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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xsq | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Marburg Virus Nucleoprotein Core Domain Chaperoned by a VP35 Peptide | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Marburg virus / Nucleoprotein / VP35 / NPBP / filovirus | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, T. / Song, H. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Marburg Virus Nucleoprotein Core Domain Chaperoned by a VP35 Peptide Reveals a Conserved Drug Target for Filovirus 著者: Zhu, T. / Song, H. / Peng, R. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 397 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 329.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 472.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 488.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ypiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36365.484 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 18-344 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Ozolin-75 / 遺伝子: NP / プラスミド: pet21a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3120.512 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() 参照: UniProt: Q6UY68 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M sodium citrate tribasic monohydrate, pH 8.3, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97922 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 35200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 14.937 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 2.307 / Mean I/σ(I) obs: 1.209 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.993 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4YPI 解像度: 2.6→34.907 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 33.86
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→34.907 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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