PDB-5hi6: The high resolution structure of dihydrofolate reductase from Yer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hi6

タイトル

The high resolution structure of dihydrofolate reductase from Yersinia pestis complex with methotrexate as closed form

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center For Structural Genomics Of Infectious Diseases / CSGID / Dihydrofolate Reductase / Yersinia pestis

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.051 Å

データ登録者

Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Mulligan, R. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The high resolution structure of dihydrofolate reductase from Yersinia pestis complex with methotrexate as closed form
著者: Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Mulligan, R. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ref Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hi6.cif.gz	153.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hi6.ent.gz	119.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hi6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hi6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3q1hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5e8q-1 2w9t-1 5eaj-1 6dds-3 6r4y-2 2jyb-d 1atl-1 1atl-2 4osg-4 4qle-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP90544

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

B: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

38.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.151, 60.623, 109.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 18678.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: folA, AK38_2080 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic 参照: UniProt: A0A0B6NYF5, UniProt: A0A3N4BLI0*PLUS, dihydrofolate reductase

#1: タンパク質

Dihydrofolate reductase

分子量: 18678.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: folA, AK38_2080 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic
参照: UniProt: A0A0B6NYF5, UniProt: A0A3N4BLI0*PLUS, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 5種, 288分子

#2: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト分子量: 454.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / コメント: 化学療法薬*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.93 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M Calcium chloride, 0.1M HEPES, 30 % PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791208 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月9日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791208 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 19206 / Num. obs: 19073 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.131 / Χ²: 0.851 / Net I/av σ(I): 15.266 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 140157

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.05-2.09	4.9	0.566	877	0.795	0.28	0.635	1.035	92
2.09-2.12	5.6	0.508	912	0.869	0.23	0.56	0.818	98
2.12-2.16	6.4	0.478	915	0.887	0.205	0.521	0.819	98.3
2.16-2.21	6.9	0.434	952	0.895	0.179	0.471	0.847	99.7
2.21-2.26	7.7	0.42	930	0.925	0.16	0.45	1.036	99.7
2.26-2.31	7.7	0.371	936	0.936	0.143	0.398	0.83	99.7
2.31-2.37	7.7	0.315	934	0.962	0.121	0.338	0.797	99.9
2.37-2.43	7.7	0.25	966	0.959	0.097	0.268	0.806	100
2.43-2.5	7.8	0.228	935	0.972	0.087	0.245	0.775	100
2.5-2.58	7.8	0.19	948	0.973	0.074	0.204	0.772	99.9
2.58-2.68	7.7	0.179	943	0.969	0.07	0.193	0.851	99.5
2.68-2.78	7.8	0.15	962	0.976	0.059	0.162	0.816	99.9
2.78-2.91	7.8	0.126	946	0.982	0.049	0.135	0.792	100
2.91-3.06	7.8	0.107	961	0.984	0.043	0.115	0.812	100
3.06-3.25	7.9	0.093	963	0.987	0.037	0.1	0.782	100
3.25-3.51	7.8	0.089	956	0.985	0.035	0.096	0.86	100
3.51-3.86	7.8	0.086	972	0.984	0.034	0.092	0.98	100
3.86-4.42	7.6	0.081	1004	0.988	0.032	0.087	1.01	100
4.42-5.56	7.4	0.076	993	0.987	0.03	0.082	0.871	100
5.56-50	7	0.07	1068	0.989	0.03	0.076	0.787	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定
SBC-Collect		データ収集
Coot		モデル構築
HKL-3000		位相決定
BUCCANEER		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q1H

3q1h

解像度: 2.051→35.689 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 23.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2233	1798	5.19 %
R_work	0.1748	32878	-
obs	0.1774	18557	97.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.81 Å² / B_iso mean: 28.2988 Å² / B_iso min: 6.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.051→35.689 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2543	0	71	281	2895
B_iso mean	-	-	25.2	34.29	-
残基数	-	-	-	-	322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2717
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.551	3696
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	383
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	489
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.403	1592

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0513-2.1068	0.337	106	0.2259	2130	2236	80
2.1068-2.1688	0.2412	121	0.2201	2295	2416	89
2.1688-2.2388	0.3133	138	0.2051	2492	2630	95
2.2388-2.3188	0.2518	152	0.2034	2565	2717	99
2.3188-2.4116	0.3072	101	0.1927	2642	2743	100
2.4116-2.5213	0.2592	181	0.1824	2570	2751	100
2.5213-2.6542	0.2961	164	0.185	2558	2722	100
2.6542-2.8205	0.2377	131	0.1943	2618	2749	100
2.8205-3.0381	0.2489	120	0.1934	2611	2731	100
3.0381-3.3437	0.1884	137	0.1674	2624	2761	100
3.3437-3.827	0.1769	153	0.1471	2593	2746	100
3.827-4.8198	0.1812	154	0.1365	2583	2737	100
4.8198-35.6946	0.2058	140	0.1792	2597	2737	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3691	0.013	-0.0124	0.5171	0.1831	0.896	-0.0522	-0.1281	0.1545	-0.0437	-0.1727	-0.0539	-0.031	0.045	-0.3337	0.072	-0.0253	-0.024	0.0918	0.0038	0.1035	14.725	33.2277	29.5705
2	0.0469	0.1227	-0.1944	0.4527	-0.1405	0.3387	0.0295	-0.0932	0.0884	0.1055	0.0086	0.0109	-0.0644	-0.142	-0	0.1878	0.0071	0.0108	0.1673	0.0058	0.1881	7.0076	30.437	43.4953
3	0.4536	0.058	-0.3046	0.2921	0.0672	0.0831	0.0224	-0.1118	0.0128	0.0984	-0.0446	-0.1347	-0.0202	0.3183	-0.0006	0.1581	-0.0257	-0.0483	0.1972	0.0516	0.2032	19.9838	33.3176	37.7363
4	0.6181	0.1752	-0.4877	0.3201	-0.4615	0.9323	0.0243	0.0092	0.029	-0.058	-0.257	-0.248	-0.1083	0.2952	-0.1999	0.1199	-0.0187	-0.0148	0.1993	0.0726	0.2073	23.1767	36.172	25.8007
5	0.1321	0.125	-0.1835	0.0856	-0.0752	-0.0074	0.1374	-0.1753	0.0524	-0.0327	-0.0702	-0.085	-0.1264	0.1576	0.0101	0.1295	0.0013	0.0073	0.1412	0.0424	0.1116	11.0781	3.3667	47.6161
6	0.019	-0.0088	0.1053	0.1006	-0.0517	0.0438	-0.0924	-0.3452	0.1136	-0.2167	-0.0091	0.1464	0.2018	-0.2471	-0	0.143	-0.0296	-0.0019	0.1406	0.0121	0.0794	-4.7958	7.378	42.2505
7	0.0722	-0.0625	0.2064	0.1099	-0.0624	0.0152	0.0328	0.0243	-0.0518	-0.0266	-0.0242	0.1348	0.0476	-0.0407	-0.0038	0.1061	0.0183	0.0204	0.0916	0.0153	0.0955	3.9211	-5.7313	41.5229
8	0.1536	-0.1101	-0.0615	0.2355	-0.1517	0.3021	-0.0026	0.0473	-0.2518	0.1324	-0.0907	-0.1003	0.0618	0.0824	-0.0605	0.1296	0.0025	0.0237	0.1547	0.0418	0.1854	5.4788	-11.2435	50.6312
9	0.3691	-0.0061	0.1405	-0.0041	0.0487	0.0534	0.0131	-0.1798	0.1555	0.0797	0.0226	-0.0107	-0.0396	0.0124	0.0037	0.1442	0.004	0.0046	0.1246	0.0021	0.0988	7.5921	6.7863	49.96
10	0.1308	-0.1168	-0.4059	0.1069	-0.1256	0.5386	0.2976	-0.0311	-0.2273	-0.045	0.1238	-0.0656	-0.035	0.0766	0.2787	0.1394	-0.0197	-0.0067	0.1487	-0.0148	0.087	11.208	11.4936	37.4715
11	0.1576	0.0919	-0.1416	-0.0164	-0.0126	0.1887	0.0596	-0.1199	0.1271	0.0514	-0.1888	0.1931	0.0578	0.2953	-0.0118	0.0962	0.0033	-0.0324	0.1563	-0.0164	0.1246	15.7529	8.5626	42.7679

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 39 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 86 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 116 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 117 through 160 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 13 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 14 through 25 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 26 through 63 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 64 through 97 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 98 through 130 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 131 through 151 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 152 through 160 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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