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- PDB-5xhv: Crystal Structure Of Fab S40 In Complex With Influenza Hemaggluti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xhv
タイトルCrystal Structure Of Fab S40 In Complex With Influenza Hemagglutinin, HA1 subunit.
要素
  • Hemagglutinin
  • S40 heavy chain
  • S40 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Lee, C.C. / Wang, A.H.J. / Yu, C.M. / Yang, A.S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: High throughput discovery of influenza virus neutralizing antibodies from phage-displayed synthetic antibody libraries.
著者: Chen, I.C. / Chiu, Y.K. / Yu, C.M. / Lee, C.C. / Tung, C.P. / Tsou, Y.L. / Huang, Y.J. / Lin, C.L. / Chen, H.S. / Wang, A.H. / Yang, A.S.
履歴
登録2017年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
H: S40 heavy chain
L: S40 light chain
P: S40 heavy chain
Q: S40 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,1006
ポリマ－168,1006
非ポリマー00
水00
1
A: Hemagglutinin
P: S40 heavy chain
Q: S40 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0503
ポリマ－84,0503
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Hemagglutinin
H: S40 heavy chain
L: S40 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0503
ポリマ－84,0503
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)200.395, 133.640, 133.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 35986.641 Da / 分子数: 2 / 断片: HA1 subunit (UNP RESIDUES 18-341) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/California/07/2009(H1N1) / 遺伝子: HA
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: C3W5X2
#2: 抗体 S40 heavy chain


分子量: 24445.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 S40 light chain


分子量: 23618.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8%(w/v) PEG 6000, 1N NaOH, 15% MPD, 0.1 M Na HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→25 Å / Num. obs: 34636 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W9D, 3HC4, 3GBN

3w9d

3hc4

3gbn


解像度: 3.35→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 26.695 / SU ML: 0.429 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.58 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27452 1826 5 %RANDOM
Rwork0.22987 ---
obs0.23227 34487 76.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 173.528 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.81 Å2-0 Å2-3.04 Å2
2--22.97 Å2-0 Å2
3----11.64 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.35→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11100 0 0 0 11100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01911406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.94815518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.977324196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.56151434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.41424.249466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.072151822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.691542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.60217.5645754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other11.57717.5645753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it17.94926.3157182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other17.95326.3167183
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.67817.525652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other10.67817.525652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other16.97626.1318337
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined23.72212271
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other23.72212272
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.435 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 65 -
Rwork0.258 1283 -
obs--39.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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