PDB-5y0n: Crystal structure of Bacillus subtilis TmcAL bound with ATP (SeMe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y0n

タイトル

Crystal structure of Bacillus subtilis TmcAL bound with ATP (SeMet derivative)

要素

UPF0348 protein B4417_3650

キーワード

LIGASE / acetate ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

合成酵素; C-N結合を形成; その他のC-N結合を形成 / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / tRNA modification / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.302 Å

データ登録者

Yamashita, S. / Tomita, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Acetate-dependent tRNA acetylation required for decoding fidelity in protein synthesis.
著者: Taniguchi, T. / Miyauchi, K. / Sakaguchi, Y. / Yamashita, S. / Soma, A. / Tomita, K. / Suzuki, T.

履歴

登録	2017年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / struct_keywords Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y0n.cif.gz	338.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y0n.ent.gz	286.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y0n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y0oC 5y0pC 5y0qC 5y0rC 5y0sC 5y0tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y0q-d 5y0p-d 5y0o-d 2nsp-d 2dtt-d 2g7k-d 3lfl-d 3ue5-2 1qjv-d 4bld-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0348 protein B4417_3650

B: UPF0348 protein B4417_3650

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.037, 68.021, 209.952
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	UPF0348 protein B4417_3650 分子量: 49683.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The gene was cloned into pET15b with NdeI and XhoI site, and expressed as a N-terminally His-tagged protein. 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_3650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164SIT4, UniProt: O34513*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, PEG400, KCl, MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97875 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97875 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.5

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 83357 / % possible obs: 99.94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.93 % / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.022 / Χ²: 1.083 / Net I/σ(I): 18.21

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	% possible all
2.3-2.34		2.175	0.8	4194	0.943	99.34
2.34-2.38	6.94	1.747	1.1	4079	0.713	100
2.38-2.43	7.07	1.605	1.2	4246	0.647	99.98
2.43-2.48	6.92	1.181	1.6	4121	0.483	99.95
2.48-2.53	6.8	0.972	2	4223	0.401	99.95
2.53-2.59	7.2	0.744	2.7	4161	0.297	100
2.59-2.66	7.12	0.617	3.3	4140	0.248	99.95
2.66-2.73	7.03	0.456	4.4	4205	0.185	100
2.73-2.81	6.82	0.367	5.3	4127	0.152	100
2.81-2.9	7.15	0.279	6.9	4158	0.112	100
2.9-3	6.94	0.206	9.3	4167	0.084	99.98
3-3.12	6.99	0.139	13.1	4221	0.056	100
3.12-3.27	7.15	0.112	16.4	4105	0.045	99.95
3.27-3.44	6.92	0.076	22.9	4191	0.031	100
3.44-3.65	7.04	0.05	33.7	4166	0.021	100
3.65-3.94	6.85	0.04	42.9	4157	0.016	100
3.94-4.33	7.13	0.032	53.6	4171	0.013	100
4.33-4.96	6.84	0.028	59.7	4166	0.011	99.93
4.96-6.24	6.84	0.029	59.9	4196	0.012	100
6.24-50	6.7	0.02	73.9	4163	0.008	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.302→48.783 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.79

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2209	4176	5.01 %
R_work	0.1806	-	-
obs	0.1831	83357	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 255.48 Å² / B_iso mean: 79.31 Å² / B_iso min: 35.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.302→48.783 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6410	0	62	67	6539
B_iso mean	-	-	125.06	55.96	-
残基数	-	-	-	-	802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6614
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.322	8950
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	992
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1124
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.28	2480

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.302-2.3417	0.3699	212	0.3452	3982	4194
2.3417-2.3843	0.3145	204	0.3228	3875	4079
2.3843-2.4302	0.3486	216	0.3236	4030	4246
2.4302-2.4798	0.3194	209	0.3272	3912	4121
2.4798-2.5337	0.3377	212	0.313	4011	4223
2.5337-2.5926	0.2932	210	0.2897	3951	4161
2.5926-2.6574	0.3638	207	0.2946	3933	4140
2.6574-2.7293	0.3258	211	0.286	3994	4205
2.7293-2.8096	0.3574	204	0.2874	3923	4127
2.8096-2.9003	0.2934	213	0.27	3945	4158
2.9003-3.0039	0.2839	209	0.2542	3958	4167
3.0039-3.1242	0.2986	212	0.2455	4009	4221
3.1242-3.2663	0.2624	210	0.2323	3895	4105
3.2663-3.4385	0.2517	212	0.2228	3979	4191
3.4385-3.6539	0.2329	207	0.1948	3959	4166
3.6539-3.9359	0.2154	203	0.1685	3954	4157
3.9359-4.3317	0.1665	207	0.1345	3964	4171
4.3317-4.958	0.178	209	0.1183	3957	4166
4.958-6.2445	0.1844	207	0.1393	3989	4196
6.2445-48.7883	0.1544	201	0.124	3962	4163

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3457	-0.3932	1.8075	1.4683	-0.0342	3.3322	0.0484	0.3825	0.0192	-0.6883	-0.0175	0.0494	-0.9967	-0.4799	-0.0451	0.88	0.186	0.0399	0.5882	0.0076	0.3497	17.562	-7.9489	-56.7084
2	5.7868	2.707	3.8844	5.2406	2.9715	6.5534	0.0517	0.9283	-0.2687	-0.266	0.3284	-0.7277	2.0145	0.5338	-0.3785	1.2858	0.0288	0.0336	0.6751	0.0216	0.528	45.5131	-2.9746	-63.023
3	1.5277	0.3682	0.8421	1.3754	1.1149	5.3972	0.0095	0.029	0.0979	-0.3624	0.0467	0.0907	-1.0851	-0.3543	-0.0465	0.6343	0.0911	0.0677	0.4358	0.0359	0.379	20.4242	-6.0021	-45.1355
4	1.932	-0.4761	-0.3393	1.6689	0.33	3.2886	-0.1463	-0.6533	0.0566	0.346	-0.0282	0.2041	-0.8808	-1.5228	0.1384	0.7188	0.2566	0.0151	0.9084	-0.006	0.4039	24.7732	-0.6776	4.1229
5	4.1387	3.355	0.9173	5.6289	3.6528	6.5353	0.457	-0.4421	-0.8313	0.6183	-0.2734	-0.33	0.685	1.4936	-0.2456	0.6463	0.2145	-0.064	1.0493	0.1253	0.6377	19.7855	-29.0913	10.6222
6	1.5611	0.1858	1.149	2.1971	-0.0078	4.9287	-0.0481	-0.4667	0.0502	0.1488	0.0956	0.0432	-0.6073	-1.2676	-0.0129	0.5391	0.1517	0.0493	0.7125	0.0202	0.3515	22.7498	-3.8193	-7.2639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:105)	A	1 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 106:153)	A	106 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 154:414)	A	154 - 414
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 1:105)	B	1 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 106:153)	B	106 - 153
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 154:414)	B	154 - 414

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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