+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5yhf | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of SecDF in Super-membrane-facing form | ||||||||||||||||||
Components | Protein translocase subunit SecDF | ||||||||||||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / beta barrel / TRANSPORT PROTEIN / MOTOR PROTEIN | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / protein targeting / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.8 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Tanaka, Y. / Tsukazaki, T. / Yoshikaie, K. / Furukawa, A. | ||||||||||||||||||
Funding support | Japan, 5items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2018 Title: Remote Coupled Drastic beta-Barrel to beta-Sheet Transition of the Protein Translocation Motor. Authors: Furukawa, A. / Nakayama, S. / Yoshikaie, K. / Tanaka, Y. / Tsukazaki, T. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5yhf.cif.gz | 291.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5yhf.ent.gz | 236.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5yhf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yhf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3aqpS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 80589.758 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N2D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / Gene: secDF, TTHA0697 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) / References: UniProt: Q5SKE6 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-OLC / ( #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 8.5 / Details: 50% PEG 400, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 100 mM KCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→48.864 Å / Num. obs: 25694 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 23 % / Biso Wilson estimate: 44.24 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.0656 / Rrim(I) all: 0.671 / Χ2: 1.13 / Net I/σ(I): 8.23 / Num. measured all: 590974 / Scaling rejects: 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3AQP Resolution: 2.8→48.864 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / Phase error: 25.6 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 123.8 Å2 / Biso mean: 47.235 Å2 / Biso min: 1.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→48.864 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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