PDB-5x4g: Crystal structure of Fab fragment of anti-CD147 monoclonal antibo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x4g

タイトル

Crystal structure of Fab fragment of anti-CD147 monoclonal antibody 6H8

要素

6H8 Fab heavy chain
6H8 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / CD147

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Lin, P. / Zhang, M.-Y. / Chen, X. / Ye, S. / Yu, X.-L. / Zhang, R.-G. / Zhu, P. / Chen, Z.-N.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CD147 C2 domain in complex with Fab of its monoclonal antibody
著者: Zhang, M.-Y. / Lin, P. / Zhu, P. / Chen, Z.-N.

履歴

登録	2017年2月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x4g.cif.gz	196.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x4g.ent.gz	156 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x4g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x4g_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x4g_full_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示
XML形式データ	5x4g_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	5x4g_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/5x4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/5x4g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x0tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mef-d 6obz-1 5nyx-2 5vr9-1 4ojf-d 2v7h-1 4ygv-2 4r7d-1 4z95-d 5dq9-1 6arp-1 3uyr-d 6nov-1 5i1g-d 3g6j-4 6y49-d 6ug8-d 4ma3-1 1wc7-2 4r7n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6H8 Fab heavy chain

B: 6H8 Fab light chain

52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.104, 100.448, 108.175
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: 抗体	6H8 Fab heavy chain 分子量: 26331.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	6H8 Fab light chain 分子量: 25913.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.16M NaSCN, 26% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→31.34 Å / Num. obs: 77443 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 1 % / R_merge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→31.339 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.88

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	3890	5.02 %
R_work	0.2064	-	-
obs	0.2074	77438	98.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→31.339 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3297	0	0	503	3800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988	4607
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.28	1221
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4474-1.4651	0.3228	137	0.2596	2489	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4651-1.4836	0.2772	127	0.2594	2606	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4836-1.5032	0.2806	131	0.2435	2559	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5032-1.5237	0.2327	124	0.2348	2594	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5237-1.5455	0.2792	128	0.2328	2624	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5455-1.5686	0.2313	150	0.2195	2556	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5686-1.5931	0.2745	152	0.2307	2596	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5931-1.6192	0.2219	129	0.2139	2589	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6192-1.6471	0.2295	145	0.2304	2584	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6471-1.6771	0.2522	138	0.2121	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6771-1.7093	0.2331	128	0.2169	2579	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7093-1.7442	0.2424	147	0.2219	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7442-1.7821	0.2403	144	0.2182	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7821-1.8236	0.2276	142	0.216	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8236-1.8692	0.2077	117	0.207	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8692-1.9197	0.2398	154	0.2101	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9197-1.9762	0.2336	130	0.203	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9762-2.04	0.2207	126	0.2069	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.1129	0.2177	132	0.2024	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1129-2.1975	0.2544	131	0.2057	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1975-2.2974	0.2569	140	0.2135	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2974-2.4185	0.2457	158	0.2133	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4185-2.57	0.2708	134	0.2231	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.7683	0.2279	130	0.2137	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7683-3.0467	0.2449	164	0.2013	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0467-3.487	0.1918	143	0.1905	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.487-4.3914	0.1899	141	0.177	2680	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3914-31.3462	0.2057	168	0.2086	2542	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -7.4795 Å / Origin y: -30.3007 Å / Origin z: 11.6731 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1015 Å²	-0.0157 Å²	0.0234 Å²	-	0.1269 Å²	0.0071 Å²	-	-	0.1185 Å²
L	0.0432 °²	-0.208 °²	0.0356 °²	-	1.0198 °²	-0.2348 °²	-	-	0.2098 °²
S	-0.0049 Å °	-0.0243 Å °	0.0142 Å °	0.0601 Å °	0.0253 Å °	0.0531 Å °	-0.0765 Å °	0.0107 Å °	-0.0154 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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