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万見
- PDB-3i08: Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i08
タイトルCrystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR)
要素(Neurogenic locus notch homolog protein 1) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / SEA domain / Lin-12 Notch repeat / LNR / Heterodimerization Domain / HD / Activator / ANK repeat / Calcium / Cell membrane / Developmental protein / Differentiation / Disulfide bond / EGF-like domain / Glycoprotein / Membrane / Metal-binding / Notch signaling pathway / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Receptor / Transcription / Transcription regulation / Transmembrane / furin / T-ALL / leukemia / oncogene / metalloprotease / gamma-secretase
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective LFNG causes SCDO3 / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation ...Defective LFNG causes SCDO3 / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / auditory receptor cell fate commitment / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / positive regulation of aorta morphogenesis / cellular response to tumor cell / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / collecting duct development / compartment pattern specification / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / regulation of extracellular matrix assembly / endocardial cell differentiation / chemical synaptic transmission, postsynaptic / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / T-helper 17 type immune response / cardiac ventricle morphogenesis / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / epidermal cell fate specification / mesenchymal cell development / coronary vein morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / negative regulation of myotube differentiation / left/right axis specification / negative regulation of catalytic activity / glomerular mesangial cell development / somatic stem cell division / negative regulation of cell adhesion molecule production / endocardium development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of endothelial cell differentiation / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / interleukin-17-mediated signaling pathway / cardiac epithelial to mesenchymal transition / Pre-NOTCH Processing in Golgi / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / negative regulation of collagen biosynthetic process / cardiac muscle cell myoblast differentiation / neuronal stem cell population maintenance / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / tissue regeneration / regulation of stem cell proliferation / pulmonary valve morphogenesis / luteolysis / calcium-ion regulated exocytosis / heart trabecula morphogenesis / prostate gland epithelium morphogenesis / endoderm development / negative regulation of biomineral tissue development / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of myoblast differentiation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / tube formation / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of keratinocyte differentiation / transcription regulator activator activity / negative regulation of stem cell differentiation / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / inflammatory response to antigenic stimulus / astrocyte differentiation / cardiac muscle tissue morphogenesis / sprouting angiogenesis
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 - #20 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #470 / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein ...Ricin (A Subunit), domain 2 - #20 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #470 / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / Ricin (A Subunit), domain 2 / : / Calcium-binding EGF domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Helix non-globular / Ankyrin repeats (3 copies) / Special / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurogenic locus notch homolog protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gordon, W.R. / Blacklow, S.C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Effects of S1 cleavage on the structure, surface export, and signaling activity of human Notch1 and Notch2.
著者: Gordon, W.R. / Vardar-Ulu, D. / L'Heureux, S. / Ashworth, T. / Malecki, M.J. / Sanchez-Irizarry, C. / McArthur, D.G. / Histen, G. / Mitchell, J.L. / Aster, J.C. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2009年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
B: Neurogenic locus notch homolog protein 1
C: Neurogenic locus notch homolog protein 1
D: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,23311
ポリマ－63,9574
非ポリマー2767
水37821
1
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
B: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1346
ポリマ－31,9792
非ポリマー1564
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Neurogenic locus notch homolog protein 1
D: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0995
ポリマ－31,9792
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
B: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子

C: Neurogenic locus notch homolog protein 1
D: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,23311
ポリマ－63,9574
非ポリマー2767
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455y-1,x,-z1
Buried area13660 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area22690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.868, 65.868, 322.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112B - A1450 - 1529
2112A1450 - 1529

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要素

#1: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch 1 / hN1 / Translocation-associated notch protein TAN-1 / Notch 1 extracellular truncation / ...Notch 1 / hN1 / Translocation-associated notch protein TAN-1 / Notch 1 extracellular truncation / Notch 1 intracellular domain


分子量: 24595.336 Da / 分子数: 2 / 断片: Notch1 NRR (Residues 1446-1665) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cloned into pet15b containing an N-terminal His6 tag with a TEV protease site. Upon cleavage, a non-native Glycine remains at the N-terminus. Protein was expressed, purified from inclusion ...詳細: Cloned into pet15b containing an N-terminal His6 tag with a TEV protease site. Upon cleavage, a non-native Glycine remains at the N-terminus. Protein was expressed, purified from inclusion bodies, refolded and purified as previously described. Recombinant furin incubated with the Notch1 NRR overnight, and size exclusion chromatography was used to purify the complex.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: human Notch1, NOTCH1, TAN1 / プラスミド: hN1 NRR full-length / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P46531
#2: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 1


分子量: 7383.235 Da / 分子数: 2 / 断片: Notch1 NRR (Residues 1666-1734) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: human Notch1, NOTCH1, TAN1 / プラスミド: hN1 NRR full-length / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P46531
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE PRECURSOR STRUCTURE WAS CLEAVED IN VITRO BY FURIN PROTEASE. FURIN CLEAVES AT R1665 PRIMARILY, ...THE PRECURSOR STRUCTURE WAS CLEAVED IN VITRO BY FURIN PROTEASE. FURIN CLEAVES AT R1665 PRIMARILY, BUT A MINOR CLEAVAGE WAS OBSERVED AT R1634 VIA MASS SPECTROMETRY OF THE CRYSTALLIZED PROTEIN.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→46 Å / Num. all: 11941 / Num. obs: 11928 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 74.9 Å2 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 11320 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0093精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Notch1 NRR deletion (3eto)

3eto


解像度: 3.2→46.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 20.757 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.535 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 602 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.232 11922 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.83 Å2 / Biso mean: 76.809 Å2 / Biso min: 38.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3566 0 7 21 3594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7341.9224995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9615462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.80925.337193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.88215545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4211515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7371.52312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4423677
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66231358
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8914.51318
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
316TIGHT POSITIONAL0.030.05
277MEDIUM POSITIONAL0.040.5
316TIGHT THERMAL0.060.5
277MEDIUM THERMAL0.072
LS精密化 シェル解像度: 3.203→3.286 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 35 -
Rwork0.281 833 -
all-868 -
obs--96.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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