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- PDB-4iit: The Phenylacetyl-CoA monooxygenase PaaABC subcomplex with phenyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iit
タイトルThe Phenylacetyl-CoA monooxygenase PaaABC subcomplex with phenylacetyl-CoA
要素
  • Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaA
  • Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaB
  • Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaC
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / ferritin-like fold / bacterial multicomponent monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylacetyl-CoA 1,2-epoxidase activity / phenylacetate catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation B / Phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit B / Phenylacetic acid degradation B / 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit A / 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit C / 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit A/C / Phenylacetic acid catabolic protein / : / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phenylacetyl coenzyme A / Phenylacetic acid degradation protein / Phenylacetic acid degradation protein / Phenylacetic acid degradation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Cygler, M. / Grishin, A.M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Family of phenylacetyl-CoA monooxygenases differs in subunit organization from other monooxygenases.
著者: Grishin, A.M. / Ajamian, E. / Tao, L. / Bostina, M. / Zhang, L. / Trempe, J.F. / Menard, R. / Rouiller, I. / Cygler, M.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_starting_model
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaA
B: Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaB
C: Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3484
ポリマ－75,4633
非ポリマー8861
水00
1
A: Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaA
B: Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaB
C: Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaC
ヘテロ分子

A: Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaA
B: Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaB
C: Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,6978
ポリマ－150,9266
非ポリマー1,7712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area15370 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area47450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.941, 208.941, 86.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細biological heterohexamer unit can be obtained by taking chains A,B and C and apply operation X-Y,-Y,-Z.

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要素

#1: タンパク質 Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaA


分子量: 36510.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-340 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: MGH 78578 / 遺伝子: KPHS_23690, paaA / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A6T8I0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: A6T8I0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質 Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaB


分子量: 10980.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: MGH 78578 / 遺伝子: EAE_20515, paaB / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A6T8I1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: A6T8I1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質 Phenylacetate-CoA oxygenase subunit PaaC


分子量: 27972.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: MGH 78578 / 遺伝子: KPN78578_14420, KPN_01471, paaC / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A6T8I2, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: A6T8I2, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#4: 化合物 ChemComp-FAQ / Phenylacetyl coenzyme A / フェニルアセチル-CoA


分子量: 885.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H42N7O17P3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES pH 6.5, 12% 1-propanol, 10% PEG 5000MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月21日
放射モノクロメーター: dcm WITH CRYO-COOLED 1ST CRYSTAL SAGITALLY BENT 2ND CRYSTAL FOLLOWED BY VERTICALLY FOCUSING MIRROR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→50 Å / Num. obs: 7908 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 223.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
4.3-4.379.7199.7
4.37-4.4511.11100
4.45-4.5412.71100
4.54-4.6314.81100
4.63-4.7316.51100
4.73-4.8417.811000.916
4.84-4.9618.811000.951
4.96-5.119.411000.881
5.1-5.2519.811000.974
5.25-5.4219.511000.789
5.42-5.6119.711000.711
5.61-5.8319.511000.591
5.83-6.119.611000.481
6.1-6.4219.811000.326
6.42-6.8219.611000.249
6.82-7.3519.611000.178
7.35-8.0819.711000.11
8.08-9.2520.311000.069
9.25-11.6319.811000.05
11.63-5017.911000.048

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 47.29 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.51 Å49.4 Å
Translation4.51 Å49.4 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8_1069精密化
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PW1, chains A and C, 3EGR, chain A

3pw1

3egr


解像度: 4.3→49.397 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.91 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 48.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3627 364 4.61 %
Rwork0.2884 --
obs0.2913 7895 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 321.5123 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→49.397 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4852 0 33 0 4885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2436772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6491846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006891
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2992-4.92080.46751340.39162388X-RAY DIFFRACTION98
4.9208-6.19780.42581180.40552494X-RAY DIFFRACTION100
6.1978-49.40010.31841120.23922649X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40030.5412-0.1196.2959-2.82331.386-0.0708-0.54670.68420.7602-0.6263-0.3447-1.20790.41030.83481.7439-0.176-0.50961.777-0.32761.678583.7105-14.7044-25.5044
25.1729-1.7842-1.78789.665-2.64853.64881.662-1.13830.6671.2691-0.41291.85371.9741-0.4876-0.36973.32650.4467-1.4791.3875-3.2075-0.030774.1569-8.0385-2.6621
39.0004-0.686-6.32133.3249-0.51924.45841.1963-2.39052.16491.0439-0.6049-0.24390.05250.8675-0.19261.90410.0873-0.41922.4019-0.72211.276472.6801-38.49-1.3344
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A
2X-RAY DIFFRACTION2Chain B
3X-RAY DIFFRACTION3Chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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