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- PDB-5ysl: Crystal structure of antibody 1H1 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ysl
タイトルCrystal structure of antibody 1H1 Fab
要素
  • 1H1 heavy chain
  • 1H1 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fragment / FAB FRAGMENT / FICIN DIGESTION / INTACT ANTIBODY IgG1
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hu, X.L. / Yang, F.L.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2017
タイトル: Two classes of protective antibodies against Pseudorabies virus variant glycoprotein B: Implications for vaccine design.
著者: Xiangdong Li / Fanli Yang / Xule Hu / Feifei Tan / Jianxun Qi / Ruchao Peng / Min Wang / Yan Chai / Liying Hao / Junhua Deng / Chenyu Bai / Juan Wang / Hao Song / Shuguang Tan / Guangwen Lu / ...著者: Xiangdong Li / Fanli Yang / Xule Hu / Feifei Tan / Jianxun Qi / Ruchao Peng / Min Wang / Yan Chai / Liying Hao / Junhua Deng / Chenyu Bai / Juan Wang / Hao Song / Shuguang Tan / Guangwen Lu / George F Gao / Yi Shi / Kegong Tian /
要旨: Pseudorabies virus (PRV) belongs to the Herpesviridae family, and is an important veterinary pathogen. Highly pathogenic PRV variants have caused severe epidemics in China since 2011, causing huge ...Pseudorabies virus (PRV) belongs to the Herpesviridae family, and is an important veterinary pathogen. Highly pathogenic PRV variants have caused severe epidemics in China since 2011, causing huge economic losses. To tackle the epidemics, we identified a panel of mouse monoclonal antibodies (mAbs) against PRV glycoprotein B (gB) that effectively block PRV infection. Among these 15 mAbs, fourteen of them block PRV entry in a complement-dependent manner. The remaining one, 1H1 mAb, however can directly neutralize the virus independent of complement and displays broad-spectrum neutralizing activities. We further determined the crystal structure of PRV gB and mapped the epitopes of these antibodies on the structure. Interestingly, all the complement-dependent neutralizing antibodies bind gB at the crown region (domain IV). In contrast, the epitope of 1H1 mAb is located at the bottom of domain I, which includes the fusion loops, indicating 1H1 mAb might neutralize the virus by interfering with the membrane fusion process. Our studies demonstrate that gB contains multiple B-cell epitopes in its crown and base regions and that antibodies targeting different epitopes block virus infection through different mechanisms. These findings would provide important clues for antiviral drug design and vaccine development.
履歴
登録2017年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1H1 heavy chain
B: 1H1 light chain
C: 1H1 heavy chain
D: 1H1 light chain
E: 1H1 heavy chain
F: 1H1 light chain
G: 1H1 heavy chain
H: 1H1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,2658
ポリマ－189,2658
非ポリマー00
水00
1
A: 1H1 heavy chain
B: 1H1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3162
ポリマ－47,3162
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
2
C: 1H1 heavy chain
D: 1H1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3162
ポリマ－47,3162
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
3
E: 1H1 heavy chain
F: 1H1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3162
ポリマ－47,3162
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
4
G: 1H1 heavy chain
H: 1H1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3162
ポリマ－47,3162
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.183, 81.091, 98.472
Angle α, β, γ (deg.)85.68, 82.85, 71.45
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体
1H1 heavy chain


分子量: 23650.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
1H1 light chain


分子量: 23666.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.2 M potassium sulfate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 64042 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 13.326
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SY6

1sy6


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 11.272 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.646 / ESU R Free: 0.322 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27337 3251 5.1 %RANDOM
Rwork0.21239 ---
obs0.21552 60791 97.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.266 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.93 Å20.15 Å20.66 Å2
2---1.32 Å2-0.7 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12923 0 0 0 12923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7871.93618086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.049327692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.27151681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.82924.206504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.735152069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5791544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.22034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02114879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5954.6086760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5934.6086759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3586.9078429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3586.9078430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9114.9086511
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.914.9096512
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9847.2039658
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.40136.71113624
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.40236.71413625
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.484→2.548 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 222 -
Rwork0.304 3874 -
obs--83.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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