PDB-5yaz: Crystal structure of the ANKRD domain of KANK1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yaz

タイトル

Crystal structure of the ANKRD domain of KANK1

要素

KN motif and ankyrin repeat domains 1

キーワード

PROTEIN BINDING / Scaffold protein / ANK repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lamellipodium morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / podocyte cell migration / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of wound healing / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wei, Z. / Pan, W.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into ankyrin repeat-mediated recognition of the kinesin motor protein KIF21A by KANK1, a scaffold protein in focal adhesion.
著者: Pan, W. / Sun, K. / Tang, K. / Xiao, Q. / Ma, C. / Yu, C. / Wei, Z.

履歴

登録	2017年9月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yaz.cif.gz	107.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yaz.ent.gz	80.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yaz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yaz_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yaz_full_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示
XML形式データ	5yaz_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	5yaz_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5yaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5yaz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yaySC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ybj-d 5ybu-d 6tmd-d 3d9h-d 1bzq-2 3c1d-2 2p4a-1 1vp7-1 1bzq-3 3h6n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: KN motif and ankyrin repeat domains 1

ヘテロ分子

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.102, 70.207, 60.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.910, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	KN motif and ankyrin repeat domains 1 分子量: 27705.535 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1088-1338 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kank1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(C plus) / 参照: UniProt: E9Q238
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1 M Sodium acetate, 10% w/v polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 19134 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 30.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 1.736 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	3.5	1.199	949	0.545	0.741	1.413	1.306	99.9
1.93-1.97	3.6	0.865	939	0.746	0.527	1.015	1.297	100
1.97-2.01	3.7	0.723	955	0.731	0.435	0.845	1.358	99.8
2.01-2.05	3.7	0.575	934	0.807	0.346	0.672	1.33	99.8
2.05-2.09	3.7	0.435	983	0.844	0.261	0.508	1.377	99.9
2.09-2.14	3.7	0.354	932	0.922	0.213	0.414	1.44	99.9
2.14-2.19	3.7	0.321	956	0.931	0.194	0.376	1.496	99.9
2.19-2.25	3.7	0.268	964	0.958	0.161	0.313	1.421	99.9
2.25-2.32	3.8	0.234	941	0.968	0.139	0.272	1.547	99.7
2.32-2.39	3.7	0.189	969	0.974	0.114	0.221	1.6	99.7
2.39-2.48	3.7	0.155	942	0.983	0.093	0.181	1.586	99.9
2.48-2.58	3.8	0.131	953	0.985	0.078	0.153	1.618	100
2.58-2.7	3.8	0.108	972	0.991	0.065	0.127	1.665	99.9
2.7-2.84	3.8	0.09	937	0.99	0.054	0.105	1.807	99.7
2.84-3.02	3.7	0.077	959	0.994	0.046	0.09	1.933	100
3.02-3.25	3.7	0.067	978	0.994	0.041	0.078	2.437	99.8
3.25-3.58	3.6	0.06	965	0.994	0.036	0.07	2.735	99.8
3.58-4.09	3.6	0.052	952	0.995	0.032	0.062	3.122	99.7
4.09-5.16	3.6	0.037	966	0.997	0.023	0.043	2.008	99.8
5.16-50	3.7	0.033	988	0.998	0.02	0.039	1.683	98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YAY

5yay

解像度: 1.9→30.107 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.56

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	956	5.01 %
R_work	0.1934	-	-
obs	0.1956	19099	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.73 Å² / B_iso mean: 38.9071 Å² / B_iso min: 19.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→30.107 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1774	0	4	66	1844
B_iso mean	-	-	48.66	38.16	-
残基数	-	-	-	-	240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1804
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.409	2448
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	319
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.28	630

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8964-1.9963	0.395	130	0.3186	2476	2606	96
1.9963-2.1214	0.2688	138	0.2445	2602	2740	100
2.1214-2.2851	0.2729	136	0.2106	2584	2720	100
2.2851-2.515	0.279	138	0.2033	2611	2749	100
2.515-2.8787	0.2453	137	0.2047	2614	2751	100
2.8787-3.6258	0.2412	137	0.1943	2610	2747	100
3.6258-30.1109	0.1862	140	0.1612	2646	2786	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6648	-0.4149	-0.387	2.9196	-0.7145	4.203	-0.038	0.2262	-0.2293	-0.2953	0.2831	-0.7563	0.0389	0.2626	-0.1707	0.3068	-0.0024	0.1041	0.3314	-0.0093	0.2972	4.813	-5.2098	62.9802
2	6.1831	-2.4144	-1.8453	2.899	-1.1656	4.9367	0.1494	0.1359	-0.1885	0.2334	0.3472	-1.3106	0.579	1.7334	-0.3788	0.2486	0.0297	-0.0648	0.6278	-0.1116	0.4757	7.717	-6.3803	73.1039
3	1.9597	0.4662	-1.4473	2.3261	-0.17	5.6512	0.069	-0.0063	-0.0461	-0.1634	0.1034	-0.2378	0.0102	0.1892	-0.1772	0.1295	0.006	0.0069	0.2565	0.0096	0.2653	-0.3871	-4.1649	72.1775
4	3.1316	1.9347	-3.478	7.6071	-0.5552	7.3803	0.1945	0.0809	0.1917	0.1299	-0.0398	-0.1469	-0.0157	-0.0849	-0.1394	0.1159	0.0139	0.0093	0.2992	0.0181	0.2529	-5.7661	-4.5839	81.7591
5	6.0889	1.1049	-2.8781	3.2861	-2.9155	8.1512	0.0089	0.157	0.3289	0.4188	-0.0472	0.1757	-0.3824	-0.255	0.0076	0.2111	0.0067	-0.0186	0.328	0.0225	0.2628	-12.4871	-3.7228	88.5218
6	4.6957	2.0938	-1.3226	5.1315	-3.3325	6.6168	0.2147	0.5562	0.2044	0.165	-0.0954	-0.0217	-0.3751	-0.2331	-0.0914	0.2293	0.064	0.0601	0.2982	0.0007	0.202	-16.5777	-7.7735	97.2069
7	3.1139	-0.1675	-1.5158	3.6124	0.794	4.8817	-0.0024	-0.0118	0.0123	0.1298	-0.0795	-0.2334	-0.043	-0.1112	0.0787	0.3049	0.0461	0.008	0.2843	0.0171	0.214	-21.4489	-9.7503	105.4098
8	2.8498	-3.0744	-2.3896	6.0256	1.2502	2.6756	-0.3656	-0.3395	-0.2805	0.4208	0.299	0.2351	-0.1495	-0.7239	0.0471	0.3097	0.0685	0.0326	0.3371	0.0257	0.2483	-23.5509	-8.166	113.9503

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1087 through 1120 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1121 through 1134 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1135 through 1172 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1173 through 1206 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1207 through 1244 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1245 through 1277 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1278 through 1311 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1312 through 1332 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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