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- PDB-5xhg: Crystal structure of Trastuzumab Fab fragment bearing Ne-(o-azido... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xhg
タイトルCrystal structure of Trastuzumab Fab fragment bearing Ne-(o-azidobenzyloxycarbonyl)-L-lysine
要素
  • polypeptide(H)
  • polypeptide(L)
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / (2-azidophenyl)methyl hydrogen carbonate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Kuratani, M. / Yanagisawa, T. / Sakamoto, K. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Bioconjug. Chem. / 年: 2017
タイトル: Extensive Survey of Antibody Invariant Positions for Efficient Chemical Conjugation Using Expanded Genetic Codes.
著者: Kato, A. / Kuratani, M. / Yanagisawa, T. / Ohtake, K. / Hayashi, A. / Amano, Y. / Kimura, K. / Yokoyama, S. / Sakamoto, K. / Shiraishi, Y.
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22019年12月25日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_description ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: polypeptide(L)
B: polypeptide(H)
C: polypeptide(L)
D: polypeptide(H)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,03719
ポリマ－93,7854
非ポリマー1,25215
水22,6991260
1
A: polypeptide(L)
B: polypeptide(H)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4127
ポリマ－46,8922
非ポリマー5195
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
2
C: polypeptide(L)
D: polypeptide(H)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,62512
ポリマ－46,8922
非ポリマー73310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.651, 79.891, 85.764
Angle α, β, γ (deg.)113.50, 92.82, 102.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 polypeptide(L)


分子量: 23467.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: humanized mouse
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 (大腸菌)
#2: 抗体 polypeptide(H)


分子量: 23425.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: humanized mouse
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 1275分子

#3: 化合物 ChemComp-OAZ / (2-azidophenyl)methyl hydrogen carbonate


分子量: 193.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7N3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, PEG 3350, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→30 Å / Num. obs: 230256 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 1.3 % / Net I/σ(I): 7.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.76→25.438 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 1426 1.72 %
Rwork0.173 --
obs0.1735 83118 92.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→25.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6552 0 78 1260 7890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8129279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5952444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041179
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.82290.29331300.24747136X-RAY DIFFRACTION81
1.8229-1.89590.2591310.21877535X-RAY DIFFRACTION86
1.8959-1.98210.26071390.19657873X-RAY DIFFRACTION90
1.9821-2.08660.2131370.18748107X-RAY DIFFRACTION91
2.0866-2.21720.22051380.18238280X-RAY DIFFRACTION94
2.2172-2.38830.21241560.18358320X-RAY DIFFRACTION94
2.3883-2.62840.21891540.18388454X-RAY DIFFRACTION96
2.6284-3.00820.20481430.17638598X-RAY DIFFRACTION97
3.0082-3.78810.16391490.1528682X-RAY DIFFRACTION98
3.7881-25.44060.16551490.14918707X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.188 Å / Origin y: 63.57 Å / Origin z: 7.8992 Å
111213212223313233
T0.0187 Å20.0046 Å20.0049 Å2-0.0398 Å20.0046 Å2--0.051 Å2
L0.2597 °20.0269 °20.0522 °2-0.2687 °2-0.0836 °2--0.2655 °2
S0.0242 Å °-0.0326 Å °-0.0222 Å °-0.0103 Å °-0.0134 Å °0.0121 Å °-0.0103 Å °0.0045 Å °-0.0026 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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