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- PDB-5hso: Crystal structure of MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS MARR FAMILY PROTE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hso
タイトルCrystal structure of MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS MARR FAMILY PROTEIN Rv2887 complex with DNA
要素
  • (DNA (30-MER), the upstream sequence of Rv0560c) x 2
  • Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887
キーワードTRANSCRIPTION / HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / DNA BINDING / SALICYLIC ACID BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional repressor Rv2887
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gao, Y.R. / Li, D.F. / Wang, D.C. / Bi, L.J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural analysis of the regulatory mechanism of MarR protein Rv2887 in M. tuberculosis
著者: Gao, Y.R. / Li, D.F. / Fleming, J. / Zhou, Y.F. / Liu, Y. / Deng, J.Y. / Zhou, L. / Zhou, J. / Zhu, G.F. / Zhang, X.E. / Wang, D.C. / Bi, L.J.
履歴
登録2016年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887
B: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887
C: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887
D: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887
E: DNA (30-MER), the upstream sequence of Rv0560c
F: DNA (30-MER), the upstream sequence of Rv0560c


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5026
ポリマ－86,5026
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12080 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area35750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.218, 48.233, 101.115
Angle α, β, γ (deg.)89.95, 90.04, 107.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887


分子量: 17012.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv2887, MTCY274.18 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WME9
#2: DNA鎖 DNA (30-MER), the upstream sequence of Rv0560c


分子量: 9265.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#3: DNA鎖 DNA (30-MER), the upstream sequence of Rv0560c


分子量: 9185.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M Potassium chloride, 0.025 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, and 15% V/V 2-Propanol
PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月22日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→36.21 Å / Num. obs: 30122 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 63.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1980精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→36.21 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 34.22 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2776 1439 4.87 %Random selection
Rwork0.2395 ---
obs0.2414 29539 98.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3666 1230 0 0 4896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9247140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3732015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034848
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005706
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58930.41351560.35052790X-RAY DIFFRACTION98
2.5893-2.6930.35271360.31112823X-RAY DIFFRACTION98
2.693-2.81550.39791100.31432835X-RAY DIFFRACTION98
2.8155-2.96390.29161550.32672793X-RAY DIFFRACTION98
2.9639-3.14950.33211350.32642845X-RAY DIFFRACTION98
3.1495-3.39250.34831780.29322785X-RAY DIFFRACTION98
3.3925-3.73360.29481570.25882844X-RAY DIFFRACTION99
3.7336-4.27310.2396940.2282836X-RAY DIFFRACTION99
4.2731-5.38080.26671680.22672823X-RAY DIFFRACTION99
5.3808-36.21660.23731500.18242726X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6021-2.06340.63973.3742-0.87490.24260.65210.37840.5585-1.208-0.48770.36930.59490.03450.02660.7884-0.03860.18280.6869-0.0410.995636.897939.649122.1372
24.1140.17640.70313.0874-3.76333.5199-0.3543-1.8556-0.66060.78861.06270.43620.6727-0.70940.03840.95820.0456-0.0131.0868-0.09580.724837.009426.0076140.2148
31.46770.3798-1.29981.43390.89941.4194-0.2261-0.39920.7977-0.270.0083-2.04310.0890.19550.00070.74910.07210.11670.8505-0.30991.253648.844133.8387130.7484
41.7498-0.3203-0.28130.5494-0.76631.4348-0.5233-2.3616-1.40151.1168-0.13980.27030.19111.4589-0.05290.7375-0.00910.25370.84570.07371.045643.884352.2621130.5847
52.4949-2.72973.01875.0333-1.64542.845-0.2643-2.8084-0.28420.3970.7359-0.638-0.0564-0.87340.09530.6182-0.06170.14530.6528-0.1420.867728.42145.8929131.9137
61.6399-0.65071.6711.8266-0.53190.8820.60161.14430.7474-1.168-0.1299-0.020.5745-0.31060.00920.89610.03010.18740.88060.15510.605717.677346.0955115.0749
71.11010.71251.38722.26240.34492.78431.12841.1481-0.3453-0.8255-0.24980.46380.5599-0.06210.00421.24290.0423-0.00471.19310.0620.851113.985439.5176112.9409
80.82430.7667-0.0910.40680.77990.97490.3482-0.5831.9126-0.2337-0.2617-0.02050.0798-0.57450.08050.77910.06240.31740.7902-0.04841.217219.343455.6022123.2728
94.3459-4.2769-4.12026.66657.25669.72730.26291.5806-0.8901-2.3923-0.97840.6292-1.4948-1.0228-0.20450.63180.02710.01310.6309-0.28451.019138.297956.237123.5316
108.9991-0.8659-1.42055.44070.40341.87580.53280.57440.169-0.9266-0.04980.073-0.53450.40880.00150.7653-0.048-0.16640.6942-0.01290.602715.20692.856870.2551
114.27971.3060.87651.9652-0.61360.79211.6351-0.74661.1094-1.663-1.8994-1.05870.26952.79040.05311.25370.12670.11041.5649-0.39890.850226.54231.72657.4952
123.03311.5947-3.62820.4751.71261.08270.15940.1692-0.0013-0.06940.18770.14310.50840.3639-00.73830.0681-0.18260.76840.15790.89848.0111-10.183772.8364
132.2782-0.0275-0.70683.33970.28350.88490.6770.5465-0.1134-1.8053-0.5111-1.1366-0.6038-0.02850.02770.7261-0.0194-0.13770.57850.09030.827-0.87656.140671.5537
143.51740.37860.26882.14521.96062.7418-0.2071-1.61770.24230.9280.94320.0945-0.63080.65090.01611.01650.030.06861.11920.08020.7265-0.960719.714189.6913
150.951-0.23961.29491.50011.06591.1375-0.2635-0.2231-0.6282-0.6575-0.12812.2726-0.1718-0.1894-0.00920.78570.0665-0.05590.86930.26171.1085-12.905811.865980.1286
160.4849-0.14480.030.2297-0.14930.4962-0.0136-2.2250.4441.0551-0.3173-1.2471-0.2238-1.1545-0.00620.698-0.0407-0.26460.8087-0.03151.0057-10.2195-6.644177.9399
170.60010.1047-0.20720.0056-0.00280.131-1.4706-1.94050.2782.082-0.5682.9713-1.6344-0.6456-0.01211.13770.10530.06871.2895-0.03021.2817-0.0801-5.815786.3528
180.05570.4814-0.01220.54010.5072-0.0917-0.36720.06310.48370.21280.5846-0.35671.78130.6113-0.00121.8440.11110.12931.995-0.05730.832821.845722.523559.2517
192.1046-0.65621.73761.38940.10131.1671-1.23960.8154-1.7176-0.88860.49040.51791.2355-1.6034-0.07231.2079-0.34770.20620.9717-0.18810.847416.162526.832375.9553
201.885-2.26511.23174.82371.48495.7771-0.9348-0.7669-0.8101-0.99080.0076-2.26772.62393.3137-1.58421.7218-0.42080.66562.01290.18121.317522.884622.311193.4473
210.00650.11050.14460.3307-0.68250.0107-0.13361.5343-0.1523-0.96970.60250.382-1.3005-1.11950.00271.93280.1757-0.0261.9640.1650.930814.283723.1121109.8577
223.6035-2.3134-0.85222.32330.23810.2272-0.531-0.38293.04050.14481.5791-2.6138-0.80930.88730.02841.0606-0.330.09571.0980.15870.55719.969718.7992126.4671
231.920.1643-0.56130.492-0.38581.0535-0.4906-1.15651.31370.1874-0.60771.5894-2.2202-0.7883-1.84371.8257-0.3742-0.24372.1125-0.32951.281813.241423.5882143.8084
240.41980.9288-1.38761.9537-0.18342.1861-0.2875-0.38850.56290.0828-0.5252-1.0658-0.16382.2737-0.1471.5056-0.0676-0.14011.57820.21911.001417.700620.4975127.4188
250.82650.2581-0.35950.289-0.095-0.0653-0.32180.5503-0.67741.31761.00740.3536-0.5158-1.81360.00551.79140.23460.3031.7992-0.05521.09316.543626.264493.6857
263.4436-2.0532-0.15941.4527-0.35850.35610.34160.7601-2.17921.1175-0.22011.15251.625-1.10950.06221.0893-0.18540.18861.0035-0.12810.911422.47522.266876.9164
272.7365-0.1634-0.23041.5656-3.37527.4799-0.87820.08661.0697-0.5734-1.66091.283-1.0598-4.6899-2.01461.9074-0.2681-0.03141.3175-0.41471.400516.045727.185159.413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 120 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 121 through 138 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 31 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 32 through 51 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 52 through 96 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 97 through 120 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 121 through 138 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 6 through 75 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 76 through 96 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 97 through 138 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 6 through 31 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 32 through 96 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 97 through 120 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 121 through 133 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 134 through 138 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 1 through 5 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 6 through 10 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 11 through 15 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 16 through 20 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 21 through 25 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 26 through 30 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 31 through 45 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 46 through 50 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 51 through 55 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 56 through 60 )

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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