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万見
- PDB-5y5a: Crystal structure of Est1 and Cdc13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y5a
タイトルCrystal structure of Est1 and Cdc13
要素
  • KLLA0F20702p
  • KLLA0F20922p
キーワードPROTEIN BINDING / telomerase / telomere / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomere maintenance / chromosome, telomeric region / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Est1/Ebs1-like / Est1 DNA/RNA binding domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 ...Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Est1/Ebs1-like / Est1 DNA/RNA binding domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
KLLA0F20922p / Nonsense-mediated mRNA decay factor
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.206 Å
データ登録者Chen, H. / Xue, J. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into Yeast Telomerase Recruitment to Telomeres
著者: Chen, H. / Xue, J. / Churikov, D. / Hass, E.P. / Shi, S. / Lemon, L.D. / Luciano, P. / Bertuch, A.A. / Zappulla, D.C. / Geli, V. / Wu, J. / Lei, M.
履歴
登録2017年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLLA0F20702p
B: KLLA0F20922p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4002
ポリマ－69,4002
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.611, 41.726, 147.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 KLLA0F20702p


分子量: 66373.492 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-600 / 変異: 384-415 deletion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0_F20702g / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CJ80
#2: タンパク質・ペプチド KLLA0F20922p


分子量: 3026.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 213-238 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0_F20922g / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CJ70
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 % / Mosaicity: 1.853 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M potassium chloride, and 20% PEG3350

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL18U110.9786
シンクロトロンSSRF BL19U120.9786
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2014年12月30日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2014年12月30日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
21
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 30712 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 45.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 194302
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.285.80.59430870.8380.2620.6520.52893.6
2.28-2.376.10.45729980.8930.1960.4990.5790.8
2.37-2.486.50.36930800.9330.1540.4010.63792.6
2.48-2.616.40.27330810.9620.1150.2970.74292.3
2.61-2.776.20.21930140.9680.0930.2390.85390.6
2.77-2.996.40.16829700.9810.0710.1831.06989.9
2.99-3.296.50.13330070.9890.0550.1441.28890.4
3.29-3.766.30.10529600.9910.0440.1151.56488.1
3.76-4.746.40.09231740.9910.0380.11.46394.1
4.74-506.60.0733410.9960.0290.0761.32795.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.206→40.856 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 1534 5 %
Rwork0.1756 29150 -
obs0.178 30684 91.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 254.14 Å2 / Biso mean: 65.8954 Å2 / Biso min: 29.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.206→40.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4369 0 0 73 4442
Biso mean---53.82 -
残基数----531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054459
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8525992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.491679
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.206-2.27720.29031450.23552625277092
2.2772-2.35860.251390.21152566270589
2.3586-2.4530.27991260.19722689281593
2.453-2.56460.25171250.1972690281594
2.5646-2.69980.23891390.19282605274491
2.6998-2.86890.2691370.20392552268988
2.8689-3.09040.25451380.20892612275091
3.0904-3.40120.25161360.22612274890
3.4012-3.89310.22611630.17422530269388
3.8931-4.90350.16821260.1462814294096
4.9035-40.86350.21451600.15642855301595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14880.1868-0.14661.615-0.51292.25520.0238-0.37360.07680.21840.0072-0.0492-0.03660.1743-0.03650.35540.0430.00180.3414-0.04530.333139.510923.459838.6945
21.7288-0.75732.77720.4566-1.77066.920.13870.2427-0.4716-0.79050.4815-0.16481.54750.6119-0.6810.88170.01430.04040.54130.04750.773754.32113.427729.6491
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA7 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB213 - 238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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