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- PDB-5xfd: Serial femtosecond X-ray structure of Agrocybe cylindracea galect... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xfd
タイトルSerial femtosecond X-ray structure of Agrocybe cylindracea galectin with lactose solved by Se-SAD using XFEL (refined against 60,000 patterns)
要素Galactoside-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Blood group A H type 2 antigen, alpha anomer / Galectin
類似検索 - 構成要素
生物種Agrocybe cylindracea (ヤナギマツタケ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kuwabara, N. / Fumiaki, Y. / Kato, R.
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2017
タイトル: Experimental phase determination with selenomethionine or mercury-derivatization in serial femtosecond crystallography
著者: Yamashita, K. / Kuwabara, N. / Nakane, T. / Murai, T. / Mizohata, E. / Sugahara, M. / Pan, D. / Masuda, T. / Suzuki, M. / Sato, T. / Kodan, A. / Yamaguchi, T. / Nango, E. / Tanaka, T. / Tono, ...著者: Yamashita, K. / Kuwabara, N. / Nakane, T. / Murai, T. / Mizohata, E. / Sugahara, M. / Pan, D. / Masuda, T. / Suzuki, M. / Sato, T. / Kodan, A. / Yamaguchi, T. / Nango, E. / Tanaka, T. / Tono, K. / Joti, Y. / Kameshima, T. / Hatsui, T. / Yabashi, M. / Manya, H. / Endo, T. / Kato, R. / Senda, T. / Kato, H. / Iwata, S. / Ago, H. / Yamamoto, M. / Yumoto, F. / Nakatsu, T.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02020年8月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_molecule_features ...atom_site / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order
改定 3.12020年10月14日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_molecule / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 3.22023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 3.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactoside-binding lectin
B: Galactoside-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7554
ポリマ－38,2902
非ポリマー1,4652
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.795, 105.795, 75.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Galactoside-binding lectin


分子量: 19144.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrocybe cylindracea (ヤナギマツタケ)
プラスミド: pET27b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2D0TCI3*PLUS
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Blood group A H type 2 antigen, alpha anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpb1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4/a4-b1_b2-c1_b3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.65 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→9.5 Å / Num. obs: 150810 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 443.377 % / CC1/2: 0.9902844 / Net I/σ(I): 6.460021
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.088-9.497742.112.72167910.98461100
2.465-3.088616.411.310.98651100
2.157-2.4655629.870.98421100
1.962-2.1574617.890.97761100
1.823-1.962438.45.890.96451100
1.716-1.823399.54.060.91791100
1.631-1.716333.82.850.841100
1.56-1.631258.52.110.72011100
1.5-1.561791.450.54211100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→9.489 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.46
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1625 7399 4.91 %
Rwork0.1488 --
obs0.1495 150732 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.26 Å2 / Biso mean: 24.3006 Å2 / Biso min: 11.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→9.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2317 0 100 232 2649
Biso mean--22.61 40.18 -
残基数----311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4783565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.121459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9091536
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.5170.28222480.279947955043
1.517-1.53480.24582620.266247915053
1.5348-1.55340.27322280.258247494977
1.5534-1.5730.24692580.238848175075
1.573-1.59360.22312760.235147114987
1.5936-1.61530.23982210.229148195040
1.6153-1.63830.21932600.213447615021
1.6383-1.66260.23942070.208348295036
1.6626-1.68840.20312390.198148005039
1.6884-1.7160.2032290.186347484977
1.716-1.74540.20351980.182548435041
1.7454-1.77690.17622720.167647525024
1.7769-1.81090.19572390.159648025041
1.8109-1.84760.18522690.159247194988
1.8476-1.88740.16872380.158348315069
1.8874-1.9310.16332410.150347514992
1.931-1.97880.13292600.141747625022
1.9788-2.03180.17172600.13947715031
2.0318-2.0910.15872520.139747895041
2.091-2.15770.14922710.139547535024
2.1577-2.23390.15832270.13347534980
2.2339-2.32210.14262570.134447685025
2.3221-2.42610.15732690.143247685037
2.4261-2.55160.17282260.145547895015
2.5516-2.7080.1552550.143148125067
2.708-2.91150.15162380.145947474985
2.9115-3.19430.19212380.140947935031
3.1943-3.63360.12912480.125247835031
3.6336-4.49540.13112540.1247745028
4.4954-9.48880.15172590.136847535012
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68770.9696-1.06865.9803-3.05894.9666-0.0038-0.0247-0.05080.15920.16290.47050.1411-0.2454-0.0560.15910.00070.02720.1147-0.01140.1971-60.86646.014511.9477
21.28660.0740.17891.72510.22091.11670.0490.09060.1415-0.10230.0211-0.0179-0.05970.0582-0.05550.1610.00720.01680.119-0.00180.1282-48.108516.48458.0505
31.76-0.1147-0.07084.37891.68592.6520.0076-0.11680.0577-0.04890.1134-0.1842-0.0380.2709-0.12790.132-0.02650.00060.13940.00950.1507-40.257720.886912.3826
42.7860.2614-0.17272.2983-1.14574.60380.01660.0971-0.2155-0.0177-0.1021-0.19840.5130.50120.03290.19240.0397-0.00210.1424-0.00350.1717-45.23346.03811.2665
52.3668-0.1472-0.05314.29691.79812.89580.0403-0.0869-0.03540.21660.0201-0.36570.09640.1756-0.10080.17820.0094-0.01210.14080.00760.1755-41.14579.020115.9789
62.38440.21170.23572.21271.122.72150.09240.07680.1572-0.0919-0.06360.0302-0.2446-0.13540.02620.15040.01580.01580.07210.0080.1512-51.37718.38989.9228
70.79921.1071-1.90863.0608-4.37569.88630.05710.02160.0583-0.11980.00330.28430.41210.1416-0.1160.17830.01260.0140.1319-0.0050.154-56.22956.083711.7263
81.3904-0.0050.22642.631-0.02661.12710.0199-0.0554-0.02830.06240.0209-0.3091-0.04920.1461-0.00610.14740.0040.00220.13170.01120.1687-45.9901-8.892712.9924
91.6306-0.5242-0.98623.5788-0.96171.1570.06810.3368-0.064-0.43940.0710.21520.1822-0.1553-0.37130.21820.0105-0.01660.1750.00310.1471-58.9938-9.1493.4102
102.18410.6409-0.454.179-1.01361.4877-0.01680.013-0.1724-0.01610.04060.05360.0488-0.0225-0.03020.15320.0030.00280.1111-0.0010.1638-59.963-20.99813.0085
111.98390.6313-0.89074.9874-2.68393.9180.2090.16760.2833-0.11050.02650.867-0.3179-0.1642-0.32440.23120.0477-0.04250.27210.01530.3398-69.6431-9.19136.1267
123.1067-0.79381.19262.73990.18551.9828-0.0055-0.14180.08730.1535-0.01040.1317-0.1261-0.12770.03630.16920.00770.020.09710.00240.1575-60.0889-5.842215.4412
131.69970.3072-0.58542.1342-0.62960.5440.0794-0.1739-0.15940.2446-0.04170.2183-0.00660.00210.04850.2252-0.01170.02460.14640.00850.1712-59.2684-13.529920.0474
142.9827-1.2179-0.50124.0574-1.82821.32350.14090.2928-0.1628-0.4749-0.0090.10290.2798-0.0888-0.18750.22930.00760.00480.1565-0.0160.1602-55.0726-15.46542.8153
151.26060.66932.48521.09411.23945.78710.0553-0.0034-0.07590.04740.0775-0.2275-0.2280.1554-0.1860.21740.00070.00480.14450.0040.1652-49.0217-4.293312.3341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 12 )A2 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 75 )A13 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 76 through 96 )A76 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 97 through 112 )A97 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 113 through 127 )A113 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 128 through 150 )A128 - 150
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 151 through 161 )A151 - 161
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 27 )B2 - 27
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 28 through 47 )B28 - 47
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 48 through 86 )B48 - 86
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 87 through 102 )B87 - 102
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 103 through 120 )B103 - 120
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 121 through 135 )B121 - 135
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 136 through 150 )B136 - 150
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 151 through 161 )B151 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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