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- PDB-5xj3: Complex structure of ipilimumab-scFv and CTLA-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xj3
タイトルComplex structure of ipilimumab-scFv and CTLA-4
要素
  • Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
  • ipilimumab-VH
  • ipilimumab-VL
キーワードIMMUNE SYSTEM / ipilimumab / CTLA-4 / complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response ...protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者He, M. / Chai, Y. / Qi, J. / Tong, Z. / Tan, S. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Oncotarget / 年: 2017
タイトル: Remarkably similar CTLA-4 binding properties of therapeutic ipilimumab and tremelimumab antibodies
著者: He, M. / Chai, Y. / Qi, J. / Zhang, C.W.H. / Tong, Z. / Shi, Y. / Yan, J. / Tan, S. / Gao, G.F.
履歴
登録2017年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ipilimumab-VH
B: ipilimumab-VL
C: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
D: ipilimumab-VH
E: ipilimumab-VL
F: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
G: ipilimumab-VH
H: ipilimumab-VL
I: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
J: ipilimumab-VH
K: ipilimumab-VL
L: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,67412
ポリマ－154,67412
非ポリマー00
水00
1
A: ipilimumab-VH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1531
ポリマ－13,1531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ipilimumab-VL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8741
ポリマ－11,8741
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6421
ポリマ－13,6421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ipilimumab-VH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1531
ポリマ－13,1531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: ipilimumab-VL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8741
ポリマ－11,8741
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6421
ポリマ－13,6421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: ipilimumab-VH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1531
ポリマ－13,1531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: ipilimumab-VL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8741
ポリマ－11,8741
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6421
ポリマ－13,6421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: ipilimumab-VH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1531
ポリマ－13,1531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: ipilimumab-VL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8741
ポリマ－11,8741
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6421
ポリマ－13,6421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.959, 114.240, 150.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: 抗体
ipilimumab-VH


分子量: 13152.659 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体
ipilimumab-VL


分子量: 11874.194 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 / CTLA-4


分子量: 13641.536 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTLA4, CD152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16410

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9
詳細: 100 mM BICINE, 10% PEG 20000, 2% 1,4-Dioxane, pH 9.0.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97889 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97889 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 26870 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.688 / Rsym value: 1.688

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F12,1I8L

3f12

1i8l


解像度: 3.2→46.17 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 1097 5.09 %
Rwork0.2221 --
obs0.2243 21535 80.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→46.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10424 0 0 0 10424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76914476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.393796
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1959-3.34130.3699590.30551311X-RAY DIFFRACTION41
3.3413-3.51740.2977850.27891731X-RAY DIFFRACTION56
3.5174-3.73770.30861200.26332153X-RAY DIFFRACTION68
3.7377-4.02610.29361360.25422589X-RAY DIFFRACTION82
4.0261-4.4310.24971600.212950X-RAY DIFFRACTION93
4.431-5.07150.23261980.19193134X-RAY DIFFRACTION99
5.0715-6.38680.27711720.21743216X-RAY DIFFRACTION100
6.3868-46.17450.24761670.20533354X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0988-0.0333-0.07390.1513-0.17220.37020.08670.1128-0.18980.05840.11730.07010.1234-0.24220.10390.3164-0.0636-0.07350.2152-0.02880.2621-12.436711.5097-12.8303
20.8726-0.0967-0.19770.1861-0.11960.1460.19360.41810.1653-0.2484-0.0157-0.0722-0.1572-0.12590.09160.33640.03250.00370.2773-0.05830.1886-2.511325.4675-27.3712
30.1980.01950.05530.02160.01430.096-0.157-0.0236-0.19960.18780.179-0.23890.13240.13840.10080.43780.1322-0.01640.0364-0.22380.575112.95160.5775-20.6342
40.1181-0.03570.12050.10140.01350.1645-0.11620.13260.1753-0.12660.14070.23220.1253-0.06060.00050.3323-0.0073-0.00180.24470.02240.2347-0.850723.5037-70.3881
50.1004-0.01210.1340.2880.08760.23050.2429-0.1355-0.07640.3963-0.0543-0.22550.47260.02420.19110.74550.0247-0.16070.12430.04880.37734.74898.3987-54.7287
60.57620.14630.50660.22940.36460.72050.16640.2376-0.05980.0170.0857-0.1161-0.25590.24790.08060.31990.0344-0.02230.1728-0.00730.191617.51635.6256-52.0921
70.090.01610.00910.0767-0.02650.0680.0859-0.1691-0.00730.16450.0825-0.05850.0971-0.240900.2968-0.0171-0.08340.4680.05920.372747.290622.3448-1.9357
80.033-0.04040.01170.06650.02340.04240.15140.1226-0.0228-0.27910.03720.01680.2659-0.22270.00080.5895-0.1627-0.18280.48950.0160.59741.74797.7401-18.1675
90.1634-0.18950.01990.27010.0750.2690.0539-0.4751-0.1459-0.1028-0.0895-0.0412-0.0829-0.0832-0.02990.2384-0.0951-0.0390.3290.0770.265424.49733.2447-15.1568
100.2603-0.10790.0240.12380.06760.1198-0.0675-0.1735-0.3411-0.01680.1252-0.05180.06350.51060.20070.35040.21180.05720.9918-0.08280.428258.373415.9983-55.9583
110.1132-0.142-0.04270.324-0.18530.38410.4104-0.00880.42860.20150.06820.2613-0.66730.11990.48380.5086-0.07240.24250.8104-0.21710.651744.495628.8149-43.7328
120.46440.29770.18830.2260.08740.1013-0.20440.1886-0.0023-0.26240.04260.32950.17890.1302-0.0450.62050.14440.03110.4161-0.19510.791433.57432.0066-51.9969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H
9X-RAY DIFFRACTION9chain I
10X-RAY DIFFRACTION10chain J
11X-RAY DIFFRACTION11chain K
12X-RAY DIFFRACTION12chain L

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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