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万見
- PDB-5y59: Crystal structure of Ku80 and Sir4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y59
タイトルCrystal structure of Ku80 and Sir4
要素
  • ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
  • Sir4p
キーワードPROTEIN BINDING / telomerase / telomere / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


donor selection / protein localization to chromosome / establishment of protein-containing complex localization to telomere / Ku70:Ku80 complex / cellular response to X-ray / telomerase RNA binding / recombinational repair / telomeric DNA binding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity ...donor selection / protein localization to chromosome / establishment of protein-containing complex localization to telomere / Ku70:Ku80 complex / cellular response to X-ray / telomerase RNA binding / recombinational repair / telomeric DNA binding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / Neutrophil degranulation / telomere maintenance / double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / chromatin organization / DNA helicase / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Chen, H. / Xue, J. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into Yeast Telomerase Recruitment to Telomeres
著者: Chen, H. / Xue, J. / Churikov, D. / Hass, E.P. / Shi, S. / Lemon, L.D. / Luciano, P. / Bertuch, A.A. / Zappulla, D.C. / Geli, V. / Wu, J. / Lei, M.
履歴
登録2017年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
C: Sir4p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2193
ポリマ－24,1232
非ポリマー961
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.472, 79.472, 82.926
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase II subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase II subunit Ku80 / High affinity DNA-binding factor subunit 2 / Yeast Ku80


分子量: 22759.916 Da / 分子数: 1 / 断片: vWA domain, UNP residues 2-200 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YKU80, HDF2, YMR106C, YM9718.05C / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04437, DNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド Sir4p


分子量: 1362.640 Da / 分子数: 1 / 断片: Ku binding motif, UNP residues 104-115 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: Zymaflore VL3 / 遺伝子: VL3_0944 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E7QD18
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 % / Mosaicity: 0.242 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL18U110.97851
シンクロトロンSSRF BL19U120.97851
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2016年10月17日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2016年10月17日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978511
21
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 12169 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 34.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 219073
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.4911.40.88811560.8330.2530.9270.99796.2
2.49-2.5914.10.75911830.9440.2020.7870.99999.9
2.59-2.718.70.72312060.9660.170.7431.014100
2.7-2.8520.30.53112070.9830.120.5451.021100
2.85-3.0219.70.32911960.9920.0760.3381.021100
3.02-3.2618.90.17512110.9970.0410.1791.032100
3.26-3.5820.20.10212330.9990.0230.1051.03100
3.58-4.119.30.06212120.9990.0140.0640.997100
4.1-5.1719.70.03912520.9990.0090.040.86100
5.17-5017.30.031131310.0070.0320.714100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.402→27.642 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 592 5.4 %
Rwork0.2012 10365 -
obs0.2037 10957 89.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.38 Å2 / Biso mean: 59.0118 Å2 / Biso min: 16.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.402→27.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 5 35 1632
Biso mean--98.57 52.16 -
残基数----200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3062178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.323610
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4021-2.64360.31981080.23991688179660
2.6436-3.02580.28121610.228828382999100
3.0258-3.81060.24731520.208228893041100
3.8106-27.64380.22341710.18062950312199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.76650.2482-1.06133.2004-0.79797.086-0.06640.7438-0.3052-0.28630.0240.05691.04470.0024-0.00720.29560.0534-0.00420.2879-0.12540.270725.029719.5094-10.3744
26.7633-1.1101-0.13814.38910.02544.7056-0.25830.4879-0.71570.13210.3552-0.65711.57090.80410.92291.12720.23340.32621.1962-0.53970.826237.835212.3659-24.2123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain BB2 - 199
2X-RAY DIFFRACTION2chain CC104 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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