[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5x1u: Structure of the cytosolic domain of DotM derived from Legionella... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5x1u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of the cytosolic domain of DotM derived from Legionella pneumophila | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Type IV secretion system / Coupling protein complex / Effector translocation | ||||||
Function / homology | membrane => GO:0016020 / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Kwak, M.J. / Kim, Y.G. / Oh, B.H. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Microbiol / Year: 2017 Title: Architecture of the type IV coupling protein complex of Legionella pneumophila Authors: Kwak, M.J. / Kim, J.D. / Kim, H. / Kim, C. / Bowman, J.W. / Kim, S. / Joo, K. / Lee, J. / Jin, K.S. / Kim, Y.G. / Lee, N.K. / Jung, J.U. / Oh, B.H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5x1u.cif.gz | 89.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5x1u.ent.gz | 72.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5x1u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5x1u_validation.pdf.gz | 427.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5x1u_full_validation.pdf.gz | 429 KB | Display | |
Data in XML | 5x1u_validation.xml.gz | 16.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5x1u_validation.cif.gz | 22.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/5x1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/5x1u | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 24121.496 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 158-365 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila (strain Lens) (bacteria) Strain: Lens / Gene: dotM, icmP, lpl0487 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5WZ95 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.75 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 100mM Tris-HCl (pH8.5), 17%(v/v) PEG3350, 200mM MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.9796 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 5, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 70306 / % possible obs: 91 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.86 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 169586 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→40.736 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.78 / Phase error: 17.68 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 61.58 Å2 / Biso mean: 19.8341 Å2 / Biso min: 7.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→40.736 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
|