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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ocr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aldolase II superfamily protein from Pseudomonas syringae | ||||||
要素 | Class II aldolase/adducin domain protein | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / PSI-2 / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / MCSG | ||||||
機能・相同性 | L-fuculose-1-phosphate Aldolase / Class II aldolase/adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Class II aldolase/adducin domain protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of aldolase II superfamily protein from Pseudomonas syringae 著者: Chang, C. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ocr.cif.gz | 220.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ocr.ent.gz | 186.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ocr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3ocr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3ocr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29739.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A (バクテリア) 株: 1448A / Race 6 / 遺伝子: PSPPH_2884 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold / 参照: UniProt: Q48HR6 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.24 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG4K 30%, Ammonium Acetate 0.2M, tri-Na-Citrate 0.1M, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 37960 / Num. obs: 37674 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 40.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Num. unique all: 1808 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 9.405 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.167 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.32 Å2 / Biso mean: 35.437 Å2 / Biso min: 18.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.947→1.997 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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