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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xk0 | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of 8-mer DNA2 | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / duplex | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Liu, H.H. / Gan, J.H. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: A DNA Structure Containing AgI -Mediated G:G and C:C Base Pairs 著者: Liu, H.H. / Shen, F.S. / Haruehanroengra, P. / Yao, Q.Q. / Cheng, Y.S. / Chen, Y.Q. / Yang, C. / Zhang, J. / Wu, B.X. / Luo, Q. / Cui, R.X. / Li, J.X. / Ma, J.B. / Sheng, J. / Gan, J.H. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 345.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 345.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2412.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.23 % / 解説: diamond |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10% v/v MPD, 40mM Sodium cacodylate pH 6.0, 12mM Spermine tetra-HCl, 80mM KCl, 20mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 4199 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 82.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 12.9 / Num. unique obs: 358 / % possible all: 87.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5WSP 解像度: 1.451→29.707 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 18.6
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.451→29.707 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4513→1.5 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.5067 Å / Origin y: 9.0897 Å / Origin z: 2.4899 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |