PDB-5xad: NLIR - LC3B fusion protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xad

タイトル

NLIR - LC3B fusion protein

要素

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
Uncharacterised protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Autophagy / LC3 / Atg8 / fusion protein

機能・相同性

機能・相同性情報

host intracellular membrane-bounded organelle / protein delipidation / SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / symbiont-mediated suppression of host autophagy / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Kwon, D.H. / Kim, L. / Song, H.K.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: A novel conformation of the LC3-interacting region motif revealed by the structure of a complex between LC3B and RavZ
著者: Kwon, D.H. / Kim, L. / Kim, B.W. / Kim, J.H. / Roh, K.H. / Choi, E.J. / Song, H.K.

履歴

登録	2017年3月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xad.cif.gz	137.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xad.ent.gz	109.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/5xad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/5xad	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5xacC 5xaeC 3vtuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1syl-d 6er1-d 3tqz-d 6w5y-2 2hr6-d 6mao-d 1dup-d 2hrm-d 4enn-1 1nyn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

C: Uncharacterised protein

D: Uncharacterised protein

33.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

C: Uncharacterised protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

D: Uncharacterised protein

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.735, 65.735, 127.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta 分子量: 14019.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3B, MAP1ALC3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9GZQ8
#2: タンパク質・ペプチド	Uncharacterised protein 分子量: 2814.870 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 12-34 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A129J378, UniProt: Q5ZUV9*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 1.0 M Ammonium sulfate, 100mM CHES/NaOH pH 9.5, 200mM NaCl.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→37.5 Å / Num. obs: 23313 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.8 % / Net I/σ(I): 50.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VTU

3vtu

解像度: 1.88→35.6 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2525	2000	8.58 %
R_work	0.2091	-	-
obs	0.2128	23313	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→35.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2347	0	0	199	2546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2386
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.206	3208
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.472	1475
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	355
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	420

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8795-1.9265	0.3793	139	0.2678	1485	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9265-1.9786	0.3208	139	0.2508	1475	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9786-2.0368	0.27	139	0.2305	1488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0368-2.1026	0.3092	141	0.2349	1499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1026-2.1777	0.2325	140	0.2209	1489	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1777-2.2649	0.2565	142	0.2243	1521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2649-2.3679	0.3114	141	0.2162	1503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3679-2.4928	0.2988	143	0.2207	1512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4928-2.6489	0.2871	144	0.218	1536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6489-2.8534	0.2681	142	0.2206	1520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8534-3.1404	0.2409	144	0.2154	1530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1404-3.5945	0.2391	146	0.1989	1561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5945-4.5274	0.214	147	0.1757	1568	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5274-37.5188	0.2359	153	0.2099	1626	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9429	-1.8294	-0.5518	6.9073	1.6646	0.7831	-0.4766	-0.4628	0.0176	1.0574	-0.4181	0.3862	-1.6077	-0.9174	0.0182	0.731	0.2578	0.0225	0.4378	0.0465	0.3835	117.9798	117.1288	135.4594
2	3.5513	0.2809	1.5895	1.3061	-0.465	3.6175	-0.1674	0.2097	0.0849	0.0336	0.0903	0.0317	-0.1861	-0.1077	-0.0719	0.1892	-0.0155	0.0172	0.1621	-0.0084	0.1953	130.4008	111.081	124.9062
3	2.1568	-0.8607	0.8112	3.0926	-0.785	4.4181	-0.1739	-0.3283	-0.0118	0.4174	0.2129	0.0796	-0.757	-0.2307	-0.0003	0.2777	0.0856	0.0222	0.1984	0.0049	0.2041	135.4692	112.6534	140.4907
4	4.3079	-1.4927	-0.2061	1.4384	-1.6579	3.0601	0.0624	-0.2978	0.0286	0.127	0.3301	0.0341	-0.301	-0.3774	-0.0355	0.3048	0.0922	0.0345	0.2507	0.0614	0.2834	136.1043	106.0322	144.7326
5	3.0536	-0.4879	1.0531	1.6672	-0.8302	3.8311	-0.0204	-0.1988	-0.3595	0.032	0.2619	0.1693	0.1943	-0.0723	-0.2091	0.1957	-0.0153	0.0238	0.1947	0.0414	0.27	132.7501	103.3101	134.4298
6	6.5456	4.532	-9.0888	8.0981	-5.5163	1.9996	-1.1676	-0.3737	-0.4209	-0.1041	-0.2557	-1.4385	0.286	0.0008	-2.3546	0.5539	0.0734	-0.1999	0.4125	-0.1414	1.0556	145.1257	74.129	134.8985
7	2.4774	1.1557	-0.703	5.3586	2.4298	5.0738	-0.1015	0.2214	-0.1407	0.3513	0.4975	-1.6134	-0.2472	0.9838	0.0465	0.1625	0.0554	0.0681	0.2797	-0.0536	0.608	139.7735	81.188	131.0829
8	8.0821	1.4369	0.255	5.4409	0.4142	5.0343	-0.254	0.0033	0.6393	-0.8116	0.046	0.2687	-0.2654	-0.4124	-0.0395	0.2658	-0.0273	0.0015	0.2287	0.0304	0.3988	128.1322	85.5153	129.0096
9	3.9674	0.4218	2.0251	3.5365	0.6869	3.5924	0.3186	-0.5212	-0.1682	0.3759	-0.1168	-0.3891	0.4978	0.0275	-0.1121	0.3055	-0.063	-0.0321	0.2833	-0.0385	0.398	132.0155	76.3855	143.2879
10	5.4197	-0.1549	0.0754	6.8259	1.1715	6.7838	0.079	-0.8389	-0.1363	0.7807	0.4905	0.3171	1.0965	-0.2552	0.0029	0.5079	-0.1347	-0.059	0.4031	-0.0214	0.3388	127.8691	73.2714	151.4202
11	4.7274	-0.6233	-0.3352	4.8636	1.9104	4.3192	0.1189	-0.7302	-0.1551	0.2637	0.018	-0.337	0.4394	0.0438	-0.1131	0.5785	-0.0976	-0.0427	0.5865	0.0304	0.3728	133.4214	79.1072	153.917
12	4.7252	0.9097	-0.6178	4.3046	-0.0556	6.2424	0.1016	-0.5247	0.5782	0.1328	0.0495	-0.0289	0.1615	-0.2999	-0.0387	0.3019	-0.0251	-0.0016	0.2785	-0.0489	0.405	128.7853	89.3357	141.7913
13	5.8629	-0.5629	1.9497	0.2846	0.1843	1.1792	0.1204	-0.9799	-0.4432	0.1576	0.2889	-0.1046	0.4683	-0.3117	-0.4599	0.3659	-0.0321	-0.0487	0.369	-0.0345	0.4517	139.9781	78.8685	150.9155
14	5.0869	-3.493	3.8419	2.438	-2.4965	3.1576	0.2903	-0.0024	0.0378	-0.8068	-0.2184	-0.1736	0.4074	0.4611	-0.0262	0.2712	0.053	0.0303	0.3289	0.0024	0.1915	120.3614	129.7811	127.9179
15	8.1255	-0.3971	-1.8901	5.4091	4.3112	4.433	0.1556	0.8078	3.73	-1.7111	0.3026	0.1861	-1.486	0.5989	-0.0772	0.5242	-0.174	0.0585	0.6685	0.1328	0.8609	121.9956	145.5091	120.5184
16	4.0248	1.3523	-0.785	2.0133	-6.0246	9.0582	0.3337	0.26	-0.0841	-0.2604	-0.5359	-0.4593	0.3142	1.2481	0.0738	0.3385	-0.1034	-0.0799	0.3913	-0.0103	0.2525	121.8276	132.9326	130.778
17	1.3481	-1.145	-2.7213	1.6229	2.6247	5.5888	0.0664	0.0318	0.1406	0.3714	-0.0423	-0.1571	0.3958	-0.0117	-0.142	0.3961	-0.0878	0.0042	0.2661	0.0034	0.3369	139.6385	65.7945	124.9076
18	2.5596	1.918	0.4867	3.7811	1.2424	2.1788	-0.3622	0.5721	-0.4038	-0.461	-0.0332	0.1677	-0.1732	-0.3389	0.0411	0.3944	-0.0689	0.0142	0.4767	-0.0036	0.3612	134.8004	52.5791	113.0012
19	4.1084	2.3323	1.776	3.3962	3.5665	3.9855	0.417	0.3504	0.6113	0.8179	0.5214	-0.3067	-0.0395	-0.0497	0.4034	0.3828	-0.017	0.0349	0.2816	-0.0306	0.3632	139.0574	61.3812	125.9984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 6 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 7 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 70 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 71 through 94 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 118 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 6 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 7 through 12 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 13 through 26 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 27 through 59 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 60 through 70 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 71 through 94 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 95 through 108 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 109 through 120 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 11 through 17 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 18 through 28 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 29 through 34 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 10 through 17 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 18 through 28 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 29 through 34 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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