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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xjz | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of DNA1-Ag complex | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Ag / base pair | 機能・相同性 | SILVER ION / SPERMINE / DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Liu, H.H. / Gan, J.H. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: A DNA Structure Containing AgI -Mediated G:G and C:C Base Pairs 著者: Liu, H.H. / Shen, F.S. / Haruehanroengra, P. / Yao, Q.Q. / Cheng, Y.S. / Chen, Y.Q. / Yang, C. / Zhang, J. / Wu, B.X. / Luo, Q. / Cui, R.X. / Li, J.X. / Ma, J.B. / Sheng, J. / Gan, J.H. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 385.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 385.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2412.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SPM / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 % / 解説: Needle |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% v/v MPD, 40mM Sodium cacodylate pH 7.0, 12mM Spermine tetra-HCl, 80mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.98→30 Å / Num. obs: 24202 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 31 |
反射 シェル | 解像度: 0.98→1.01 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1694 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.719 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 0.98→29.23 Å
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拘束条件 |
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