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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x8t | ||||||
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タイトル | Structure of the 50S large subunit of chloroplast ribosome from spinach | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Cryo-EM / chloroplast ribosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plastid translation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding ...plastid translation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ahmed, T. / Shi, J. / Bhushan, S. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017 タイトル: Unique localization of the plastid-specific ribosomal proteins in the chloroplast ribosome small subunit provides mechanistic insights into the chloroplastic translation. 著者: Tofayel Ahmed / Jian Shi / Shashi Bhushan / 要旨: Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, ...Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, cS23, bTHXc, cL37 and cL38) which have been suggested to play important regulatory roles in translation. However, their exact locations on the chloroplast ribosome remain elusive due to lack of a high-resolution structure, hindering our progress to understand their possible roles. Here we present a cryo-EM structure of the 70S chloroplast ribosome from spinach resolved to 3.4 Å and focus our discussion mainly on the architecture of the 30S small subunit (SSU) which is resolved to 3.7 Å. cS22 localizes at the SSU foot where it seems to compensate for the deletions in 16S rRNA. The mRNA exit site is highly remodeled due to the presence of cS23 suggesting an alternative mode of translation initiation. bTHXc is positioned at the SSU head and appears to stabilize the intersubunit bridge B1b during thermal fluctuations. The translation factor plastid pY binds to the SSU on the intersubunit side and interacts with the conserved nucleotide bases involved in decoding. Most of the intersubunit bridges are conserved compared to the bacteria, except for a new bridge involving uL2c and bS6c. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5x8t.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5x8t.ent.gz | 1.5 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5x8t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5x8t_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5x8t_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5x8t_validation.xml.gz | 143.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5x8t_validation.cif.gz | 239.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/5x8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/5x8t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-50S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 12345CEFKLNQRSTUV0
#1: タンパク質 | 分子量: 6519.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28804 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7536.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28805 |
#3: タンパク質 | 分子量: 6789.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82244 |
#4: タンパク質 | 分子量: 8459.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P23326 |
#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4414.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12230 |
#9: タンパク質 | 分子量: 29722.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06509 |
#11: タンパク質 | 分子量: 27202.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: O49937 |
#12: タンパク質 | 分子量: 24248.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82192 |
#15: タンパク質 | 分子量: 22774.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12629 |
#16: タンパク質 | 分子量: 13484.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09596 |
#18: タンパク質 | 分子量: 15328.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P17353 |
#21: タンパク質 | 分子量: 17597.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82413 |
#22: タンパク質 | 分子量: 15594.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28803 |
#23: タンパク質 | 分子量: 22793.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P24613 |
#24: タンパク質 | 分子量: 23292.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09594 |
#25: タンパク質 | 分子量: 13575.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9LWB5 |
#26: タンパク質 | 分子量: 16552.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P27683 |
#32: タンパク質 | 分子量: 10801.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R0R6, UniProt: P82249*PLUS |
-タンパク質 , 11種, 11分子 67DGHMOPXYZ
#6: タンパク質 | 分子量: 15694.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9S2M7, UniProt: P27684*PLUS |
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#7: タンパク質 | 分子量: 12080.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RCH6, UniProt: P82411*PLUS |
#10: タンパク質 | 分子量: 24117.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QEC7, UniProt: P82191*PLUS |
#13: タンパク質 | 分子量: 20263.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4N9, UniProt: P82193*PLUS |
#14: タンパク質 | 分子量: 17669.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RQ91, UniProt: P82180*PLUS |
#17: タンパク質 | 分子量: 20680.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QHT0, UniProt: P22798*PLUS |
#19: タンパク質 | 分子量: 13466.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RLJ4, UniProt: P82194*PLUS |
#20: タンパク質 | 分子量: 13801.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QQ60, UniProt: P82195*PLUS |
#28: タンパク質 | 分子量: 15326.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4I2, UniProt: P82190*PLUS |
#29: タンパク質 | 分子量: 9016.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RD02, UniProt: P82245*PLUS |
#30: タンパク質 | 分子量: 12903.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R7W8, UniProt: P82248*PLUS |
-RNA鎖 , 3種, 3分子 BWA
#8: RNA鎖 | 分子量: 39014.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) |
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#27: RNA鎖 | 分子量: 34334.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 12299 |
#31: RNA鎖 | 分子量: 911344.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 50S large subunit of chloroplast ribosome from spinach タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.7 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) |
緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 20 mM Tris HCl, pH 7.6, 100 mM KCl, 10 mM MgOAc, 100 mM sucrose, 7 mM 2-mercaptoethanol, 1 unit/ml RNase inhibitor, 0.1% protease inhibitor |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 倍率(補正後): 133333 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3161 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 187946 | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81305 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT |