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- PDB-5ys2: Structure of the domain IV(D_IV) of Pseudorabies virus glycoprote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ys2
タイトルStructure of the domain IV(D_IV) of Pseudorabies virus glycoprotein B( PRV gB)
要素Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B
キーワードVIRAL PROTEIN / fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome / host cell Golgi apparatus / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #1230 / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / SH3 type barrels. ...SH3 type barrels. - #1230 / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein B / Glycoprotein gB / GB
類似検索 - 構成要素
生物種Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.698 Å
データ登録者Hu, X.L. / Yang, F.L.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2017
タイトル: Two classes of protective antibodies against Pseudorabies virus variant glycoprotein B: Implications for vaccine design.
著者: Xiangdong Li / Fanli Yang / Xule Hu / Feifei Tan / Jianxun Qi / Ruchao Peng / Min Wang / Yan Chai / Liying Hao / Junhua Deng / Chenyu Bai / Juan Wang / Hao Song / Shuguang Tan / Guangwen Lu / ...著者: Xiangdong Li / Fanli Yang / Xule Hu / Feifei Tan / Jianxun Qi / Ruchao Peng / Min Wang / Yan Chai / Liying Hao / Junhua Deng / Chenyu Bai / Juan Wang / Hao Song / Shuguang Tan / Guangwen Lu / George F Gao / Yi Shi / Kegong Tian /
要旨: Pseudorabies virus (PRV) belongs to the Herpesviridae family, and is an important veterinary pathogen. Highly pathogenic PRV variants have caused severe epidemics in China since 2011, causing huge ...Pseudorabies virus (PRV) belongs to the Herpesviridae family, and is an important veterinary pathogen. Highly pathogenic PRV variants have caused severe epidemics in China since 2011, causing huge economic losses. To tackle the epidemics, we identified a panel of mouse monoclonal antibodies (mAbs) against PRV glycoprotein B (gB) that effectively block PRV infection. Among these 15 mAbs, fourteen of them block PRV entry in a complement-dependent manner. The remaining one, 1H1 mAb, however can directly neutralize the virus independent of complement and displays broad-spectrum neutralizing activities. We further determined the crystal structure of PRV gB and mapped the epitopes of these antibodies on the structure. Interestingly, all the complement-dependent neutralizing antibodies bind gB at the crown region (domain IV). In contrast, the epitope of 1H1 mAb is located at the bottom of domain I, which includes the fusion loops, indicating 1H1 mAb might neutralize the virus by interfering with the membrane fusion process. Our studies demonstrate that gB contains multiple B-cell epitopes in its crown and base regions and that antibodies targeting different epitopes block virus infection through different mechanisms. These findings would provide important clues for antiviral drug design and vaccine development.
履歴
登録2017年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B
B: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B
C: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B
D: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B
E: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B
F: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,5856
ポリマ－165,5856
非ポリマー00
水00
1
A: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B
B: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B
C: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7933
ポリマ－82,7933
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11130 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area26060 Å2
手法PISA
2
D: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B
E: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B
F: Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7933
ポリマ－82,7933
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11100 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area26180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.911, 119.850, 123.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
Envelope glycoprotein B,Envelope glycoprotein B / PRV gB D_IV / gB


分子量: 27597.557 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of PRV gB (residues 62-148), linker GGSG, PRV gB (residues 489-700), and tags HHHHHHHH
由来: (組換発現) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: gB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A0U3FH21, UniProt: A0A1Q0AKY1, UniProt: T2FL65*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M MES, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.698→50 Å / Num. obs: 38191 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 15.078
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化解像度: 2.698→46.518 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2911 1913 5.01 %
Rwork0.2267 --
obs0.23 38147 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.698→46.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8134 0 0 0 8134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38911220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.523122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0951238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6981-2.76560.41081270.32652517X-RAY DIFFRACTION99
2.7656-2.84040.37531630.31222515X-RAY DIFFRACTION100
2.8404-2.92390.37431380.29572569X-RAY DIFFRACTION100
2.9239-3.01830.34251260.27852573X-RAY DIFFRACTION100
3.0183-3.12610.38561070.29552575X-RAY DIFFRACTION100
3.1261-3.25130.35531350.27552582X-RAY DIFFRACTION100
3.2513-3.39920.39211200.26862594X-RAY DIFFRACTION100
3.3992-3.57840.33891650.25632546X-RAY DIFFRACTION100
3.5784-3.80250.31061440.23512578X-RAY DIFFRACTION100
3.8025-4.09590.28111320.21512602X-RAY DIFFRACTION100
4.0959-4.50780.221220.17932607X-RAY DIFFRACTION99
4.5078-5.15930.24291500.17612605X-RAY DIFFRACTION99
5.1593-6.49740.26141340.21422643X-RAY DIFFRACTION99
6.4974-46.52470.25831500.20882728X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04910.0272-0.00720.22690.02370.03240.0779-0.1607-0.03440.0918-0.048-0.2485-0.07850.12190.07670.1577-0.1169-0.01110.19460.03550.14519.5719-2.473636.092
20.11670.09290.0230.1724-0.04130.2063-0.1160.16610.0427-0.1749-0.0277-0.008-0.10650.1086-0.10640.1803-0.07730.00910.17140.00130.2038-2.5042-15.070118.1537
30.19140.1176-0.10290.18010.0310.3094-0.0988-0.0919-0.0608-0.0087-0.23310.0357-0.0720.0527-0.5930.0417-0.09480.0421-0.0050.1358-0.0664-11.3211-15.95941.4073
40.14030.07090.04360.0667-0.04240.11420.04970.111-0.154-0.08-0.0313-0.05720.12750.05750.00860.1342-0.0167-0.10610.126-0.00720.1053-55.2195-36.09113.7497
50.1354-0.0221-0.04050.0654-0.03020.0722-0.0978-0.04090.0365-0.06140.07890.0340.00030.0686-0.02410.1587-0.0048-0.08110.1333-0.01760.1731-45.1295-15.791514.1022
60.1209-0.04420.06830.07570.01690.09760.02650.0645-0.0944-0.00640.01980.09720.00150.06550.04320.05890.0063-0.05450.0304-0.02390.0801-34.4166-37.590417.6519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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