+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y58 | ||||||
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Title | Crystal structure of Ku70/80 and TLC1 | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / telomerase / telomere / protein-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information donor selection / subtelomeric heterochromatin formation => GO:0031509 / chromatin organization => GO:0006325 / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / : / protein localization to chromosome / establishment of protein-containing complex localization to telomere / Ku70:Ku80 complex / cellular response to X-ray / double-strand break repair via break-induced replication ...donor selection / subtelomeric heterochromatin formation => GO:0031509 / chromatin organization => GO:0006325 / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / : / protein localization to chromosome / establishment of protein-containing complex localization to telomere / Ku70:Ku80 complex / cellular response to X-ray / double-strand break repair via break-induced replication / telomerase RNA binding / recombinational repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / telomeric DNA binding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / Neutrophil degranulation / telomere maintenance / double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / chromatin organization / nuclear envelope / DNA helicase / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Chen, H. / Xue, J. / Wu, J. / Lei, M. | ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2018 Title: Structural Insights into Yeast Telomerase Recruitment to Telomeres Authors: Chen, H. / Xue, J. / Churikov, D. / Hass, E.P. / Shi, S. / Lemon, L.D. / Luciano, P. / Bertuch, A.A. / Zappulla, D.C. / Geli, V. / Wu, J. / Lei, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y58.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y58.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y58.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5y58_validation.pdf.gz | 513.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5y58_full_validation.pdf.gz | 550.7 KB | Display | |
Data in XML | 5y58_validation.xml.gz | 112.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5y58_validation.cif.gz | 155.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y58 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 67709.078 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 28-602 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: YKU70, HDF1, NES24, YMR284W, YM8021.10 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / Strain (production host): High Five / References: UniProt: P32807, DNA helicase #2: Protein | Mass: 71193.648 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: YKU80, HDF2, YMR106C, YM9718.05C / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / Strain (production host): High Five / References: UniProt: Q04437, DNA helicase #3: RNA chain | Mass: 9638.777 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: in vitro transcription Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Plasmid: pGlmS / Production host: Escherichia coli (E. coli) #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.35 % / Mosaicity: 0.487 ° |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: evaporation / pH: 8 Details: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole, 10% PEG8000 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 121941 / % possible obs: 93.9 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 43.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.881 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 463727 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.8→44.107 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 27.4 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 216.24 Å2 / Biso mean: 68.7218 Å2 / Biso min: 10.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→44.107 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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