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- PDB-5xmx: Co-crystal structure of Inhibitor compound in complex with human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xmx
タイトルCo-crystal structure of Inhibitor compound in complex with human PPARdelta LBD
要素Peroxisome proliferator-activated receptor delta
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / PPARdelta / Inhibitor compound / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration ...fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of myoblast proliferation / proteoglycan metabolic process / fatty acid catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of fatty acid oxidation / phospholipid biosynthetic process / Carnitine shuttle / negative regulation of myoblast differentiation / response to vitamin A / Signaling by Retinoic Acid / positive regulation of fatty acid metabolic process / nuclear steroid receptor activity / fatty acid beta-oxidation / negative regulation of cholesterol storage / cell-substrate adhesion / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / decidualization / keratinocyte proliferation / positive regulation of fat cell differentiation / adipose tissue development / NF-kappaB binding / cellular response to nutrient levels / fatty acid transport / response to glucose / energy homeostasis / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / embryo implantation / cholesterol metabolic process / negative regulation of miRNA transcription / response to activity / fatty acid metabolic process / generation of precursor metabolites and energy / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / apoptotic signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / wound healing / transcription coactivator binding / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / nuclear receptor activity / glucose metabolic process / negative regulation of epithelial cell proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / vasodilation / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / lipid binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-89L / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lakshminarasimhan, A. / Rani, S.T. / Senaiar, R.S. / Krishnamurthy, N.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Novel highly selective peroxisome proliferator-activated receptor delta (PPAR delta) modulators with pharmacokinetic properties suitable for once-daily oral dosing.
著者: Lagu, B. / Kluge, A.F. / Fredenburg, R.A. / Tozzo, E. / Senaiar, R.S. / Jaleel, M. / Panigrahi, S.K. / Tiwari, N.K. / Krishnamurthy, N.R. / Takahashi, T. / Patane, M.A.
履歴
登録2017年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
B: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7284
ポリマ－62,8612
非ポリマー8672
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area24010 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.840, 76.390, 96.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor delta / PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member ...PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 2 / Peroxisome proliferator-activated receptor beta / PPAR-beta


分子量: 31430.535 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 171-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARD, NR1C2, PPARB / プラスミド: pET28a-PPAR / 詳細 (発現宿主): pET28a-PPAR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03181
#2: 化合物 ChemComp-89L / (E)-6-[2-[[[4-(furan-2-yl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]methyl]phenoxy]-4-methyl-hex-4-enoic acid


分子量: 433.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27NO5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 % / 解説: Long rod shaped
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 40mM Bis-Tris-propane (pH 8.0), 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 200mM KCl, 6% propanol, 1mM CaCl2, 5% n-Octyl-b-D-thioglucoside
PH範囲: 8-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.71073 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月19日
放射モノクロメーター: 'Silicon Double Crystal' / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.71073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→95.84 Å / Num. obs: 62049 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.74→1.81 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.601 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSdata processing
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SCALEPACK1データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TKM

3tkm


解像度: 2→38.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 4.517 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28181 1849 4.9 %RANDOM
Rwork0.21211 ---
obs0.2155 35806 96.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.579 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→38.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4049 0 64 222 4335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194251
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9141.9825743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1373102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1695502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40424.011187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.80515760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4161522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 135 -
Rwork0.21 2616 -
obs--96.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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