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- PDB-5x1s: PpkA-294 with Amppcp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x1s
タイトルPpkA-294 with Amppcp
要素PpkA
キーワードTRANSFERASE / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cortical microtubule / microtubule-based process / chromosome segregation / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / PpkA N terminal
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia sp. FS14 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Li, P.P. / Ran, T.T. / Xu, D.Q. / Wang, W.W.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Natural Science Foundation of China31400055 中国
Natural Science Foundation of China31170686 中国
Natural Science Foundation of China31100028 中国
the Natural Science Foundation of Jiangsu ProvinceBK20140690 中国
the Youth Science and Technology Innovation Fund from Nanjing Agricultural UniversityKJ2013027 中国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of the kinase domain of PpkA, a key regulatory component of T6SS, reveal a general inhibitory mechanism.
著者: Li, P.P. / Xu, D.Q. / Ma, T.Q. / Wang, D.Y. / Li, W.D. / He, J.H. / Ran, T.T. / Wang, W.W.
履歴
登録2017年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PpkA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7103
ポリマ－34,1121
非ポリマー5972
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.318, 65.602, 78.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 PpkA


分子量: 34112.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia sp. FS14 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S4NYE5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2015年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→20 Å / Num. obs: 54734 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 7643 / Rpim(I) all: 0.249 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2247: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.45→19.773 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2173 2712 4.96 %
Rwork0.1949 --
obs0.196 54687 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→19.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2245 0 37 163 2445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062357
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9693207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.455893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.47310.27561320.26572423X-RAY DIFFRACTION90
1.4731-1.50140.30421430.24342725X-RAY DIFFRACTION100
1.5014-1.53210.23711370.22532724X-RAY DIFFRACTION100
1.5321-1.56540.23981490.22962711X-RAY DIFFRACTION100
1.5654-1.60180.24211560.21452715X-RAY DIFFRACTION100
1.6018-1.64180.28061250.21342737X-RAY DIFFRACTION100
1.6418-1.68620.221480.20432706X-RAY DIFFRACTION100
1.6862-1.73580.22361540.20382739X-RAY DIFFRACTION100
1.7358-1.79170.21451360.19162725X-RAY DIFFRACTION100
1.7917-1.85570.22631350.20662747X-RAY DIFFRACTION100
1.8557-1.930.21031510.20082728X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.01770.23841640.19372713X-RAY DIFFRACTION100
2.0177-2.1240.20451500.19932752X-RAY DIFFRACTION100
2.124-2.25690.19941370.19442763X-RAY DIFFRACTION100
2.2569-2.43090.23261420.19582767X-RAY DIFFRACTION100
2.4309-2.6750.20171450.20042779X-RAY DIFFRACTION100
2.675-3.06080.21661290.20632811X-RAY DIFFRACTION100
3.0608-3.85160.21321340.1842844X-RAY DIFFRACTION100
3.8516-100.19931450.17042866X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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