (TM0215) FROM TH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b33
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE ENDORIBONUCLEASE (TM0215) FROM THERMOTOGA MARITIMA MSB8 AT 2.30 A RESOLUTION
要素protein synthesis inhibitor, putative
キーワードHYDROLASE / PROTEIN SYNTHESIS INHIBITOR / PUTATIVE ENDORIBONUCLEASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


deaminase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / RutC-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein synthesis inhibitor, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Protein synthesis inhibitor, putative (tm0215) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein synthesis inhibitor, putative
B: protein synthesis inhibitor, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7186
ポリマ－31,4922
非ポリマー2264
水1,44180
1
A: protein synthesis inhibitor, putative
ヘテロ分子

A: protein synthesis inhibitor, putative
ヘテロ分子

A: protein synthesis inhibitor, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6109
ポリマ－47,2383
非ポリマー3726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA, PQS
2
B: protein synthesis inhibitor, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8483
ポリマ－15,7461
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: protein synthesis inhibitor, putative
ヘテロ分子

B: protein synthesis inhibitor, putative
ヘテロ分子

B: protein synthesis inhibitor, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5449
ポリマ－47,2383
非ポリマー3066
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.280, 53.280, 228.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETILEILE1AA1 - 3513 - 47
21LYSLYSILEILE1BB2 - 3514 - 47
32ASPASPLYSLYS2AA36 - 5048 - 62
42ASPASPLYSLYS2BB36 - 5048 - 62
53THRTHRASPASP1AA51 - 8363 - 95
63THRTHRASPASP1BB51 - 8363 - 95
74TYRTYRGLUGLU2AA84 - 11696 - 128
84TYRTYRGLUGLU2BB84 - 11696 - 128
95ILEILEGLYGLY1AA117 - 127129 - 139
105ILEILEGLYGLY1BB117 - 127129 - 139

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要素

#1: タンパク質 protein synthesis inhibitor, putative


分子量: 15745.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: tm0215 / プラスミド: HK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WY58
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.52 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.3
詳細: 0.2 M Ca Acetate, 20.0% PEG 3350, No Buffer, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.95372
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月3日 / 詳細: PAIR OF BIMORPH KIRKPATRICK-BAEZ MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→26.64 Å / Num. obs: 13161 / % possible obs: 80.9 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Net I/σ(I): 5.27
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.901 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs
2.12-2.267.31.151.7633481964
2.2-2.2868.11.9630241707
2.28-2.3969.82.3135932040
2.39-2.5170.72.433601877
2.51-2.6770.92.9636772041
2.67-2.8889.23.4462182480
2.88-3.1690.64.7661742440
3.16-3.62936.8465982605
3.62-4.5595.19.7165972618
4.5594.612.2967992682

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qahA

解像度: 2.3→26.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 20.53 / SU ML: 0.249 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.513 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A CALCIUM CATION FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAS BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 504 4.9 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.202 ---
obs-9833 96.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.829 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.66 Å2-1.33 Å20 Å2
2---2.66 Å20 Å2
3---3.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1937 0 13 80 2030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.9652678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99434276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9225251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.11824.36887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.41415328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8411513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1610.3340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.140.31855
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.5944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.51046
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.5132
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1280.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.120.312
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1150.370
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.515
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2060.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.85831312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.193516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29552036
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7478767
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.01311642
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1384tight positional0.020.05
462medium positional0.440.5
1384tight thermal0.060.5
462medium thermal0.442
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 37 -
Rwork0.271 680 -
obs--90.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6884-0.2547-1.09413.36890.20725.7627-0.04790.3420.1955-0.3142-0.1784-0.3309-0.40250.14490.2263-0.0038-0.0386-0.0344-0.06830.0855-0.11744.01112.5375.716
23.25540.00010.49793.68411.58093.7580.0063-0.117-0.24250.195-0.0372-0.15950.0238-0.04910.0309-0.1155-0.01290.0183-0.15730.0213-0.2719-0.21417.502110.32
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 12713 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 12714 - 139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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