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Yorodumi- PDB-4zdi: Crystal structure of the M. tuberculosis CTP synthase PyrG (apo form) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zdi | ||||||
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Title | Crystal structure of the M. tuberculosis CTP synthase PyrG (apo form) | ||||||
Components | CTP synthase | ||||||
Keywords | LIGASE / CTP synthase / PyrG / amidotransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding ...CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.52 Å | ||||||
Authors | Bellinzoni, M. / Barilone, N. / Alzari, P.M. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Chem.Biol. / Year: 2015 Title: Thiophenecarboxamide Derivatives Activated by EthA Kill Mycobacterium tuberculosis by Inhibiting the CTP Synthetase PyrG. Authors: Mori, G. / Chiarelli, L.R. / Esposito, M. / Makarov, V. / Bellinzoni, M. / Hartkoorn, R.C. / Degiacomi, G. / Boldrin, F. / Ekins, S. / de Jesus Lopes Ribeiro, A.L. / Marino, L.B. / ...Authors: Mori, G. / Chiarelli, L.R. / Esposito, M. / Makarov, V. / Bellinzoni, M. / Hartkoorn, R.C. / Degiacomi, G. / Boldrin, F. / Ekins, S. / de Jesus Lopes Ribeiro, A.L. / Marino, L.B. / Centarova, I. / Svetlikova, Z. / Blasko, J. / Kazakova, E. / Lepioshkin, A. / Barilone, N. / Zanoni, G. / Porta, A. / Fondi, M. / Fani, R. / Baulard, A.R. / Mikusova, K. / Alzari, P.M. / Manganelli, R. / de Carvalho, L.P. / Riccardi, G. / Cole, S.T. / Pasca, M.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zdi.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zdi.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zdi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4zdi_validation.pdf.gz | 489.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4zdi_full_validation.pdf.gz | 499.8 KB | Display | |
Data in XML | 4zdi_validation.xml.gz | 127.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4zdi_validation.cif.gz | 176.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4zdjSC 4zdkC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 63770.953 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Gene: pyrG, Rv1699, MTCI125.21 / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P9WHK7, CTP synthase (glutamine hydrolysing) #2: Chemical | ChemComp-CA / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 10% PEG8000, 200 mM Ca acetate, 100 mM Hepes pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.9801 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 11, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9801 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.52→49.21 Å / Num. obs: 85758 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 69.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.52→3.58 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.998 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 92.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ZDJ Resolution: 3.52→49.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8712 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8705 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.447
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Displacement parameters | Biso mean: 111 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.81 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 3.52→49.21 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.52→3.61 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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