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万見
- PDB-2x2t: CRYSTAL STRUCTURE OF SCLEROTINIA SCLEROTIORUM AGGLUTININ SSA in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x2t
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SCLEROTINIA SCLEROTIORUM AGGLUTININ SSA in complex with Gal-beta1,3-Galnac
要素AGGLUTININ
キーワードCELL ADHESION / FUNGAL LECTIN / BETA-TREFOIL DOMAIN
機能・相同性Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / carbohydrate binding / Mainly Beta / Agglutinin
機能・相同性情報
生物種SCLEROTINIA SCLEROTIORUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Peumans, W.J. / Rouge, P. / Van Damme, E.J.M. / Bourne, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the Galnac/Gal-Specific Agglutinin from the Phytopathogenic Ascomycete Sclerotinia Sclerotiorum Reveals Novel Adaptation of a Beta-Trefoil Domain
著者: Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Peumans, W.J. / Rouge, P. / Van Damme, E.J.M. / Bourne, Y.
履歴
登録2010年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: PROVIDED BY DEPOSITOR
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: PROVIDED BY DEPOSITOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9148
ポリマ－16,7581
非ポリマー1,1567
水3,045169
1
A: AGGLUTININ
ヘテロ分子

A: AGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,82716
ポリマ－33,5152
非ポリマー2,31214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area4850 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area13450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.458, 51.458, 295.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1159-

PG4

21A-2079-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AGGLUTININ / AGGLUTININ SSA


分子量: 16757.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SCLEROTINIA SCLEROTIORUM (菌類) / 参照: UniProt: A7XUK7
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.26 M AMMONIUM SULFATE, 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→59 Å / Num. obs: 17040 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X2S

2x2s


解像度: 1.97→49.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.166 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. B-FACTORS, CONTAINING RESIDUAL AND TLS COMPONENT HAVE BEEN DEPOSITED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19514 1228 7.2 %RANDOM
Rwork0.16304 ---
obs0.16526 15811 96.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.768 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20.42 Å2-0 Å2
2--0.83 Å2-0 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1177 0 63 169 1409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.981825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89932148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7815169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.48925.35756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85515203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.387153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7151.5800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1941.5322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26421300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8663532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8414.5518
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 98 -
Rwork0.214 1127 -
obs--98.39 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.6716 Å / Origin y: -19.8032 Å / Origin z: 10.1223 Å
111213212223313233
T0.0013 Å2-0.0094 Å20.0021 Å2-0.0499 Å2-0.0127 Å2--0.0534 Å2
L1.5494 °2-0.0221 °2-0.409 °2-0.8226 °2-0.0261 °2--2.8772 °2
S0.0508 Å °0.049 Å °0.0256 Å °-0.0051 Å °-0.0498 Å °-0.0435 Å °-0.0458 Å °0.0536 Å °-0.001 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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