PDB-5xsq: Crystal Structure of the Marburg Virus Nucleoprotein Core Domain ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xsq

タイトル

Crystal Structure of the Marburg Virus Nucleoprotein Core Domain Chaperoned by a VP35 Peptide

要素

Nucleoprotein
Peptide from Polymerase cofactor VP35

キーワード

VIRAL PROTEIN / Marburg virus / Nucleoprotein / VP35 / NPBP / filovirus

機能・相同性

機能・相同性情報

viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lake Victoria marburgvirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Zhu, T. / Song, H. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Marburg Virus Nucleoprotein Core Domain Chaperoned by a VP35 Peptide Reveals a Conserved Drug Target for Filovirus
著者: Zhu, T. / Song, H. / Peng, R. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.

履歴

登録	2017年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2018年2月7日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xsq.cif.gz	397 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xsq.ent.gz	329.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xsq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xsq_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xsq_full_validation.pdf.gz	488.7 KB	表示
XML形式データ	5xsq_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	5xsq_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/5xsq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/5xsq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ypiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5f5o-1 6s9o-4 2gs9-d 5h65-d 2wee-d 3fbu-2 5hi6-d 5v76-d 6s9o-5 3q0i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Peptide from Polymerase cofactor VP35

C: Nucleoprotein

D: Peptide from Polymerase cofactor VP35

E: Nucleoprotein

F: Peptide from Polymerase cofactor VP35

118 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein

B: Peptide from Polymerase cofactor VP35

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nucleoprotein

D: Peptide from Polymerase cofactor VP35

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Nucleoprotein

F: Peptide from Polymerase cofactor VP35

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.320, 101.320, 96.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein 分子量: 36365.484 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 18-344 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (strain Ozolin-75) (ウイルス) 株: Ozolin-75 / 遺伝子: NP / プラスミド: pet21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6UY69
#2: タンパク質・ペプチド	Peptide from Polymerase cofactor VP35 分子量: 3120.512 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Lake Victoria marburgvirus (strain Ozolin-75) (ウイルス) 参照: UniProt: Q6UY68

#1: タンパク質

Nucleoprotein / Nucleocapsid protein

分子量: 36365.484 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 18-344 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lake Victoria marburgvirus (strain Ozolin-75) (ウイルス)
株: Ozolin-75 / 遺伝子: NP / プラスミド: pet21a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6UY69

#2: タンパク質・ペプチド

Peptide from Polymerase cofactor VP35

分子量: 3120.512 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成)

Lake Victoria marburgvirus (strain Ozolin-75) (ウイルス)
参照: UniProt: Q6UY68

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M sodium citrate tribasic monohydrate, pH 8.3, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97922 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 35200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 14.937
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 2.307 / Mean I/σ(I) obs: 1.209 / CC_1/2: 0.457 / R_pim(I) all: 0.993 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YPI

4ypi

解像度: 2.6→34.907 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 33.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2442	1547	5.1 %
R_work	0.214	-	-
obs	0.2156	30340	86.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→34.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7871	0	0	0	7871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.99	10862
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.493	2901
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1276
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5817-2.665	0.292	39	0.2959	840	X-RAY DIFFRACTION	27
2.665-2.7602	0.312	80	0.2768	1376	X-RAY DIFFRACTION	44
2.7602-2.8706	0.2964	124	0.2673	2593	X-RAY DIFFRACTION	82
2.8706-3.0012	0.2911	137	0.2615	3022	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0012-3.1593	0.2765	159	0.2438	3009	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1593-3.357	0.2864	176	0.2381	2971	X-RAY DIFFRACTION	94
3.357-3.6158	0.2553	163	0.2121	3015	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6158-3.9791	0.204	161	0.1958	2985	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9791-4.5534	0.2216	151	0.1757	3014	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5534-5.731	0.2467	160	0.2059	2981	X-RAY DIFFRACTION	95
5.731-31.3606	0.23	176	0.1993	2976	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2209	0.0163	0.0828	0.3555	-0.0101	0.1218	-0.0053	-0.0464	0.0879	-0.1661	-0.1887	0.1324	-0.041	-0.0942	-0.1528	0.0818	0.0581	-0.0328	0.1555	-0.0179	0.22	62.4487	95.8359	21.3208
2	0.0147	-0.0283	-0.0106	0.1156	0.0434	0.0405	0.1328	0.0821	-0.1431	-0.1018	0.051	0.0305	0.3638	0.1197	0.1127	0.5197	0.1149	-0.0111	0.1779	-0.024	0.2704	59.4942	74.6187	-8.4337
3	0.0023	0.0013	0.0012	0.0012	0.001	0.0026	0.0103	0.0008	-0.0356	0.0185	-0.0359	-0.0278	-0.0218	0.0338	0	0.194	0.1273	0.0363	0.4072	-0.0134	0.298	68.8004	82.8447	-8.3728
4	0.0021	-0.0011	-0.0002	0.0024	-0.0011	0.0028	0.0096	-0.0163	0.013	-0.0262	-0.0175	-0.0078	-0.0049	0.0287	0	0.5548	0.0516	0.1167	0.55	0.0285	0.374	60.8545	86.8627	-15.7673
5	0.2315	0.1237	0.0695	0.0991	0.0983	0.1613	-0.1085	-0.0268	0.3002	0.1232	0.0113	0.1138	-0.1494	-0.0961	-0.115	0.2831	0.1751	-0.0135	0.2386	-0.0164	0.2757	83.3233	117.7898	24.0915
6	0.0822	-0.0195	-0.0575	0.0352	0.0352	0.055	-0.0481	-0.0801	-0.0033	-0.0535	-0.0233	0.0022	-0.0722	-0.0111	-0.1489	0.4285	0.06	-0.1085	0.2491	0.1013	0.3668	86.1216	120.2715	9.7577
7	0.188	0.0746	0.099	0.1116	0.0953	0.1561	-0.0076	-0.1042	-0.0881	0.0619	-0.0117	-0.1152	0.1527	0.049	0.0575	0.1847	0.0909	-0.0013	0.1644	0.0365	0.1123	93.1556	101.8957	25.0944
8	0.084	0.0171	0.0125	0.1819	-0.1466	0.1375	0.0358	-0.0342	-0.1052	0.0738	0.0861	-0.0558	0.3106	0.1842	0.1017	0.384	0.2096	-0.0792	0.2911	-0.0286	0.1906	108.3119	102.8189	51.7751
9	0.0061	0.004	-0.0007	0.0163	0.0183	0.0269	-0.0202	-0.0148	-0.0343	0.0218	-0.0329	-0.0176	0.0625	-0.0125	-0.0084	0.4798	0.1794	-0.0786	0.237	0.0137	0.4691	96.5504	98.8618	51.7637
10	0.0042	0.0009	-0.002	0.0033	-0.0017	0.0027	-0.0742	0.0146	0.0004	0.0273	0.0069	-0.0205	0.0512	-0.0594	0	0.4948	0.0285	0.0418	0.2762	-0.0366	0.4582	96.9391	107.6625	59.2982
11	0.0217	0.0263	0.0355	0.0372	0.034	0.0785	-0.1206	-0.0004	0.1605	0.0963	-0.0797	-0.1248	-0.2497	0.0689	-0.2058	0.3169	0.0441	-0.2436	0.1041	0.1411	0.3763	100.2714	75.8334	34.3104
12	0.047	0.0227	0.0156	0.1028	0.1191	0.1684	-0.1525	-0.0154	0.0092	0.0863	0.0113	0.1518	0.1267	-0.42	-0.0337	0.1998	-0.0039	0.0351	0.3141	-0.0302	0.2778	88.3392	59.4606	51.3642
13	0.018	-0.0166	0.0061	0.0153	-0.0109	0.0425	-0.0086	-0.0185	-0.0419	-0.0729	0.0504	0.0048	0.0834	-0.0639	0.0317	0.281	-0.1128	0.1653	0.2669	-0.1103	0.5178	82.8624	39.7672	68.2771
14	0.0086	-0.0054	0.0031	0.0086	-0.0074	0.0064	0.0192	0.0224	0.0149	-0.0083	0.0289	0.0558	0.0265	-0.0358	0.0006	0.6171	0.2154	0.0927	0.5209	-0.122	0.45	82.8899	60.2555	66.5783
15	0.0006	-0.0001	-0.0031	0.0312	-0.0015	0.0224	0.0018	-0.0252	0.0042	0.0017	-0.0323	-0.025	-0.0281	-0.0004	0.0088	0.413	0.0856	-0.265	0.3783	-0.0464	0.4911	91.6878	60.948	74.0205

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 205 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 206 through 320 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 5 through 16 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 17 through 27 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 5 through 76 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 77 through 111 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 112 through 205 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 206 through 320 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 5 through 16 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 17 through 27 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 5 through 111 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 112 through 279 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 280 through 320 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 5 through 16 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 17 through 27 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)