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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x1e | ||||||
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タイトル | Structure of DotL(656-783)-IcmS-IcmW derived from Legionella pneumophila | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / type IV secretion system / Coupling protein complex / Effector translocation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.999 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J.D. / Kwak, M.J. / Oh, B.H. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017 タイトル: Architecture of the type IV coupling protein complex of Legionella pneumophila 著者: Kwak, M.J. / Kim, J.D. / Kim, H. / Kim, C. / Bowman, J.W. / Kim, S. / Joo, K. / Lee, J. / Jin, K.S. / Kim, Y.G. / Lee, N.K. / Jung, J.U. / Oh, B.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5x1e.cif.gz | 149.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5x1e.ent.gz | 115.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5x1e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5x1e_validation.pdf.gz | 461.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5x1e_full_validation.pdf.gz | 464 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5x1e_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5x1e_validation.cif.gz | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/5x1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/5x1e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 6分子 ABECDF
#1: タンパク質 | 分子量: 12149.954 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 5-114 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmS, lpg0442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYD0 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 16974.447 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-149 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmW, lpg2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZS31 #3: タンパク質 | | 分子量: 11363.930 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 672-773 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmO, lpg0446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYC6 #4: タンパク質 | | 分子量: 12265.042 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-114 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmS, lpg0442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYD0 #5: タンパク質 | | 分子量: 11177.764 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 674-773 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icmO, lpg0446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZYC6 |
-非ポリマー , 1種, 126分子
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25%(v/v) PEG550 monoethylether, 100mM MES (pH 6.5), 10mM zinc sulfate and 5mM spermine tetrahydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 97546 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 16.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 4.875 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 262793 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.999→36.756 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.72 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.84 Å2 / Biso mean: 23.0888 Å2 / Biso min: 4.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.999→36.756 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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