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- PDB-5x90: Structure of DotL(656-783)-IcmS-IcmW-LvgA derived from Legionella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x90
タイトルStructure of DotL(656-783)-IcmS-IcmW-LvgA derived from Legionella pneumophila
要素
  • (Hypothetical virulence ...) x 2
  • (IcmO (DotL)) x 2
  • (IcmW) x 2
  • IcmS
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type IV secretion system / Coupling protein complex / Effector translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type IVb secretion, IcmS, effector-recruitment / : / Type IVb secretion, IcmS, effector-recruitment / IcmW / TraD/TraG, TraM recognition site / TraM recognition site of TraD and TraG / : / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 4 adapter protein IcmW / Type 4 adapter protein LvgA / Type 4 coupling protein DotL / Type 4 adapter protein IcmS
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kim, H. / Kwak, M.J. / Kim, J.D. / Kim, Y.G. / Oh, B.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation of Korea (NRF)2008-0061987 韓国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Architecture of the type IV coupling protein complex of Legionella pneumophila
著者: Kwak, M.J. / Kim, J.D. / Kim, H. / Kim, C. / Bowman, J.W. / Kim, S. / Joo, K. / Lee, J. / Jin, K.S. / Kim, Y.G. / Lee, N.K. / Jung, J.U. / Oh, B.H.
履歴
登録2017年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: IcmS
F: IcmW
G: IcmO (DotL)
H: Hypothetical virulence protein
A: IcmS
B: IcmW
C: IcmO (DotL)
D: Hypothetical virulence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2798
ポリマ－122,2798
非ポリマー00
水00
1
E: IcmS
F: IcmW
G: IcmO (DotL)
H: Hypothetical virulence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2844
ポリマ－61,2844
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12590 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area23340 Å2
手法PISA
2
A: IcmS
B: IcmW
C: IcmO (DotL)
D: Hypothetical virulence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9954
ポリマ－60,9954
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11850 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.325, 152.325, 74.475
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 5種, 6分子 EAFGBC

#1: タンパク質 IcmS


分子量: 12682.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmS, lpg0442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYD0
#2: タンパク質 IcmW


分子量: 17089.535 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 2-150 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmW, lpg2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZS31
#3: タンパク質 IcmO (DotL)


分子量: 11949.626 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 672-779 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmO, lpg0446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYC6
#5: タンパク質 IcmW


分子量: 16974.447 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 2-149 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmW, lpg2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZS31
#6: タンパク質 IcmO (DotL)


分子量: 11878.548 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 672-778 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmO, lpg0446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYC6

-
Hypothetical virulence ... , 2種, 2分子 HD

#4: タンパク質 Hypothetical virulence protein


分子量: 19562.389 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 22-193 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZY48
#7: タンパク質 Hypothetical virulence protein


分子量: 19459.268 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 25-195 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZY48

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Bis-Tris (pH 5.5), 15%(v/v) PEG3350, 8mM spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 46584 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 64.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.784 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 194861
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.852.50.3721430.3790.2550.4520.40690.4
2.85-2.92.80.36122340.4430.2360.4340.41193.9
2.9-2.9630.3322500.5210.2080.3930.43894.8
2.96-3.023.10.30422060.6180.1850.3580.48495.2
3.02-3.083.20.27123250.7380.1630.3180.49996.6
3.08-3.153.40.25222580.7980.1460.2930.57397.2
3.15-3.233.50.22123710.8780.1260.2560.62298.3
3.23-3.323.90.19823350.910.1070.2260.84698.3
3.32-3.424.10.1722970.9450.090.1930.91298.5
3.42-3.534.20.15723660.9630.0810.1771.2898.7
3.53-3.654.10.13923170.9680.0730.1571.63198.6
3.65-3.84.50.12623790.980.0630.1411.92999.5
3.8-3.9750.10823410.9870.0510.122.09399.5
3.97-4.185.20.09123590.9910.0420.1012.487100
4.18-4.445.20.07923750.9930.0370.0872.71399.9
4.44-4.795.30.07123440.9940.0330.0782.71299.8
4.79-5.274.90.06823780.9940.0330.0762.75299.7
5.27-6.035.10.06823630.9940.0320.0752.66199.7
6.03-7.595.50.05823720.9970.0270.0642.44199.9
7.59-505.10.04423500.9970.0210.0492.35799.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X1E

5x1e


解像度: 2.8→41.432 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 1655 3.55 %
Rwork0.2515 44929 -
obs0.2531 46584 97.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.64 Å2 / Biso mean: 64.3885 Å2 / Biso min: 20.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→41.432 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8058 0 0 0 8058
残基数----1068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94311172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061433
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.454930
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.88240.34651230.28263533365692
2.8824-2.97540.33161260.28163625375195
2.9754-3.08170.3351470.28783662380996
3.0817-3.20510.39521360.27843698383497
3.2051-3.35090.29021300.2633768389899
3.3509-3.52740.30981410.25353823396499
3.5274-3.74830.31441400.25193761390199
3.7483-4.03750.32361410.238138103951100
4.0375-4.44340.26361460.215337953941100
4.4434-5.08540.27111460.21838183964100
5.0854-6.40320.25541420.262838193961100
6.4032-41.43660.28621370.267538173954100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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