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Yorodumi- PDB-5nf4: The tip fimbrial protein Mfa3 from Porphyromonas gingivalis with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nf4 | |||||||||
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Title | The tip fimbrial protein Mfa3 from Porphyromonas gingivalis with C-terminal truncation. | |||||||||
Components | Minor fimbrium tip subunit Mfa3 | |||||||||
Keywords | CELL ADHESION / FIMBRIA / ADHESIN / PERIODONTITIS | |||||||||
Function / homology | Fimbrium subunit FimB/Mfa2/Mfa3 / Fimbrillin-A associated anchor proteins Mfa1 and Mfa2 / pilus tip / pilus / : / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / FORMIC ACID / Minor fimbrium tip subunit Mfa3 Function and homology information | |||||||||
Biological species | Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.746 Å | |||||||||
Authors | Hall, M. / Hasegawa, Y. / Yoshimura, F. / Persson, K. | |||||||||
Funding support | Sweden, Japan, 2items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2018 Title: Structural and functional characterization of shaft, anchor, and tip proteins of the Mfa1 fimbria from the periodontal pathogen Porphyromonas gingivalis. Authors: Hall, M. / Hasegawa, Y. / Yoshimura, F. / Persson, K. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nf4.cif.gz | 363 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nf4.ent.gz | 298.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nf4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5nf4_validation.pdf.gz | 459.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5nf4_full_validation.pdf.gz | 463.1 KB | Display | |
Data in XML | 5nf4_validation.xml.gz | 26.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5nf4_validation.cif.gz | 39.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nf4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50685.738 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (bacteria) Gene: mfa3, PGN_0289 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B2RHG3 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 3% PGA, 8% PEG 8000, 0.3 M sodium formate, 0.12 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate, pH 5.0. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97623 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 22, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97623 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.721→69.441 Å / Num. all: 79050 / Num. obs: 79050 / % possible obs: 93.2 % / Redundancy: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 33.63 Å2 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.032 / Net I/av σ(I): 9.7 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 134723 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.746→44.52 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 19.54
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 195.4 Å2 / Biso mean: 53.3268 Å2 / Biso min: 25.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.746→44.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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