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- PDB-4g9a: Crystal structure of calcium2+-bound wild-type CD23 lectin domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g9a
タイトルCrystal structure of calcium2+-bound wild-type CD23 lectin domain
要素Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


low-affinity IgE receptor activity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / macrophage activation / IgE binding / pattern recognition receptor activity / Interleukin-10 signaling / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis ...low-affinity IgE receptor activity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / macrophage activation / IgE binding / pattern recognition receptor activity / Interleukin-10 signaling / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / integrin binding / carbohydrate binding / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Yuan, D. / Sutton, B.J. / Dhaliwal, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Ca2+-dependent Structural Changes in the B-cell Receptor CD23 Increase Its Affinity for Human Immunoglobulin E.
著者: Yuan, D. / Keeble, A.H. / Hibbert, R.G. / Fabiane, S. / Gould, H.J. / McDonnell, J.M. / Beavil, A.J. / Sutton, B.J. / Dhaliwal, B.
履歴
登録2012年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
B: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
C: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
D: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,09711
ポリマ－64,6604
非ポリマー4377
水7,278404
1
A: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2973
ポリマ－16,1651
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2973
ポリマ－16,1651
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2052
ポリマ－16,1651
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2973
ポリマ－16,1651
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.243, 53.705, 56.641
Angle α, β, γ (deg.)112.920, 88.530, 114.960
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor / BLAST-2 / C-type lectin domain family 4 member J / Fc-epsilon-RII / Immunoglobulin E-binding factor ...BLAST-2 / C-type lectin domain family 4 member J / Fc-epsilon-RII / Immunoglobulin E-binding factor / Lymphocyte IgE receptor / Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor membrane-bound form / Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor soluble form


分子量: 16164.986 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 156-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD23A, CLEC4J, FCE2, FCER2, IGEBF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06734
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 18.5% PEG 6000, 2% 1,6-hexanediol, 0.05M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月6日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 35333 / Num. obs: 34951 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 19.96 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H2R

2h2r


解像度: 2.001→38.839 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.8687 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2054 1732 5.01 %RANDOM
Rwork0.1524 ---
all0.155 35333 --
obs0.155 34538 97.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.879 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 136.83 Å2 / Biso mean: 26.6003 Å2 / Biso min: 6.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0884 Å2-2.6684 Å22.9653 Å2
2--1.2913 Å2-1.3292 Å2
3----1.3797 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→38.839 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4227 0 22 404 4653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9636007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5941595
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0012-2.06010.26041260.20592543266991
2.0601-2.12660.21931310.18762719285097
2.1266-2.20260.22971470.16092726287397
2.2026-2.29070.24691380.15642728286697
2.2907-2.3950.22641500.15542732288297
2.395-2.52120.211500.15992764291498
2.5212-2.67920.25391490.16442760290998
2.6792-2.8860.23361490.15992743289298
2.886-3.17630.20341610.14392775293698
3.1763-3.63560.21361300.1412777290799
3.6356-4.57930.15191610.1262749291099
4.5793-38.84650.18781400.15752790293099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.380.05380.06860.23260.20430.39590.0359-0.0397-0.05720.0252-0.0430.05030.0578-0.08140.01820.0874-0.00040.00590.10320.00030.0778-16.570224.2365-12.8586
20.8259-0.00590.54240.23090.04410.59990.1527-0.0142-0.0719-0.1304-0.0151-0.09820.0573-0.0964-0.06410.10730.0176-0.00670.1001-0.02270.1212-15.567435.7524-19.2192
30.4373-0.31210.12510.9861-0.7361.1564-0.26010.12840.0605-0.1194-0.2952-0.382-0.12680.4301-0.72380.05350.07380.1232-0.0926-0.1868-0.0361-12.082123.6512-27.7574
40.5202-0.15490.15240.32180.17410.55070.02030.03770.0211-0.0318-0.01990.0179-0.0162-0.07240.00750.1010.00560.00910.1001-0.00430.0945-9.304124.2175-22.3776
50.63680.3831-0.19170.47-0.31320.2289-0.11190.2154-0.0148-0.33910.1085-0.04580.293-0.13280.00960.2372-0.08520.02280.2435-0.01490.1524-31.708942.3915-50.0456
60.1623-0.05730.17290.1414-0.00890.90980.110.0311-0.0331-0.01380.03360.01340.07840.1962-0.03050.1328-0.00930.01710.1482-0.00580.154-26.434543.3564-37.898
70.85110.3014-0.0330.6094-0.94161.7171-0.23450.09940.05230.0388-0.0162-0.1503-0.2801-0.01280.11770.1278-0.0235-0.01260.1241-0.01580.1509-25.329852.3023-34.6534
80.1815-0.2552-0.14540.35540.20880.1979-0.01090.09310.1745-0.12340.1419-0.0705-0.13710.06160.05890.0691-0.0709-0.03990.14620.01510.0248-35.224147.6963-39.0881
91.29120.52740.16860.539-0.27841.22690.10920.0509-0.0156-0.12370.05170.03550.3233-0.1675-0.04360.173-0.04230.02180.1573-0.01910.1634-37.255235.6538-39.5763
101.03830.54460.23990.61310.28931.3950.07130.0023-0.3302-0.02840.0483-0.06790.1145-0.0491-0.06180.15810.0185-0.0280.1021-0.01530.1464-29.225239.1828-30.7072
110.1358-0.0731-0.01990.03940.00380.0456-0.0989-0.21740.11290.1696-0.03640.171-0.067-0.2133-0.0302-0.0230.22850.24050.0711-0.2878-0.2113-38.985854.9063-25.3079
120.14120.1731-0.15610.7518-0.14140.1718-0.03930.06750.2245-0.0621-0.06020.1587-0.00090.0044-0.07850.06010.2708-0.0445-0.01360.1070.1216-40.693351.8598-33.5065
130.4570.13180.17820.74830.3810.23640.0333-0.03620.13920.2396-0.08150.04420.1926-0.32630.0130.1473-0.0220.01870.23260.00090.12-39.822944.5612-23.8452
140.57740.46640.35291.37461.25461.19770.00390.0684-0.20820.22040.0471-0.05750.2122-0.0369-0.02820.1321-0.03620.01170.1095-0.00690.1569-36.305538.4353-26.479
150.2129-0.05520.05850.0412-0.0440.10940.0388-0.02330.0919-0.0510.0323-0.06130.0415-0.0241-0.00570.15770.0113-0.04990.17040.03380.1151-26.35246.1275-22.554
160.0305-0.0992-0.02330.3748-0.0380.2455-0.1120.3052-0.0301-0.04260.1931-0.22980.0475-0.1027-0.02320.0957-0.05710.03620.2432-0.01820.1268-31.201146.7717-46.5154
171.3933-0.196-0.1220.2886-0.01730.1587-0.1102-0.099-0.1552-0.09840.0228-0.111-0.22340.3692-0.00720.2457-0.1022-0.0190.2751-0.0120.2029-9.248958.0878-1.3798
180.13620.03760.12410.25970.05810.1064-0.0875-0.01170.01440.19670.0231-0.0316-0.219-0.01950.00150.18070.023-0.0220.11190.00670.0882-21.613654.1321-3.5458
190.0749-0.02040.07660.3233-0.06740.148-0.0197-0.0034-0.0530.02470.06110.00330.043-0.06590.01680.139-0.0122-0.03320.11250.01510.1008-27.684541.0406-8.743
200.1710.06030.02830.15720.12720.24730.0740.0110.03030.1338-0.04660.0447-0.13610.10510.05660.16380.025-0.02130.16470.02210.0971-24.47851.7029-3.4997
210.5355-0.1657-0.16350.4217-0.14630.15760.0945-0.2759-0.52230.0913-0.0178-0.19210.09210.0678-0.01640.17970.0025-0.04750.19360.06320.39410.062348.9592-22.5128
220.73090.01010.2640.24570.11390.40810.0256-0.0596-0.3582-0.0854-0.0117-0.2047-0.0337-0.0144-0.00050.0928-0.0171-0.01230.10330.0040.1784-12.364953.5308-30.2437
230.1756-0.0913-0.17370.21780.21280.27760.2708-0.1863-0.262-0.0030.02360.00370.1595-0.08970.04680.1215-0.0148-0.08840.11180.05490.1519-7.018458.9477-24.1354
240.1989-0.06470.33180.193-0.22980.8516-0.17830.1905-0.05780.0324-0.208-0.2428-0.00860.16850.14350.121-0.02120.0320.19030.00980.32613.461659.8872-30.322
250.1895-0.041-0.07710.0278-0.02020.1242-0.01850.1658-0.1565-0.23080.1582-0.1417-0.02830.1195-0.00580.1507-0.01350.06760.1257-0.04280.1659-6.881559.4904-37.9266
261.72560.3803-0.10150.23490.17771.66390.1137-0.08760.34220.0165-0.00070.0712-0.21570.0112-0.0710.1578-0.01740.00480.12810.00080.1837-16.590573.5135-27.0859
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290.12620.0645-0.01720.1361-0.22590.639-0.04760.19220.28160.01110.00320.0366-0.1991-0.131-0.01190.1458-0.0038-0.02170.10050.03270.1646-13.657872.9192-35.5118
300.0684-0.0232-0.18960.06920.10230.75310.02950.1536-0.0877-0.1588-0.0291-0.32040.0053-0.02540.01390.1127-0.00450.06660.1280.03140.1869-4.674667.4312-37.2011
310.6760.09330.06830.1541-0.04370.026-0.05480.3780.0542-0.13890.1212-0.05290.04790.089-0.02750.1805-0.0029-0.00210.1984-0.01610.1118-16.966162.2094-40.2022
320.4892-0.17610.10660.070.01050.2482-0.0029-0.074-0.46880.034-0.0993-0.17330.0494-0.0131-0.0340.1242-0.005-0.04540.17890.08060.3143-6.095452.208-24.1937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resseq 158:203)B158 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 204:213)B204 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 214:249)B214 - 249
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 250:291)B250 - 291
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 159:172)A159 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 173:183)A173 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 184:194)A184 - 194
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 195:203)A195 - 203
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 204:213)A204 - 213
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 214:222)A214 - 222
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resseq 223:231)A223 - 231
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resseq 232:239)A232 - 239
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resseq 240:262)A240 - 262
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resseq 263:271)A263 - 271
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resseq 272:278)A272 - 278
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resseq 279:290)A279 - 290
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 160:172)C160 - 172
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 173:222)C173 - 222
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 223:262)C223 - 262
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resseq 263:289)C263 - 289
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resseq 160:172)D160 - 172
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resseq 173:194)D173 - 194
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resseq 195:203)D195 - 203
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resseq 204:213)D204 - 213
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resseq 214:222)D214 - 222
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resseq 223:231)D223 - 231
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resseq 232:239)D232 - 239
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resseq 240:249)D240 - 249
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resseq 250:262)D250 - 262
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resseq 263:271)D263 - 271
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resseq 272:278)D272 - 278
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resseq 279:288)D279 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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