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- PDB-5x1h: Structure of Legionella pneumophila DotN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x1h
タイトルStructure of Legionella pneumophila DotN
要素(IcmJ (DotN)) x 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type IV secretion system / Coupling protein complex / Effector translocation
機能・相同性: / HNH nucleases / HNH nuclease / protein transport / metal ion binding / cytoplasm / Type 4 apparatus protein DotN
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.005 Å
データ登録者Kwak, M.J. / Oh, B.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation of Korea (NRF)2008-0061987 韓国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Architecture of the type IV coupling protein complex of Legionella pneumophila
著者: Kwak, M.J. / Kim, J.D. / Kim, H. / Kim, C. / Bowman, J.W. / Kim, S. / Joo, K. / Lee, J. / Jin, K.S. / Kim, Y.G. / Lee, N.K. / Jung, J.U. / Oh, B.H.
履歴
登録2017年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IcmJ (DotN)
C: IcmJ (DotN)
E: IcmJ (DotN)
G: IcmJ (DotN)
I: IcmJ (DotN)
K: IcmJ (DotN)
M: IcmJ (DotN)
O: IcmJ (DotN)
Q: IcmJ (DotN)
S: IcmJ (DotN)
U: IcmJ (DotN)
W: IcmJ (DotN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,51124
ポリマ－283,72612
非ポリマー78512
水00
1
A: IcmJ (DotN)
C: IcmJ (DotN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6574
ポリマ－47,5262
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
2
E: IcmJ (DotN)
W: IcmJ (DotN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6574
ポリマ－47,5262
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
3
G: IcmJ (DotN)
Q: IcmJ (DotN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2274
ポリマ－46,0962
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
4
I: IcmJ (DotN)
U: IcmJ (DotN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6574
ポリマ－47,5262
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
5
K: IcmJ (DotN)
M: IcmJ (DotN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6574
ポリマ－47,5262
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
6
O: IcmJ (DotN)
S: IcmJ (DotN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6574
ポリマ－47,5262
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.357, 155.357, 527.711
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質
IcmJ (DotN)


分子量: 23762.971 Da / 分子数: 11 / 断片: UNP residues 7-214 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmJ, lpg0455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYB7
#2: タンパク質 IcmJ (DotN)


分子量: 22333.457 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-207 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmJ, lpg0455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYB7
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 600mM sodium citrate and 100mM sodium cacodylate (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.2828 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2828 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 109241 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 55.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 4.132 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 777894
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible allCC1/2
3-3.051.80.31722750.2490.4061.20460.9
3.05-3.111.90.3123660.2370.3931.18663.5
3.11-3.172.10.29725020.2070.3661.05967.10.005
3.17-3.232.40.30225920.1960.3651.19969.10.041
3.23-3.32.70.28927240.1750.3421.16273.50.001
3.3-3.383.20.27428030.1480.3161.18874.90.144
3.38-3.463.80.26529640.1330.3011.33579.70.923
3.46-3.5650.24330650.0980.2651.37181.60.551
3.56-3.666.50.23732590.0850.2551.60486.50.39
3.66-3.788.40.22133680.0680.2331.76389.40.854
3.78-3.919.70.20634050.0590.2152.1490.80.932
3.91-4.0711.40.18435190.0480.1912.52892.80.968
4.07-4.2614.10.1735820.040.1752.95894.90.984
4.26-4.4816.80.15436510.0340.1583.52795.90.992
4.48-4.7618.50.14336870.030.1464.04397.20.994
4.76-5.1319.40.13537180.0280.1384.31196.60.996
5.13-5.6418.10.14237340.030.1454.36396.90.995
5.64-6.46190.13537720.0280.1384.83796.50.996
6.46-8.1322.30.09938950.0190.1015.56998.20.998
8.13-5027.10.07141750.0130.0726.37198.20.999

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.005→49.934 Å / SU ML: 0.73 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.64 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2973 3375 3.09 %
Rwork0.2559 105866 -
obs0.2572 109241 77.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.33 Å2 / Biso mean: 63.6626 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.005→49.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18290 0 12 0 18302
Biso mean--71.2 --
残基数----2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.40825164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0372725
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.35111074
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0054-3.04840.4102760.40352359243541
3.0484-3.09390.4449790.39822492257143
3.0939-3.14220.4595840.39522633271746
3.1422-3.19370.4233940.37972900299451
3.1937-3.24880.3785940.38243055314953
3.2488-3.30780.4031020.36883242334457
3.3078-3.37140.35631030.35433397350059
3.3714-3.44020.36051220.35173610373264
3.4402-3.5150.38871300.33853912404268
3.515-3.59680.31791280.31824143427172
3.5968-3.68670.33661510.31214668481981
3.6867-3.78630.34981480.29324702485082
3.7863-3.89770.32741600.28514857501785
3.8977-4.02350.30811570.26594994515187
4.0235-4.16720.25171680.26715193536191
4.1672-4.3340.29911700.25985324549493
4.334-4.53110.28331680.23955413558195
4.5311-4.76980.25491750.23385503567896
4.7698-5.06840.27571790.235521570096
5.0684-5.45920.30651710.24175500567196
5.4592-6.00780.31661790.24765514569396
6.0078-6.87520.27631790.23615549572897
6.8752-8.65470.25041760.18785692586899
8.6547-49.94050.20891820.15785693587599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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