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- PDB-3tkm: Crystal structure PPAR delta binding GW0742 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tkm
タイトルCrystal structure PPAR delta binding GW0742
要素Peroxisome proliferator-activated receptor delta
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION ACTIVATOR / nuclear receptor / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION ACTIVATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / fat cell proliferation / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / positive regulation of fat cell proliferation / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration ...keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / fat cell proliferation / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / positive regulation of fat cell proliferation / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration / proteoglycan metabolic process / fatty acid catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of myoblast proliferation / positive regulation of fatty acid oxidation / phospholipid biosynthetic process / Carnitine shuttle / negative regulation of myoblast differentiation / response to vitamin A / Signaling by Retinoic Acid / positive regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid beta-oxidation / cell-substrate adhesion / negative regulation of cholesterol storage / decidualization / nuclear steroid receptor activity / keratinocyte proliferation / NF-kappaB binding / adipose tissue development / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to glucose / fatty acid transport / cellular response to nutrient levels / cholesterol metabolic process / energy homeostasis / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / embryo implantation / negative regulation of miRNA transcription / response to activity / generation of precursor metabolites and energy / apoptotic signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / wound healing / fatty acid metabolic process / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / vasodilation / glucose metabolic process / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / lipid binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GW0 / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.953 Å
データ登録者Trivella, D.B.B. / Batista, F.H. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural Insights into Human Peroxisome Proliferator Activated Receptor Delta (PPAR-Delta) Selective Ligand Binding.
著者: Batista, F.A. / Trivella, D.B. / Bernardes, A. / Gratieri, J. / Oliveira, P.S. / Figueira, A.C. / Webb, P. / Polikarpov, I.
履歴
登録2011年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: reflns / reflns_shell ...reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9943
ポリマ－31,4311
非ポリマー5642
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.466, 74.766, 96.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor delta / PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member ...PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 2 / Peroxisome proliferator-activated receptor beta / PPAR-beta


分子量: 31430.535 Da / 分子数: 1 / 断片: LBD, UNP residues 171-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARD, NR1C2, PPARB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03181
#2: 化合物 ChemComp-GW0 / {4-[({2-[3-fluoro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-4-methyl-1,3-thiazol-5-yl}methyl)sulfanyl]-2-methylphenoxy}acetic acid / GW 0742


分子量: 471.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17F4NO3S2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 14% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 200 mM KCl, 40 mM bis-Tris-propane (pH 9.5), 6% propanol, and 1 mM CaCl2 and detergent n-Octyl-b-D-thioglucoside (0.5 microliters in 5 microliters ...詳細: 14% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 200 mM KCl, 40 mM bis-Tris-propane (pH 9.5), 6% propanol, and 1 mM CaCl2 and detergent n-Octyl-b-D-thioglucoside (0.5 microliters in 5 microliters drops), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4589 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4589 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 19254 / Num. obs: 19254 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.95-2.024.72.6318800.4381100
2.02-2.14.93.119740.3971100
2.1-2.25.54.3118910.2961100
2.2-2.315.84.9518710.2881100
2.31-2.466.17.0719080.2151100
2.46-2.656.36.3819260.2181100
2.65-2.916.39.5419290.1771100
2.91-3.336.16.919380.1441100
3.33-4.26.114.9119550.091100
4.2-305.817.2420820.071100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 2009_06_19_0104)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ET2

3et2


解像度: 1.953→24.352 Å / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: overall / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2454 977 5.1 %random
Rwork0.1969 ---
obs0.1993 19139 99.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.547 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3203 Å20 Å2-0 Å2
2--0.4335 Å2-0 Å2
3----0.7538 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.953→24.352 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2170 0 37 158 2365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7723235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.035904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003409
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.953-2.05550.30291350.2532519251998
2.0555-2.18420.29931250.23262556255699
2.1842-2.35280.26541310.21892578257899
2.3528-2.58930.29091440.204325662566100
2.5893-2.96340.25361510.203925912591100
2.9634-3.73140.25271490.18572599259999
3.7314-24.35360.19181420.17332753275399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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