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- PDB-5xhq: Apolipoprotein N-acyl Transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xhq
タイトルApolipoprotein N-acyl Transferase
要素Apolipoprotein N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / nitrilase post-lipidation lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipoprotein biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein N-acyltransferase, N-terminal / Apolipoprotein N-acyltransferase N-terminal domain / Apolipoprotein N-acyltransferase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Apolipoprotein N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.587 Å
データ登録者Yingzhi, X. / Yong, X. / Guangyuan, L. / Fei, S.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
the Ministry of Science and Technology (China)2014CB910104 to XCZ 中国
the Chinese Academy of SciencesXDB080203 to XCZ and FS 中国
National Natural Science Foundation of China31470745 to XCZ 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of E. coli apolipoprotein N-acyl transferase
著者: Lu, G. / Xu, Y. / Zhang, K. / Xiong, Y. / Li, H. / Cui, L. / Wang, X. / Lou, J. / Zhai, Y. / Sun, F. / Zhang, X.C.
履歴
登録2017年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein N-acyltransferase
B: Apolipoprotein N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,41112
ポリマ－114,2482
非ポリマー2,16310
水37821
1
A: Apolipoprotein N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8194
ポリマ－57,1241
非ポリマー6953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
2
B: Apolipoprotein N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5928
ポリマ－57,1241
非ポリマー1,4687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.869, 134.094, 135.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein N-acyltransferase / ALP N-acyltransferase / Copper homeostasis protein CutE


分子量: 57124.234 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-508 / 変異: C62G, A283V, A377V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lnt, cutE, b0657, JW0654 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
参照: UniProt: P23930, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 糖
ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / heptyl 1-thio-beta-D-glucoside / heptyl 1-thio-D-glucoside / heptyl 1-thio-glucoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM Tris-HCl (pH 7.5) and 26% (v/v) PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.587→40.4 Å / Num. obs: 51623 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Num. unique obs: 1457 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1819精密化
HKL-20002.2.0データ削減
HKL-20002.2.0データスケーリング
PHENIXdev_1819位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EMS

1ems


解像度: 2.587→40.364 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2877 2138 5.08 %
Rwork0.2327 --
obs0.2355 42099 80.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.587→40.364 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7642 0 121 21 7784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0137979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54910890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4432826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5871-2.64730.2833350.242677X-RAY DIFFRACTION21
2.6473-2.71340.3919710.23161214X-RAY DIFFRACTION37
2.7134-2.78680.3333820.23171586X-RAY DIFFRACTION49
2.7868-2.86880.30321040.23781966X-RAY DIFFRACTION60
2.8688-2.96130.27771150.25272303X-RAY DIFFRACTION70
2.9613-3.06720.31151610.262632X-RAY DIFFRACTION81
3.0672-3.18990.29131680.27082997X-RAY DIFFRACTION92
3.1899-3.3350.35051860.26023256X-RAY DIFFRACTION99
3.335-3.51080.3331630.23633279X-RAY DIFFRACTION100
3.5108-3.73060.31351770.24033270X-RAY DIFFRACTION99
3.7306-4.01840.23931910.21893269X-RAY DIFFRACTION100
4.0184-4.42230.26041820.21553319X-RAY DIFFRACTION100
4.4223-5.06120.2511650.20023348X-RAY DIFFRACTION100
5.0612-6.37250.30151720.23693374X-RAY DIFFRACTION100
6.3725-40.36910.28611660.24043471X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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