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- PDB-5yhe: The crystal structure of Staphylococcus aureus CntA in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yhe
タイトルThe crystal structure of Staphylococcus aureus CntA in complex with staphylopine and cobalt
要素Nickel ABC transporter substrate-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation transport / zinc ion transport / cobalt ion transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / nickel cation binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space / heme binding
類似検索 - 分子機能
Nickel ABC transporter, substrate-binding protein NikA / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Nickel ABC transporter, substrate-binding protein NikA / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8UX / ACETATE ION / : / Nickel ABC transporter substrate-binding protein / Metal-staphylopine-binding protein CntA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.465 Å
データ登録者Song, L. / Ji, Q.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic insights into staphylopine-mediated metal acquisition
著者: Song, L. / Zhang, Y. / Chen, W. / Gu, T. / Zhang, S.Y. / Ji, Q.
履歴
登録2017年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel ABC transporter substrate-binding protein
B: Nickel ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,31310
ポリマ－115,3262
非ポリマー9878
水7,116395
1
A: Nickel ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2046
ポリマ－57,6631
非ポリマー5415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21060 Å2
手法PISA
2
B: Nickel ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1094
ポリマ－57,6631
非ポリマー4463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.605, 76.659, 85.673
Angle α, β, γ (deg.)90.68, 91.25, 104.57
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nickel ABC transporter substrate-binding protein


分子量: 57663.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: opp-1A, AYM28_13740, AYM37_13740, ERS072738_00487, ERS074020_00717, HMPREF3211_02361
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A068A9N4, UniProt: Q2FVE7*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 403分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-8UX / (2~{S})-4-[[(2~{R})-3-(1~{H}-imidazol-4-yl)-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-2-[[(2~{S})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]butanoic acid / staphylopine


分子量: 328.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M BICINE pH 8.5, 8%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.465→50 Å / Num. obs: 37030 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 11.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.465→36.776 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 1839 4.97 %
Rwork0.1612 --
obs0.1649 37019 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.465→36.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8069 0 61 395 8525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99511092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8425089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4647-2.53140.32581390.23882620X-RAY DIFFRACTION94
2.5314-2.60580.28511460.21542708X-RAY DIFFRACTION98
2.6058-2.68990.30581360.20932687X-RAY DIFFRACTION97
2.6899-2.7860.28991440.19392710X-RAY DIFFRACTION98
2.786-2.89750.30171510.19552660X-RAY DIFFRACTION98
2.8975-3.02930.281110.19372761X-RAY DIFFRACTION98
3.0293-3.1890.29551520.19272661X-RAY DIFFRACTION98
3.189-3.38860.26161290.17712769X-RAY DIFFRACTION98
3.3886-3.650.24911360.16052710X-RAY DIFFRACTION98
3.65-4.0170.22221480.14962727X-RAY DIFFRACTION99
4.017-4.59730.21071470.12282742X-RAY DIFFRACTION99
4.5973-5.78840.17691560.13422699X-RAY DIFFRACTION99
5.7884-36.77990.16621440.13282726X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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