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- PDB-5x7z: CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS MARR FAMILY PROTE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x7z
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS MARR FAMILY PROTEIN RV2887 COMPLEX WITH P-AMINOSALICYLIC ACID
要素Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887
キーワードTRANSCRIPTION / WHTH MOTIF / HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / DNA BINDING / P-AMINOSALICYLIC ACID BINDING / SALICYLIC ACID BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-HYDROXY-4-AMINOBENZOIC ACID / HTH-type transcriptional repressor Rv2887
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gao, Y.R. / Li, D.F. / Wang, D.C. / Bi, L.J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural analysis of the regulatory mechanism of MarR protein Rv2887 in M. tuberculosis
著者: Gao, Y.R. / Li, D.F. / Fleming, J. / Zhou, Y.F. / Liu, Y. / Deng, J.Y. / Zhou, L. / Zhou, J. / Zhu, G.F. / Zhang, X.E. / Wang, D.C. / Bi, L.J.
履歴
登録2017年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年8月9日ID: 5HSL
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年3月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1662
ポリマ－17,0131
非ポリマー1531
水61334
1
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887
ヘテロ分子

A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3324
ポリマ－34,0252
非ポリマー3062
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.810, 86.870, 43.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887


分子量: 17012.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv2887, MTCY274.18 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WME9
#2: 化合物 ChemComp-BHA / 2-HYDROXY-4-AMINOBENZOIC ACID / パラアミノサリチル酸


分子量: 153.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO3 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1M CITRIC ACID, PH 3.5, 2.0M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL (SI 111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→27.454 Å / Num. obs: 8664 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.117 / Net I/av σ(I): 3.6 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.821 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1245 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.331 / Rsym value: 0.821 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HSM

5hsm


解像度: 2.2→27.454 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 864 9.98 %RANDOM
Rwork0.2049 ---
obs0.2095 8654 99.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数969 0 11 34 1014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011992
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9951342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.947627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007173
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2003-2.33810.26581400.20781276X-RAY DIFFRACTION100
2.3381-2.51850.27611410.21911269X-RAY DIFFRACTION100
2.5185-2.77170.27171440.21831291X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-3.17230.28381380.23721274X-RAY DIFFRACTION99
3.1723-3.99480.27231460.19371306X-RAY DIFFRACTION100
3.9948-27.45570.21081550.19511374X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8292-1.655-1.9931.68154.9172-0.2332-0.2027-0.37020.57860.45660.51680.3383-0.4155-0.18680.2986-0.02680.01650.31950.05470.280224.29212.87547.3115
24.38670.62271.93637.6970.47445.7872-0.26040.174-0.2163-1.23490.45821.7392-0.1729-0.962-0.18710.46750.0194-0.14250.48680.11840.698712.878713.6628-2.461
33.2378-0.641-0.27058.58550.71630.0766-0.879-0.9058-0.87230.04570.7388-0.599-1.2045-0.55820.28721.84440.4459-0.08631.23540.14811.14544.455524.6324-15.5215
46.0474-3.13913.74696.5183-1.8684.0405-0.1856-0.07280.1386-0.04760.43460.3294-0.48080.21-0.25630.4207-0.02210.08910.35770.01530.278923.651318.6252.6406
54.14283.20564.71834.9733.52435.3988-0.22660.2197-0.1867-0.58340.3254-0.624-1.0510.5411-0.09260.29-0.04880.04360.4068-0.0330.292938.70574.6074-1.4711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 80 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 120 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 121 through 138 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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