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- PDB-5xsq: Crystal Structure of the Marburg Virus Nucleoprotein Core Domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xsq
タイトルCrystal Structure of the Marburg Virus Nucleoprotein Core Domain Chaperoned by a VP35 Peptide
要素
  • Nucleoprotein
  • Peptide from Polymerase cofactor VP35
キーワードVIRAL PROTEIN / Marburg virus / Nucleoprotein / VP35 / NPBP / filovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase cofactor VP35 / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Lake Victoria marburgvirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhu, T. / Song, H. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J. Virol. / : 2017
タイトル: Crystal Structure of the Marburg Virus Nucleoprotein Core Domain Chaperoned by a VP35 Peptide Reveals a Conserved Drug Target for Filovirus
著者: Zhu, T. / Song, H. / Peng, R. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2017年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32018年2月7日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Peptide from Polymerase cofactor VP35
C: Nucleoprotein
D: Peptide from Polymerase cofactor VP35
E: Nucleoprotein
F: Peptide from Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,4586
ポリマ-118,4586
非ポリマー00
00
1
A: Nucleoprotein
B: Peptide from Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4862
ポリマ-39,4862
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
2
C: Nucleoprotein
D: Peptide from Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4862
ポリマ-39,4862
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
3
E: Nucleoprotein
F: Peptide from Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4862
ポリマ-39,4862
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.320, 101.320, 96.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein


分子量: 36365.484 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 18-344 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (strain Ozolin-75) (ウイルス)
: Ozolin-75 / 遺伝子: NP / プラスミド: pet21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6UY69
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Polymerase cofactor VP35


分子量: 3120.512 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Lake Victoria marburgvirus (strain Ozolin-75) (ウイルス)
参照: UniProt: Q6UY68

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M sodium citrate tribasic monohydrate, pH 8.3, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 35200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 14.937
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 2.307 / Mean I/σ(I) obs: 1.209 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.993 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YPI
解像度: 2.6→34.907 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 33.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 1547 5.1 %
Rwork0.214 --
obs0.2156 30340 86.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→34.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7871 0 0 0 7871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9910862
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4932901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5817-2.6650.292390.2959840X-RAY DIFFRACTION27
2.665-2.76020.312800.27681376X-RAY DIFFRACTION44
2.7602-2.87060.29641240.26732593X-RAY DIFFRACTION82
2.8706-3.00120.29111370.26153022X-RAY DIFFRACTION96
3.0012-3.15930.27651590.24383009X-RAY DIFFRACTION95
3.1593-3.3570.28641760.23812971X-RAY DIFFRACTION94
3.357-3.61580.25531630.21213015X-RAY DIFFRACTION95
3.6158-3.97910.2041610.19582985X-RAY DIFFRACTION95
3.9791-4.55340.22161510.17573014X-RAY DIFFRACTION95
4.5534-5.7310.24671600.20592981X-RAY DIFFRACTION95
5.731-31.36060.231760.19932976X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22090.01630.08280.3555-0.01010.1218-0.0053-0.04640.0879-0.1661-0.18870.1324-0.041-0.0942-0.15280.08180.0581-0.03280.1555-0.01790.2262.448795.835921.3208
20.0147-0.0283-0.01060.11560.04340.04050.13280.0821-0.1431-0.10180.0510.03050.36380.11970.11270.51970.1149-0.01110.1779-0.0240.270459.494274.6187-8.4337
30.00230.00130.00120.00120.0010.00260.01030.0008-0.03560.0185-0.0359-0.0278-0.02180.033800.1940.12730.03630.4072-0.01340.29868.800482.8447-8.3728
40.0021-0.0011-0.00020.0024-0.00110.00280.0096-0.01630.013-0.0262-0.0175-0.0078-0.00490.028700.55480.05160.11670.550.02850.37460.854586.8627-15.7673
50.23150.12370.06950.09910.09830.1613-0.1085-0.02680.30020.12320.01130.1138-0.1494-0.0961-0.1150.28310.1751-0.01350.2386-0.01640.275783.3233117.789824.0915
60.0822-0.0195-0.05750.03520.03520.055-0.0481-0.0801-0.0033-0.0535-0.02330.0022-0.0722-0.0111-0.14890.42850.06-0.10850.24910.10130.366886.1216120.27159.7577
70.1880.07460.0990.11160.09530.1561-0.0076-0.1042-0.08810.0619-0.0117-0.11520.15270.0490.05750.18470.0909-0.00130.16440.03650.112393.1556101.895725.0944
80.0840.01710.01250.1819-0.14660.13750.0358-0.0342-0.10520.07380.0861-0.05580.31060.18420.10170.3840.2096-0.07920.2911-0.02860.1906108.3119102.818951.7751
90.00610.004-0.00070.01630.01830.0269-0.0202-0.0148-0.03430.0218-0.0329-0.01760.0625-0.0125-0.00840.47980.1794-0.07860.2370.01370.469196.550498.861851.7637
100.00420.0009-0.0020.0033-0.00170.0027-0.07420.01460.00040.02730.0069-0.02050.0512-0.059400.49480.02850.04180.2762-0.03660.458296.9391107.662559.2982
110.02170.02630.03550.03720.0340.0785-0.1206-0.00040.16050.0963-0.0797-0.1248-0.24970.0689-0.20580.31690.0441-0.24360.10410.14110.3763100.271475.833434.3104
120.0470.02270.01560.10280.11910.1684-0.1525-0.01540.00920.08630.01130.15180.1267-0.42-0.03370.1998-0.00390.03510.3141-0.03020.277888.339259.460651.3642
130.018-0.01660.00610.0153-0.01090.0425-0.0086-0.0185-0.0419-0.07290.05040.00480.0834-0.06390.03170.281-0.11280.16530.2669-0.11030.517882.862439.767268.2771
140.0086-0.00540.00310.0086-0.00740.00640.01920.02240.0149-0.00830.02890.05580.0265-0.03580.00060.61710.21540.09270.5209-0.1220.4582.889960.255566.5783
150.0006-0.0001-0.00310.0312-0.00150.02240.0018-0.02520.00420.0017-0.0323-0.025-0.0281-0.00040.00880.4130.0856-0.2650.3783-0.04640.491191.687860.94874.0205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 205 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 206 through 320 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 5 through 16 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 17 through 27 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 5 through 76 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 77 through 111 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 112 through 205 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 206 through 320 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 5 through 16 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 17 through 27 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 5 through 111 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 112 through 279 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 280 through 320 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 5 through 16 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 17 through 27 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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