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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xyq | ||||||
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タイトル | Structure of 6-aminohexanoate-oligomer hydrolase from Arthrobacter sp. KI72., D122K mutant | ||||||
要素 | Endo-type 6-aminohexanoate oligomer hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Nylon oligomer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase / nylon catabolic process / aminopeptidase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Flavobacterium sp. KI723T1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Negoro, S. / Shibata, N. / Nagai, K. / Higuchi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Structural basis of the correct subunit assembly, aggregation, and intracellular degradation of nylon hydrolase 著者: Negoro, S. / Shibata, N. / Lee, Y.H. / Takehara, I. / Kinugasa, R. / Nagai, K. / Tanaka, Y. / Kato, D.I. / Takeo, M. / Goto, Y. / Higuchi, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xyq.cif.gz | 286.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xyq.ent.gz | 233.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xyq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xyq_validation.pdf.gz | 461.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xyq_full_validation.pdf.gz | 472.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xyq_validation.xml.gz | 33.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xyq_validation.cif.gz | 50.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/5xyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/5xyq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36953.328 Da / 分子数: 2 / 変異: D122K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Flavobacterium sp. KI723T1 (バクテリア) 遺伝子: nylC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57326, UniProt: Q79F77*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | Authors state that the long gap between the residues is due to the post-translational auto-cleavage ...Authors state that the long gap between the residues is due to the post-translational auto-cleavage of the nascent polypeptide between Asn266 and Thr267. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1.2-2.2 M ammonium sulphate, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES buffer pH 7.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 264009 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XYG 解像度: 1.1→39.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 0.714 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.743 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.1→39.85 Å
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拘束条件 |
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