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万見
- PDB-5yhf: Crystal structure of SecDF in Super-membrane-facing form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yhf
タイトルCrystal structure of SecDF in Super-membrane-facing form
要素Protein translocase subunit SecDF
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta barrel / TRANSPORT PROTEIN / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein-transporting ATPase activity / protein targeting / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / : / : / : / : / Protein export membrane protein SecD/SecF, C-terminal ...Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / : / : / : / : / Protein export membrane protein SecD/SecF, C-terminal / SecD/SecF GG Motif / Protein translocase subunit SecDF, P1 domain, N-terminal / SecDF, P1 head subdomain / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein translocase subunit SecDF
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Tsukazaki, T. / Yoshikaie, K. / Furukawa, A.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
JSPS/MEXT KAKENHIJP26119007, JP26291023, JP17H05669, JP16K14713, JP15H01537, JP15J08235, 15K14490, JP15K06972 日本
Mitsubishi Foundation 日本
Noguchi Institute 日本
Naito Foundation 日本
Mochida Memorial Foundation for Medical and Pharmaceutical Research 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Remote Coupled Drastic beta-Barrel to beta-Sheet Transition of the Protein Translocation Motor.
著者: Furukawa, A. / Nakayama, S. / Yoshikaie, K. / Tanaka, Y. / Tsukazaki, T.
履歴
登録2017年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct.title
改定 1.22018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit SecDF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4797
ポリマ－80,5901
非ポリマー1,8896
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area33230 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)55.190, 65.640, 79.980
Angle α, β, γ (deg.)75.110, 75.230, 80.830
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecDF


分子量: 80589.758 Da / 分子数: 1 / 変異: N2D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: secDF, TTHA0697 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKE6
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.5 / 詳細: 50% PEG 400, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 100 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.864 Å / Num. obs: 25694 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23 % / Biso Wilson estimate: 44.24 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.0656 / Rrim(I) all: 0.671 / Χ2: 1.13 / Net I/σ(I): 8.23 / Num. measured all: 590974 / Scaling rejects: 2022
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.9722.610.90481.8194192416441660.7899.251100
2.97-3.1722.8024.2552.686899381438110.8534.35199.9
3.17-3.4323.0681.724.2186760377637610.9091.75899.6
3.43-3.7621.9910.9356.673098332533240.9550.957100
3.76-4.223.4930.52610.0671089303030260.9760.53799.9
4.2-4.8523.9860.33514.2763684265526550.9860.343100
4.85-5.9323.4970.29614.1252681224622420.9860.30299.8
5.93-8.3721.9460.22217.1738471176517530.9920.22799.3
8.37-48.86425.2090.1427.48241009629560.9950.14299.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XSCALEデータスケーリング
MoRDa位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AQP

3aqp


解像度: 2.8→48.864 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 1999 7.79 %
Rwork0.2034 23678 -
obs0.2067 25677 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.8 Å2 / Biso mean: 47.235 Å2 / Biso min: 1.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5620 0 132 27 5779
Biso mean--75.07 38.49 -
残基数----734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4557916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036948
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5654853
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8-2.870.36631430.289716911834
2.87-2.94760.30821410.264416721813
2.9476-3.03440.30461440.252417111855
3.0344-3.13230.3081440.236516991843
3.1323-3.24420.2761420.226816951837
3.2442-3.37410.27711400.22716601800
3.3741-3.52760.28811450.229717061851
3.5276-3.71350.26191430.210517061849
3.7135-3.94610.23881440.184216981842
3.9461-4.25060.22391420.187816801822
4.2506-4.6780.23231420.176816901832
4.678-5.35420.20471430.179516941837
5.3542-6.7430.25961430.214116861829
6.743-48.87150.16571430.160916901833
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8997-0.1891-0.45020.28770.07330.21230.09790.28580.01660.024-0.12320.0895-0.2752-0.3537-0.09270.39060.11430.02520.18170.03260.1712-4.782916.6914-17.5421
20.39580.15860.07330.8102-0.24150.28920.0212-0.0094-0.0438-0.1506-0.1023-0.0741-0.0734-0.0881-0.00030.2690.0882-0.01370.2036-0.00010.266916.902316.7974-38.5461
30.21280.0777-0.0110.4009-0.28310.4243-0.01270.02520.09760.1145-0.0392-0.14420.00770.0554-0.05260.20660.1125-0.00940.27270.03950.300523.538216.7687-37.0146
40.7584-0.08280.18520.5170.05470.68540.0062-0.05820.03470.04310.0028-0.0035-0.2252-0.12340.00310.1721-0.04170.02280.1907-0.01760.1863-4.75828.89552.4535
50.1641-0.09230.18110.2281-0.08880.2420.25740.2113-0.17890.0485-0.29310.07730.13-0.3153-0.01090.39140.0036-0.00680.278-0.02450.29581.8926-10.971110.0855
60.25670.15940.32950.18080.1460.37560.13730.0958-0.081-0.1207-0.0653-0.0586-0.0708-0.03850.00120.21340.0518-0.00080.3378-0.01580.1522-2.9634-8.5023-28.3116
70.315-0.1870.11890.101-0.0540.1727-0.007-0.0318-0.0120.0605-0.04270.00750.19320.0548-00.2589-0.01-0.00320.1824-0.0080.18696.0302-6.84655.0085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 55 )A2 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 185 )A56 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 267 )A186 - 267
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 268 through 427 )A268 - 427
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 428 through 469 )A428 - 469
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 470 through 588 )A470 - 588
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 589 through 735 )A589 - 735

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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