+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5x1h | ||||||
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Title | Structure of Legionella pneumophila DotN | ||||||
Components | (IcmJ (DotN)) x 2 | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Type IV secretion system / Coupling protein complex / Effector translocation | ||||||
Function / homology | : / HNH nucleases / HNH nuclease / protein transport / metal ion binding / cytoplasm / Type 4 apparatus protein DotN Function and homology information | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.005 Å | ||||||
Authors | Kwak, M.J. / Oh, B.H. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
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Citation | Journal: Nat Microbiol / Year: 2017 Title: Architecture of the type IV coupling protein complex of Legionella pneumophila Authors: Kwak, M.J. / Kim, J.D. / Kim, H. / Kim, C. / Bowman, J.W. / Kim, S. / Joo, K. / Lee, J. / Jin, K.S. / Kim, Y.G. / Lee, N.K. / Jung, J.U. / Oh, B.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5x1h.cif.gz | 448.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5x1h.ent.gz | 365.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5x1h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5x1h_validation.pdf.gz | 471.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5x1h_full_validation.pdf.gz | 491.9 KB | Display | |
Data in XML | 5x1h_validation.xml.gz | 45.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5x1h_validation.cif.gz | 66.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/5x1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/5x1h | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23762.971 Da / Num. of mol.: 11 / Fragment: UNP residues 7-214 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: icmJ, lpg0455 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5ZYB7 #2: Protein | | Mass: 22333.457 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 13-207 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: icmJ, lpg0455 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5ZYB7 #3: Chemical | ChemComp-ZN / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.43 Å3/Da / Density % sol: 64.15 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 600mM sodium citrate and 100mM sodium cacodylate (pH 6.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1.2828 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 24, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2828 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 109241 / % possible obs: 85.4 % / Redundancy: 12 % / Biso Wilson estimate: 55.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 4.132 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 777894 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.005→49.934 Å / SU ML: 0.73 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 31.64 / Stereochemistry target values: ML Details: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 123.33 Å2 / Biso mean: 63.6626 Å2 / Biso min: 30 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.005→49.934 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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