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- PDB-3m3q: Crystal Structure of Agrocybe aegerita lectin AAL complexed with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3m3q | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Agrocybe aegerita lectin AAL complexed with Ganglosides GM1 pentasaccharide | |||||||||
![]() | Anti-tumor lectin | |||||||||
![]() | HYDROLASE / galectin / AAL / Ganglosides GM1 / Apoptosis / Lectin / Nuclease | |||||||||
Function / homology | ![]() DNA nuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / polysaccharide binding / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Feng, L. / Li, D. / Wang, D. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into the recognition mechanism between an antitumor galectin AAL and the Thomsen-Friedenreich antigen Authors: Feng, L. / Sun, H. / Zhang, Y. / Li, D.F. / Wang, D.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 81.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 58.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3afkC ![]() 3m3cC ![]() 3m3eC ![]() 3m3oC ![]() 2zglS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 17108.996 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q6WY08, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | IT IS AN ALLELE GENE OF THE GENE IN THE GENBANK DATABASE. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: hanging drop / pH: 5.5 Details: 25% PEG3350, 0.2M LiCl, 5% acetone, pH 5.5, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 20, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.18→50 Å / Num. all: 19640 / Num. obs: 19388 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Χ2: 6.674 / Net I/σ(I): 13.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2ZGL Resolution: 2.2→50 Å / FOM work R set: 0.835 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 42.882 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.016 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Xplor file |
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