PDB-5xyg: Structure of 6-aminohexanoate-oligomer hydrolase from Arthrobacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xyg

タイトル

Structure of 6-aminohexanoate-oligomer hydrolase from Arthrobacter sp. KI72.

要素

Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Nylon oligomer

機能・相同性

機能・相同性情報

6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase / nylon catabolic process / aminopeptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Negoro, S. / Shibata, N. / Nagai, K. / Higuchi, Y.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural basis of the correct subunit assembly, aggregation, and intracellular degradation of nylon hydrolase
著者: Negoro, S. / Shibata, N. / Lee, Y.H. / Takehara, I. / Kinugasa, R. / Nagai, K. / Tanaka, Y. / Kato, D.I. / Takeo, M. / Goto, Y. / Higuchi, Y.

履歴

登録	2017年7月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xyg.cif.gz	146.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xyg.ent.gz	113.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xyg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xyg_validation.pdf.gz	461.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xyg_full_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示
XML形式データ	5xyg_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	5xyg_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/5xyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/5xyg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xyoC 5xypC 5xyqC 5xysC 5xytC 5y0lC 5y0mC 3axgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1foe-3 1foe-4 2dfk-1 5xyo-d 2vpm-1 5xyq-d 5ttj-d 1foe-1 6wpe-d 2ok5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase

B: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase

ヘテロ分子

74.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.844, 144.903, 129.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-649- HOH
2	1	B-513- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	2 - 355
2	2	2	6	B	2 - 355

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase 分子量: 36939.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arthrobacter sp. (バクテリア) / 詳細 (発現宿主): PBLUESCRIPT II SK(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79F77*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.2-2.2M ammonium sulphate, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES buffer pH 7.5-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 86374 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 30.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique obs: 5510 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AXG

3axg

解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 3.093 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19239	4316	5 %	RANDOM
R_work	0.16081	-	-	-
obs	0.16238	81795	98.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.042 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.11 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4847	0	32	421	5300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	5087
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.514	1.962	6940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.105	5	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.151	22.798	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.28	15	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.729	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	778
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.091	2	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.26	3	5305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.614	4.5	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.569	6	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2424 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0 Å

Auth asym-ID	タイプ	Weight position
A	loose positional	5
B	loose thermal	10

LS精密化シェル

解像度: 1.603→1.645 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	281	-
R_work	0.231	5527	-
obs	-	-	91.01 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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