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- PDB-5xov: Crystal structure of peptide-HLA-A24 bound to S19-2 V-delta/V-beta TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xov
タイトルCrystal structure of peptide-HLA-A24 bound to S19-2 V-delta/V-beta TCR
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HIV-1 Nef138-10 peptide
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
  • V-beta chain of T cell receptor
  • V-delta chain of T cell receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / suppression by virus of host autophagy / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna ...symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / suppression by virus of host autophagy / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / virion component / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / endocytosis involved in viral entry into host cell / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion
類似検索 - 分子機能
HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Nef / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.684 Å
データ登録者Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Conserved V delta 1 Binding Geometry in a Setting of Locus-Disparate pHLA Recognition by delta / alpha beta T Cell Receptors (TCRs): Insight into Recognition of HIV Peptides by TCRs.
著者: Shi, Y. / Kawana-Tachikawa, A. / Gao, F. / Qi, J. / Liu, C. / Gao, J. / Cheng, H. / Ueno, T. / Iwamoto, A. / Gao, G.F.
履歴
登録2017年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HIV-1 Nef138-10 peptide
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: HIV-1 Nef138-10 peptide
I: V-delta chain of T cell receptor
J: V-beta chain of T cell receptor
G: V-delta chain of T cell receptor
H: V-beta chain of T cell receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,49710
ポリマ－190,49710
非ポリマー00
水7,134396
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HIV-1 Nef138-10 peptide
I: V-delta chain of T cell receptor
J: V-beta chain of T cell receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2485
ポリマ－95,2485
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10930 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area38320 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: HIV-1 Nef138-10 peptide
G: V-delta chain of T cell receptor
H: V-beta chain of T cell receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2485
ポリマ－95,2485
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10920 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area38280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.992, 73.789, 163.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ADBEIGJH

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain / Aw-24 / HLA class I histocompatibility antigen / A-9 alpha chain / MHC class I antigen A24


分子量: 31551.889 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P05534, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 V-delta chain of T cell receptor


分子量: 23225.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#5: タンパク質 V-beta chain of T cell receptor


分子量: 27301.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 398分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド HIV-1 Nef138-10 peptide


分子量: 1290.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P03407*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5%(v/v) Tacsimate pH 7.0, 0.1M HEPES, pH 7.3, 10%(w/v) polyethylene glycol monomethyl either 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 68358 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.68→2.78 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A9E, 2IAL

1a9e

2ial


解像度: 2.684→37.999 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 3459 5.06 %
Rwork0.2029 --
obs0.205 68316 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 30.36 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4395 Å20 Å20.6245 Å2
2--2.1425 Å2-0 Å2
3---1.297 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.684→37.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13416 0 0 396 13812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87918706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6024938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.684-2.72080.34951320.2782535X-RAY DIFFRACTION98
2.7208-2.75960.32241280.28962598X-RAY DIFFRACTION100
2.7596-2.80080.35411390.26972549X-RAY DIFFRACTION100
2.8008-2.84460.31471370.25992588X-RAY DIFFRACTION100
2.8446-2.89120.28341220.25892560X-RAY DIFFRACTION100
2.8912-2.9410.34181400.2672631X-RAY DIFFRACTION100
2.941-2.99450.32961480.24462564X-RAY DIFFRACTION100
2.9945-3.05210.25761310.23642573X-RAY DIFFRACTION100
3.0521-3.11430.2981400.23762586X-RAY DIFFRACTION100
3.1143-3.1820.25241430.23592566X-RAY DIFFRACTION100
3.182-3.2560.29131180.23182587X-RAY DIFFRACTION100
3.256-3.33740.31841520.22672612X-RAY DIFFRACTION100
3.3374-3.42760.26311470.2172573X-RAY DIFFRACTION100
3.4276-3.52830.2911340.22662601X-RAY DIFFRACTION100
3.5283-3.64210.2961290.21452579X-RAY DIFFRACTION100
3.6421-3.77220.22531290.21052616X-RAY DIFFRACTION100
3.7722-3.92310.23791450.18562610X-RAY DIFFRACTION100
3.9231-4.10140.2261240.17952601X-RAY DIFFRACTION100
4.1014-4.31740.18121310.15882608X-RAY DIFFRACTION100
4.3174-4.58750.16281360.13852637X-RAY DIFFRACTION100
4.5875-4.9410.2061580.14032570X-RAY DIFFRACTION100
4.941-5.43690.1551730.14462591X-RAY DIFFRACTION100
5.4369-6.22070.22571480.1672617X-RAY DIFFRACTION100
6.2207-7.82610.21151490.19242642X-RAY DIFFRACTION100
7.8261-38.00230.25451260.19152663X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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