PDB-5yj2: Crystal structure of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase without deh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yj2

タイトル

Crystal structure of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase without dehydration

要素

Uric acid degradation bifunctional protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / enzyme catalysis / oxidation / water square / dehydration / humid control / environmental adaptation

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / allantoin metabolic process / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Hibi, T. / Itoh, T. / Nishiya, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase without dehydration
著者: Hibi, T. / Itoh, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2017年10月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月19日	Group: Data collection / Experimental preparation / Structure summary カテゴリ: entity / exptl_crystal_grow Item: _entity.formula_weight / _exptl_crystal_grow.pdbx_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yj2.cif.gz	703.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yj2.ent.gz	615.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5yj2_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yj2_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	5yj2_validation.xml.gz	56.7 KB	表示
CIF形式データ	5yj2_validation.cif.gz	84.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/5yj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/5yj2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1j2g 3wlv 4xfp 5ayj 5y2p 5y52
類似構造データ	7cmq-1 3wlv-d 7cuc-1 5z27-1 5y2p-1 1j2g-d 5y52-d 5ayj-d 5z2b-1 4xfp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (5)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
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終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
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グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uric acid degradation bifunctional protein

B: Uric acid degradation bifunctional protein

C: Uric acid degradation bifunctional protein

D: Uric acid degradation bifunctional protein

ヘテロ分子

144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.073, 143.895, 70.231
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Uric acid degradation bifunctional protein 分子量: 35714.102 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 178-489 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus sp. (strain TB-90) (バクテリア) 株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) 参照: UniProt: Q45697, 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, factor-independent urate hydroxylase

#1: タンパク質

Uric acid degradation bifunctional protein

分子量: 35714.102 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 178-489 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus sp. (strain TB-90) (バクテリア)
株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主:

Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
参照: UniProt: Q45697, 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, factor-independent urate hydroxylase

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非ポリマー , 5種, 1324分子

#2: 化合物	ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン分子量: 153.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MXE / 2-METHOXYETHANOL / 2-メトキシエタノ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16% PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl, 0.08 M K2SO4, 2 mM 8-azaxanthine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 147456 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.107 / Χ²: 1.033 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 7291 / CC_1/2: 0.809 / R_pim(I) all: 0.397 / Χ²: 1.105 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.71→34.114 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1902	14368	9.94 %
R_work	0.1626	-	-
obs	0.1653	144496	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.4 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.177 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→34.114 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9608	0	77	1311	10996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9974
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.754	13552
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.473	5849
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1724

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7099-1.7294	0.2939	395	0.2381	3489	X-RAY DIFFRACTION	81
1.7294-1.7497	0.2563	511	0.2285	4338	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7497-1.771	0.2558	448	0.2229	4332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.771-1.7935	0.246	458	0.2109	4388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7935-1.8171	0.2481	447	0.2189	4301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8171-1.8419	0.2514	482	0.204	4350	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8683	0.2396	460	0.206	4340	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8683-1.8961	0.2301	457	0.1979	4362	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8961-1.9258	0.2218	483	0.1885	4314	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9258-1.9573	0.2336	446	0.1867	4387	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9573-1.9911	0.2189	472	0.1836	4330	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9911-2.0273	0.2071	484	0.1821	4341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0273-2.0663	0.2078	524	0.1774	4268	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0663-2.1084	0.1985	467	0.1709	4364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1084-2.1543	0.1869	474	0.1624	4320	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1543-2.2044	0.1861	474	0.1545	4350	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2044-2.2595	0.1871	447	0.1583	4399	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2595-2.3206	0.1919	477	0.1564	4340	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3206-2.3888	0.1893	467	0.1604	4380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3888-2.4659	0.2021	491	0.1632	4306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4659-2.554	0.2083	447	0.1596	4402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.554-2.6563	0.1886	526	0.1599	4316	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6563-2.7771	0.1982	515	0.1573	4334	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7771-2.9234	0.1929	541	0.1606	4328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9234-3.1065	0.1943	532	0.1579	4320	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1065-3.3462	0.1771	507	0.152	4428	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3462-3.6825	0.156	474	0.1433	4431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6825-4.2146	0.1612	455	0.1321	4469	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2146-5.3067	0.1314	448	0.1214	4542	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3067-34.1212	0.1927	559	0.1906	4559	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7718	0.1388	0.1482	3.0775	-0.5894	0.5761	-0.0434	0.0918	-0.0223	-0.2267	0.0359	0.1398	-0.0116	-0.0168	-0.0006	0.1233	0.0052	-0.0278	0.1306	0.0021	0.1035	-13.2038	32.4847	134.8605
2	0.4244	0.3548	-0.2103	1.6036	-1.4064	2.6146	-0.0399	0.0199	-0.0816	-0.0633	0	0.0283	0.04	-0.0506	0.0703	0.1315	0.0194	-0.0039	0.1265	-0.019	0.1618	-10.0375	19.4924	141.6783
3	0.5205	0.0446	0.0374	0.427	0.0695	0.0462	0.0174	0.059	-0.0036	-0.061	-0.0163	0.0144	-0.0231	0.0334	0.0013	0.1233	0.0085	-0.0003	0.1268	-0.0016	0.0908	5.8699	22.135	143.5275
4	1.3485	0.747	0.6754	0.9918	0.4999	0.9054	0.0091	0.0493	-0.0582	-0.0469	0.0106	-0.033	0.0119	0.0461	-0.0166	0.1406	0.0084	0.01	0.1313	-0.0071	0.1181	12.6472	14.8968	142.8778
5	1.0434	0.1185	-0.1867	1.5414	0.8517	1.8105	0.0045	-0.1045	-0.1005	0.1559	0.0384	-0.142	0.0419	0.2141	-0.0101	0.1207	-0.0024	-0.0097	0.1484	-0.0034	0.1642	19.8374	22.9941	158.1353
6	0.3774	0.408	0.1143	1.3997	0.033	0.0077	0.0088	-0.0431	-0.0031	0.1522	-0.0214	-0.0325	0.0038	-0.0093	0.0257	0.1589	0.0007	-0.0088	0.1422	0.0015	0.128	9.7354	24.8224	178.0824
7	1.6386	0.7141	0.2976	2.4374	0.3901	1.2442	0.0261	-0.0519	-0.0763	0.1309	-0.046	-0.1101	0.0325	0.018	0.0252	0.1367	-0.0093	-0.0243	0.1304	0.0058	0.1203	13.8015	25.2821	182.2945
8	0.5407	-0.0062	0.2258	0.3214	-0.287	-0.042	0.0128	-0.0415	-0.0683	0.0153	-0.0393	-0.0314	-0.0207	-0.0584	0.0318	0.1276	-0.0026	0.0001	0.1327	-0.0026	0.1144	-1.7952	18.9817	169.0963
9	0.8046	-0.3805	0.4439	0.9496	-0.5135	0.929	0.0023	-0.0341	-0.0276	0.0067	0.0183	0.0468	0.03	-0.07	-0.0239	0.1314	0.0011	0.0093	0.1312	-0.0006	0.122	-13.9048	17.9195	169.0675
10	0.8251	0.1153	-0.0451	1.0595	-0.1068	0.3001	0.0118	-0.073	0.099	0.114	-0.0023	-0.0235	-0.0876	-0.0183	-0.0073	0.1531	0.0212	0.0012	0.1478	-0.0149	0.1311	-17.8439	44.3968	169.1
11	1.1693	0.6227	0.2068	1.7766	-0.1231	0.5663	0.0133	-0.046	0.1225	0.0488	-0.0119	0.1263	-0.0692	-0.0272	0.0054	0.1213	0.0117	0.0168	0.1529	-0.0058	0.1183	-23.3066	43.9143	170.3923
12	0.5138	-0.0906	0.2031	0.3966	0.1481	0.0125	-0.0139	-0.0493	0.0676	0.0034	-0.0419	0.0059	-0.0494	0.0004	0.0619	0.1189	-0.0047	0.0051	0.1103	-0.0084	0.0991	-2.8778	50.0524	168.5957
13	2.2086	-0.462	0.1131	1.4115	0.0155	0.5695	-0.0448	-0.0924	0.1757	0.0745	-0.0098	0.0098	-0.1103	-0.0549	0.0579	0.177	0.0002	-0.0076	0.1431	-0.0198	0.1229	3.3183	53.48	177.4488
14	1.3058	-0.3753	-0.2427	1.3018	0.2522	1.6456	-0.0656	-0.0773	0.056	0.0165	0.0262	-0.157	-0.1529	0.1796	0.0241	0.1219	-0.0092	-0.0267	0.1279	-0.009	0.1336	16.9865	45.0401	168.9917
15	0.6429	0.0104	0.0794	1.1842	0.0103	0.1427	-0.0243	0.1029	0.0901	-0.1042	0.0029	0.0061	-0.0548	0.0267	0.0304	0.1345	-0.015	-0.0018	0.1366	0.0167	0.1076	20.0044	43.2516	147.0411
16	1.1426	-0.821	-0.6333	1.5599	0.3507	0.8897	0.0275	0.0274	0.1269	0.0015	-0.0143	-0.0906	-0.128	0.0252	-0.0191	0.1115	-0.0128	-0.016	0.128	0.0074	0.1166	21.5786	47.1722	150.3113
17	0.1936	0.0086	0.0711	0.3225	-0.0557	0.1795	-0.0078	0.0373	0.0238	-0.0479	-0.0234	0.021	-0.0211	0.0466	0.028	0.1325	0.0079	-0.001	0.1473	0.0087	0.1118	4.8543	46.5841	143.1322
18	1.2902	0.1547	-0.0733	1.1591	-0.2541	0.5917	-0.0423	0.0875	0.1298	-0.0435	0.0035	0.0511	-0.0484	0.0154	0.0393	0.1538	0.0001	-0.0176	0.1459	0.0111	0.1276	-4.4215	51.3611	141.0689
19	0.249	-0.538	0.034	1.524	-0.0356	0.0569	-0.0101	0.0086	-0.0331	-0.0951	0.0121	0.0208	0.0066	0.0048	0.0002	0.1608	-0.0057	-0.019	0.1422	-0.0002	0.1426	-6.5615	16.1119	142.1182

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 44 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 92 through 135 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 136 through 192 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 193 through 276 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 277 through 310 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 8 through 72 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 73 through 119 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 120 through 192 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 193 through 310 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 8 through 72 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 73 through 119 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 120 through 192 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 193 through 276 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 277 through 310 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 8 through 72 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 73 through 135 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 136 through 192 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 193 through 310 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 8 through 43 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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