[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3m3c: Crystal Structure of Agrocybe aegerita lectin AAL complexed with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3m3c | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Agrocybe aegerita lectin AAL complexed with p-Nitrophenyl TF disaccharide | |||||||||
Components | Anti-tumor lectin | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / galectin / AAL / Thomsen-Friedenreich disaccharide / Apoptosis / Lectin / Nuclease / Gal-BATA-1 / 3-GalNAc-ALPHA-1-p-Nitrophenyl | |||||||||
Function / homology | Function and homology information DNA nuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / polysaccharide binding / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Agrocybe aegerita (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Feng, L. / Li, D. / Wang, D. | |||||||||
Citation | Journal: Faseb J. / Year: 2010 Title: Structural insights into the recognition mechanism between an antitumor galectin AAL and the Thomsen-Friedenreich antigen Authors: Feng, L. / Sun, H. / Zhang, Y. / Li, D.F. / Wang, D.C. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3m3c.cif.gz | 83.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3m3c.ent.gz | 59.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3m3c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3m3c_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3m3c_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 3m3c_validation.xml.gz | 17.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3m3c_validation.cif.gz | 24.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/3m3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/3m3c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3afkC 3m3eC 3m3oC 3m3qC 2zglS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 17108.996 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Agrocybe aegerita (fungus) / Gene: AAL / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q6WY08, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters #2: Polysaccharide | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | IT IS AN ALLELE GENE OF THE GENE IN THE GENBANK DATABASE. | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.66 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: hanging drop / pH: 5.5 Details: 25% PEG3350, 0.2M LiCl, 5% acetone, pH 5.5, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.964 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 27, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.964 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.99→50 Å / Num. obs: 25298 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 2.365 / Net I/σ(I): 13.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2ZGL Resolution: 2→50 Å / FOM work R set: 0.861 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Bsol: 59.083 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.775 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|